More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2339 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2339  integrase family protein  100 
 
 		 210 aa  434  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020288 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2267  phage integrase family protein  67.65 
 
 		 210 aa  302  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.783329  normal  0.401703 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3118  phage integrase  65.64 
 
 		 210 aa  283  1.0000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3034  integrase family protein  65.99 
 
 		 206 aa  280  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0811  Phage integrase  63.59 
 
 		 208 aa  279  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2386  integrase family protein  62.14 
 
 		 208 aa  276  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6236  integrase family protein  64.59 
 
 		 207 aa  275  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2590  hypothetical protein  62.62 
 
 		 210 aa  272  3e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020859 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5964  Phage integrase  63.96 
 
 		 208 aa  271  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3791  phage integrase family site specific recombinase  64.82 
 
 		 208 aa  271  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0119  integrase family protein  61.73 
 
 		 209 aa  262  3e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0791  integrase family protein  61.22 
 
 		 209 aa  261  4e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.334688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1729  phage integrase family protein  63.32 
 
 		 207 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.425016  normal  0.48456 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0772  integrase family protein  61.22 
 
 		 209 aa  259  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3357  integrase family protein  60.71 
 
 		 209 aa  258  3e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.276444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3208  phage integrase family protein  61.22 
 
 		 204 aa  258  5.0000000000000005e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0839313  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4790  integrase family protein  61.03 
 
 		 209 aa  258  6e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0217  phage integrase family protein  61.81 
 
 		 200 aa  250  1e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1978  phage integrase family protein  56.8 
 
 		 238 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00595062 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6093  integrase family protein  54.85 
 
 		 210 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.61747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6083  integrase family protein  54.85 
 
 		 210 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5291  integrase family protein  54.37 
 
 		 210 aa  234  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3817  integrase family protein  58.16 
 
 		 210 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.736864  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0658  phage integrase protein  53.69 
 
 		 210 aa  230  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2062  phage integrase family site specific recombinase  53.06 
 
 		 198 aa  222  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1287  integrase family protein  54.08 
 
 		 203 aa  216  1e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2569  phage integrase family protein  51.55 
 
 		 198 aa  213  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0769947 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0261  putative tyrosine recombinase XerD  59.75 
 
 		 175 aa  200  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2164  phage integrase family protein  50.76 
 
 		 198 aa  199  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06813  integrase  48.19 
 
 		 197 aa  198  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4474  integrase family protein  52.58 
 
 		 198 aa  198  5e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0824  phage integrase family protein  50.52 
 
 		 197 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.917981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3467  integrase family protein  50.52 
 
 		 197 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1123  phage integrase family protein  50.25 
 
 		 198 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1181  phage integrase family protein  50.25 
 
 		 198 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.820562  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3899  phage integrase family protein  50.25 
 
 		 198 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1950  phage integrase family protein  50.78 
 
 		 197 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827298  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0251  phage integrase family protein  47.15 
 
 		 198 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.705292 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4334  phage integrase family protein  53.59 
 
 		 173 aa  168  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3446  phage integrase family protein  45.21 
 
 		 163 aa  143  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.993422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0365  hypothetical protein  71.25 
 
 		 103 aa  122  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1167  hypothetical protein  64.1 
 
 		 78 aa  108  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0153  phage integrase family site specific recombinase  46.51 
 
 		 141 aa  103  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.246008  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0790  hypothetical protein  46.49 
 
 		 130 aa  102  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.517667  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0280  phage integrase family site specific recombinase  66.15 
 
 		 66 aa  96.3  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1166  hypothetical protein  62.86 
 
 		 76 aa  88.6  6e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2576  hypothetical protein  56.34 
 
 		 89 aa  87.4  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0174  integrase family protein  27.16 
 
 		 186 aa  77  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00273109  n/a   
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0001  site-specific recombinase  29.74 
 
 		 190 aa  75.1  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6970  hypothetical protein  59.62 
 
 		 88 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5345  integrase family protein  30.51 
 
 		 182 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010724  Nther_2955  integrase family protein  28.32 
 
 		 187 aa  72  0.000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.819146  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2232  integrase family protein  27.98 
 
 		 197 aa  68.6  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.394376  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2240  integrase family protein  27.98 
 
 		 197 aa  68.6  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000448435  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A08  integrase  28.85 
 
 		 195 aa  67.4  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1165  integrase family protein  26.67 
 
 		 187 aa  67  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2613  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  28.24 
 
 		 180 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.301879  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2711  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  29.22 
 
 		 180 aa  65.5  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0042219  normal  0.247582 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3599  integrase family protein  26.47 
 
 		 180 aa  64.3  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.616601  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4009  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  28.76 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  28.23 
 
 		 321 aa  63.5  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0998  phage integrase family protein  26.47 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00570052  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1368  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  27.45 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3590  integrase family protein  28.83 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  0.0592429  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 319 aa  61.6  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  31.61 
 
 		 328 aa  61.6  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  28.48 
 
 		 304 aa  61.6  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3453  integrase family protein  31.54 
 
 		 189 aa  60.8  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.590005  normal  0.791222 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  30.97 
 
 		 328 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  30.73 
 
 		 332 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0377  integrase family protein  28.74 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000239772 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1694  phage integrase family protein  29.7 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.470129  normal  0.0225811 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0652  DNA integration/recombination/invertion protein  24.71 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1254  phage integrase family protein  29.56 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.709211 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3811  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  28.39 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0141622  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4099  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  28.39 
 
 		 169 aa  58.5  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1255  integrase family protein  28.65 
 
 		 186 aa  58.5  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3451  integrase family protein  23.43 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0127606  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3517  phage integrase family protein  28.14 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2876  integrase family protein  28.22 
 
 		 241 aa  58.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1007  site-specific recombinase  26.88 
 
 		 183 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.22552e-63 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1448  phage integrase family site specific recombinase  28.48 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1771  phage integrase family protein  28.48 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.753085 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1163  phage integrase family protein  31.79 
 
 		 472 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.562087  normal  0.524123 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  31.45 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1799  phage integrase family protein  28.39 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.968459  normal  0.396821 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2286  phage integrase  26.54 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000274502  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  29.19 
 
 		 373 aa  55.8  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  29.58 
 
 		 303 aa  55.8  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  26.09 
 
 		 308 aa  55.5  0.0000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  27.08 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0815  integrase family protein  26.67 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0767  integrase family protein  31.91 
 
 		 371 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0883457 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  29.07 
 
 		 311 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.53 
 
 		 308 aa  54.3  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1590  phage integrase family site specific recombinase  23.84 
 
 		 182 aa  54.3  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0577  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  26.45 
 
 		 180 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  29.93 
 
 		 301 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.92 
 
 		 330 aa  53.9  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3470  integrase family protein  28.66 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>