More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0658 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0658  phage integrase protein  100 
 
 		 210 aa  428  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4334  phage integrase family protein  95.24 
 
 		 173 aa  330  7.000000000000001e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6083  integrase family protein  72.86 
 
 		 210 aa  326  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6093  integrase family protein  72.86 
 
 		 210 aa  325  3e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.61747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5291  integrase family protein  71.43 
 
 		 210 aa  321  6e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1287  integrase family protein  66.67 
 
 		 203 aa  278  6e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6236  integrase family protein  56.85 
 
 		 207 aa  237  8e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0811  Phage integrase  54.95 
 
 		 208 aa  234  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0791  integrase family protein  57.07 
 
 		 209 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.334688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0772  integrase family protein  55.94 
 
 		 209 aa  232  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2590  hypothetical protein  56.06 
 
 		 210 aa  232  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020859 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1729  phage integrase family protein  55.05 
 
 		 207 aa  231  4.0000000000000004e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.425016  normal  0.48456 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3034  integrase family protein  56.41 
 
 		 206 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2339  integrase family protein  53.69 
 
 		 210 aa  230  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020288 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0119  integrase family protein  56.57 
 
 		 209 aa  229  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4790  integrase family protein  56.57 
 
 		 209 aa  228  4e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5964  Phage integrase  52.02 
 
 		 208 aa  228  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2386  integrase family protein  54.04 
 
 		 208 aa  228  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3357  integrase family protein  56.57 
 
 		 209 aa  227  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.276444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3208  phage integrase family protein  53.77 
 
 		 204 aa  225  5.0000000000000005e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0839313  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3118  phage integrase  54.55 
 
 		 210 aa  224  7e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3791  phage integrase family site specific recombinase  54.59 
 
 		 208 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2267  phage integrase family protein  53.09 
 
 		 210 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.783329  normal  0.401703 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3817  integrase family protein  52.82 
 
 		 210 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.736864  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0217  phage integrase family protein  49.23 
 
 		 200 aa  205  4e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1978  phage integrase family protein  54.49 
 
 		 238 aa  201  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00595062 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2062  phage integrase family site specific recombinase  48.21 
 
 		 198 aa  198  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2569  phage integrase family protein  47.69 
 
 		 198 aa  193  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0769947 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06813  integrase  45.55 
 
 		 197 aa  182  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2164  phage integrase family protein  46.43 
 
 		 198 aa  181  7e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4474  integrase family protein  48.21 
 
 		 198 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1123  phage integrase family protein  46.43 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1181  phage integrase family protein  46.43 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.820562  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3899  phage integrase family protein  46.43 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0261  putative tyrosine recombinase XerD  53.64 
 
 		 175 aa  175  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3467  integrase family protein  43.75 
 
 		 197 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0824  phage integrase family protein  43.75 
 
 		 197 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.917981  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1950  phage integrase family protein  44.27 
 
 		 197 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827298  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0790  hypothetical protein  76.64 
 
 		 130 aa  165  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.517667  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0251  phage integrase family protein  41.97 
 
 		 198 aa  165  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.705292 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3446  phage integrase family protein  41.78 
 
 		 163 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.993422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0365  hypothetical protein  63.41 
 
 		 103 aa  112  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1167  hypothetical protein  57.89 
 
 		 78 aa  94.4  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0153  phage integrase family site specific recombinase  39.23 
 
 		 141 aa  89  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.246008  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0280  phage integrase family site specific recombinase  63.08 
 
 		 66 aa  89  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2576  hypothetical protein  43.04 
 
 		 89 aa  70.9  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1166  hypothetical protein  45.95 
 
 		 76 aa  70.9  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0001  site-specific recombinase  25.41 
 
 		 190 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3599  integrase family protein  28.18 
 
 		 180 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.616601  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1787  hypothetical protein  54.24 
 
 		 79 aa  67.4  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0121442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  30.43 
 
 		 321 aa  65.9  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3453  integrase family protein  28.89 
 
 		 189 aa  65.9  0.0000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.590005  normal  0.791222 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4009  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  27.44 
 
 		 180 aa  65.5  0.0000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2613  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  28.41 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.301879  n/a   
 
 
-
 
NC_010724  Nther_2955  integrase family protein  27.27 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.819146  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0174  integrase family protein  24.83 
 
 		 186 aa  62  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00273109  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1368  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  27.44 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0652  DNA integration/recombination/invertion protein  27.01 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2711  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  27.56 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0042219  normal  0.247582 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6970  hypothetical protein  50 
 
 		 88 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2232  integrase family protein  28.83 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.394376  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5345  integrase family protein  28.75 
 
 		 182 aa  61.2  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2240  integrase family protein  28.83 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000448435  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.1 
 
 		 330 aa  60.1  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  31.33 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.82 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  28.1 
 
 		 304 aa  58.5  0.00000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  27.78 
 
 		 317 aa  58.5  0.00000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  29.27 
 
 		 332 aa  58.2  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0998  phage integrase family protein  26.11 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00570052  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.63 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3590  integrase family protein  27.32 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  0.0592429  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1165  integrase family protein  24.43 
 
 		 187 aa  56.2  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3811  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.51 
 
 		 180 aa  55.1  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0141622  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4099  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.51 
 
 		 169 aa  54.7  0.0000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  32.88 
 
 		 354 aa  54.3  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 305 aa  54.7  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  28.74 
 
 		 317 aa  54.3  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  30.57 
 
 		 304 aa  54.7  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  25.31 
 
 		 294 aa  54.3  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  26.67 
 
 		 293 aa  54.3  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  25.93 
 
 		 308 aa  53.5  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4574  integrase family protein  25.81 
 
 		 188 aa  52.8  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  29.44 
 
 		 301 aa  53.1  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0577  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  21.81 
 
 		 180 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.56 
 
 		 298 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  27.56 
 
 		 298 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  26.06 
 
 		 293 aa  52.8  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  27.56 
 
 		 298 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.56 
 
 		 298 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.56 
 
 		 298 aa  52.8  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.56 
 
 		 298 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.56 
 
 		 298 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.56 
 
 		 298 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4855  site-specific recombinase, phage integrase family  27.27 
 
 		 188 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0382  site-specific recombinase, phage integrase family  27.27 
 
 		 188 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  28.31 
 
 		 291 aa  52.4  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  32.92 
 
 		 329 aa  52  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.92 
 
 		 298 aa  52  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  29.3 
 
 		 304 aa  52  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>