293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6236 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6236  integrase family protein  100 
 
 		 207 aa  424  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3034  integrase family protein  74.27 
 
 		 206 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1729  phage integrase family protein  72.82 
 
 		 207 aa  317  6e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.425016  normal  0.48456 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3791  phage integrase family site specific recombinase  72.6 
 
 		 208 aa  310  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0811  Phage integrase  73.6 
 
 		 208 aa  306  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5964  Phage integrase  70.56 
 
 		 208 aa  297  7e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2386  integrase family protein  69.08 
 
 		 208 aa  295  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2339  integrase family protein  64.59 
 
 		 210 aa  275  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020288 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0772  integrase family protein  66.02 
 
 		 209 aa  276  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3357  integrase family protein  64.56 
 
 		 209 aa  272  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.276444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0119  integrase family protein  64 
 
 		 209 aa  270  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3208  phage integrase family protein  60.1 
 
 		 204 aa  268  2.9999999999999997e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0839313  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1978  phage integrase family protein  74.42 
 
 		 238 aa  265  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00595062 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0791  integrase family protein  63.5 
 
 		 209 aa  265  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.334688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0217  phage integrase family protein  61.73 
 
 		 200 aa  263  1e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4790  integrase family protein  62 
 
 		 209 aa  261  4.999999999999999e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2590  hypothetical protein  59.2 
 
 		 210 aa  257  7e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020859 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2267  phage integrase family protein  58.76 
 
 		 210 aa  249  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.783329  normal  0.401703 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6083  integrase family protein  59.9 
 
 		 210 aa  248  4e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3118  phage integrase  56.72 
 
 		 210 aa  246  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6093  integrase family protein  58.88 
 
 		 210 aa  246  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.61747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3817  integrase family protein  61.54 
 
 		 210 aa  244  8e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.736864  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5291  integrase family protein  58.38 
 
 		 210 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2062  phage integrase family site specific recombinase  56.41 
 
 		 198 aa  240  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0658  phage integrase protein  56.85 
 
 		 210 aa  237  8e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2569  phage integrase family protein  53.33 
 
 		 198 aa  225  3e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0769947 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1287  integrase family protein  58.38 
 
 		 203 aa  224  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0261  putative tyrosine recombinase XerD  68.83 
 
 		 175 aa  221  4.9999999999999996e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2164  phage integrase family protein  52.82 
 
 		 198 aa  218  7e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06813  integrase  49.74 
 
 		 197 aa  217  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1123  phage integrase family protein  52.31 
 
 		 198 aa  215  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1181  phage integrase family protein  52.31 
 
 		 198 aa  215  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.820562  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3899  phage integrase family protein  52.31 
 
 		 198 aa  215  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0824  phage integrase family protein  51.56 
 
 		 197 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.917981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3467  integrase family protein  51.56 
 
 		 197 aa  208  3e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0251  phage integrase family protein  52.06 
 
 		 198 aa  207  7e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.705292 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4474  integrase family protein  54.36 
 
 		 198 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1950  phage integrase family protein  50 
 
 		 197 aa  203  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827298  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4334  phage integrase family protein  54.49 
 
 		 173 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3446  phage integrase family protein  50.34 
 
 		 163 aa  162  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.993422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0365  hypothetical protein  76.54 
 
 		 103 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0153  phage integrase family site specific recombinase  48.84 
 
 		 141 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.246008  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0790  hypothetical protein  58.24 
 
 		 130 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.517667  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0280  phage integrase family site specific recombinase  70.31 
 
 		 66 aa  98.6  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1167  hypothetical protein  58.97 
 
 		 78 aa  98.6  6e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2576  hypothetical protein  54.43 
 
 		 89 aa  91.3  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6970  hypothetical protein  68.97 
 
 		 88 aa  87  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1166  hypothetical protein  58.46 
 
 		 76 aa  82  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0001  site-specific recombinase  28.26 
 
 		 190 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3599  integrase family protein  28.57 
 
 		 180 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.616601  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5345  integrase family protein  28.73 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2240  integrase family protein  29.21 
 
 		 197 aa  78.2  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000448435  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2232  integrase family protein  29.21 
 
 		 197 aa  78.2  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.394376  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1368  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  28.93 
 
 		 180 aa  75.9  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0174  integrase family protein  30 
 
 		 186 aa  75.1  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00273109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1165  integrase family protein  29.55 
 
 		 187 aa  72  0.000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4009  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  28.3 
 
 		 180 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010724  Nther_2955  integrase family protein  29.94 
 
 		 187 aa  71.2  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.819146  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2613  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  28 
 
 		 180 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.301879  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3590  integrase family protein  30.6 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  0.0592429  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0998  phage integrase family protein  26.77 
 
 		 215 aa  70.1  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00570052  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2711  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  28.3 
 
 		 180 aa  69.7  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0042219  normal  0.247582 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1590  phage integrase family site specific recombinase  29.14 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0652  DNA integration/recombination/invertion protein  27.04 
 
 		 180 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A08  integrase  29.07 
 
 		 195 aa  67.4  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1859  prophage LambdaSa2, site-specific recombinase phage integrase family protein  28.77 
 
 		 180 aa  66.2  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00377207  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  32.08 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0815  integrase family protein  27.62 
 
 		 183 aa  65.5  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3453  integrase family protein  30.22 
 
 		 189 aa  65.9  0.0000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.590005  normal  0.791222 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0377  integrase family protein  31.93 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000239772 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4855  site-specific recombinase, phage integrase family  26.7 
 
 		 188 aa  64.7  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3811  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  29.49 
 
 		 180 aa  64.3  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0141622  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4099  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  29.49 
 
 		 169 aa  64.3  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0382  site-specific recombinase, phage integrase family  26.92 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3517  phage integrase family protein  31.14 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0577  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  27.53 
 
 		 180 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1007  site-specific recombinase  25.28 
 
 		 183 aa  62  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.22552e-63 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2230  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  32.48 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4392  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  30.77 
 
 		 180 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4574  integrase family protein  25.29 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4879  site-specific recombinase, phage integrase family  25.29 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4494  phage integrase family site specific recombinase  25.86 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4886  phage integrase family site specific recombinase  26.29 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4641  phage integrase family site specific recombinase  26.86 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4865  site-specific recombinase, phage integrase family  26.86 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4995  phage integrase family site specific recombinase  26.86 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1799  phage integrase family protein  29.41 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.968459  normal  0.396821 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2286  phage integrase  25.64 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000274502  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3470  integrase family protein  30.32 
 
 		 182 aa  58.9  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4476  phage integrase family site specific recombinase  24.71 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.45 
 
 		 330 aa  58.5  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3451  integrase family protein  26.54 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0127606  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1694  phage integrase family protein  29.41 
 
 		 212 aa  58.2  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.470129  normal  0.0225811 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1448  phage integrase family site specific recombinase  28.76 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  28.12 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0378  integrase family protein  28.32 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.84 
 
 		 330 aa  57.8  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  29.87 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1771  phage integrase family protein  28.76 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.753085 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1254  phage integrase family protein  30.52 
 
 		 186 aa  57  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.709211 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>