106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0365 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0365  hypothetical protein  100 
 
 		 103 aa  212  9.999999999999999e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0811  Phage integrase  84.15 
 
 		 208 aa  148  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2386  integrase family protein  84.15 
 
 		 208 aa  146  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5964  Phage integrase  79.27 
 
 		 208 aa  143  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3034  integrase family protein  80.49 
 
 		 206 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155662  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3791  phage integrase family site specific recombinase  76.83 
 
 		 208 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1978  phage integrase family protein  78.05 
 
 		 238 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00595062 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1729  phage integrase family protein  79.27 
 
 		 207 aa  134  5e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.425016  normal  0.48456 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6236  integrase family protein  76.54 
 
 		 207 aa  130  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0772  integrase family protein  65.31 
 
 		 209 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2339  integrase family protein  71.25 
 
 		 210 aa  122  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020288 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3208  phage integrase family protein  66.27 
 
 		 204 aa  122  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0839313  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0217  phage integrase family protein  70 
 
 		 200 aa  120  7e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3357  integrase family protein  71.25 
 
 		 209 aa  120  9e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.276444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0119  integrase family protein  71.25 
 
 		 209 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5291  integrase family protein  70 
 
 		 210 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6093  integrase family protein  70 
 
 		 210 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.61747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0791  integrase family protein  71.25 
 
 		 209 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.334688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3118  phage integrase  67.5 
 
 		 210 aa  117  7e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6083  integrase family protein  68.75 
 
 		 210 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4790  integrase family protein  67.5 
 
 		 209 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3817  integrase family protein  61.36 
 
 		 210 aa  114  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.736864  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2590  hypothetical protein  64.2 
 
 		 210 aa  114  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020859 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2267  phage integrase family protein  62.2 
 
 		 210 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.783329  normal  0.401703 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2062  phage integrase family site specific recombinase  60.47 
 
 		 198 aa  112  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0658  phage integrase protein  63.41 
 
 		 210 aa  112  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2569  phage integrase family protein  60.47 
 
 		 198 aa  110  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0769947 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06813  integrase  51.52 
 
 		 197 aa  107  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4474  integrase family protein  60.47 
 
 		 198 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1287  integrase family protein  60 
 
 		 203 aa  107  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0824  phage integrase family protein  57.47 
 
 		 197 aa  106  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.917981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3467  integrase family protein  57.47 
 
 		 197 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1950  phage integrase family protein  56.32 
 
 		 197 aa  105  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827298  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0251  phage integrase family protein  48.98 
 
 		 198 aa  103  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.705292 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1123  phage integrase family protein  54.02 
 
 		 198 aa  98.2  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1181  phage integrase family protein  54.02 
 
 		 198 aa  98.2  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.820562  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3899  phage integrase family protein  54.02 
 
 		 198 aa  98.2  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2164  phage integrase family protein  54.02 
 
 		 198 aa  98.2  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3446  phage integrase family protein  53.85 
 
 		 163 aa  97.8  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.993422  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0280  phage integrase family site specific recombinase  70.97 
 
 		 66 aa  94  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1167  hypothetical protein  59.42 
 
 		 78 aa  85.5  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0261  putative tyrosine recombinase XerD  77.14 
 
 		 175 aa  61.2  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4334  phage integrase family protein  62.5 
 
 		 173 aa  56.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0001  site-specific recombinase  33.77 
 
 		 190 aa  51.2  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3517  phage integrase family protein  39.68 
 
 		 188 aa  49.7  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 294 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0377  integrase family protein  39.68 
 
 		 186 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000239772 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  31.11 
 
 		 317 aa  48.9  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  39.73 
 
 		 302 aa  47.8  0.00005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  31.33 
 
 		 373 aa  47.4  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.94 
 
 		 330 aa  46.6  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0952  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.73 
 
 		 329 aa  46.6  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2860  tyrosine recombinase XerC subunit  35.06 
 
 		 300 aa  45.4  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  41.94 
 
 		 301 aa  46.2  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.33 
 
 		 330 aa  45.8  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  30.77 
 
 		 302 aa  44.7  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2210  integrase family protein  33.78 
 
 		 295 aa  45.1  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241024 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  29.21 
 
 		 294 aa  44.3  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  32.47 
 
 		 290 aa  44.7  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  32.84 
 
 		 321 aa  44.3  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  31.51 
 
 		 291 aa  44.3  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0722  phage integrase family protein  27.37 
 
 		 306 aa  44.3  0.0006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0599364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.94 
 
 		 351 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  32.18 
 
 		 293 aa  43.9  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.53 
 
 		 315 aa  42.7  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1117  phage integrase  31.43 
 
 		 369 aa  43.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.343038  decreased coverage  0.00190839 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.94 
 
 		 324 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  39.39 
 
 		 311 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  32.18 
 
 		 293 aa  43.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09270  tyrosine recombinase XerC subunit  32.43 
 
 		 346 aa  43.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.111586  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  33.73 
 
 		 329 aa  43.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  31.17 
 
 		 332 aa  42.4  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  29.21 
 
 		 294 aa  42.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1201  phage integrase  30.23 
 
 		 301 aa  42.4  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0529826  normal  0.150621 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.44 
 
 		 324 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.73 
 
 		 329 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1554  integrase family protein  28.17 
 
 		 339 aa  42.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.86595  decreased coverage  0.00111318 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.51 
 
 		 336 aa  42.4  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.73 
 
 		 323 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2876  integrase family protein  30.68 
 
 		 241 aa  42.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  36.49 
 
 		 291 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.44 
 
 		 300 aa  42  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.94 
 
 		 325 aa  41.6  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  35.71 
 
 		 304 aa  42  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  37.1 
 
 		 291 aa  41.6  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  30.99 
 
 		 354 aa  41.2  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1481  integrase family protein  32.35 
 
 		 308 aa  41.6  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.141471  normal  0.0727308 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0891  integrase family protein  27.78 
 
 		 306 aa  41.6  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.180709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.38 
 
 		 328 aa  41.6  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.18 
 
 		 315 aa  41.2  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  36 
 
 		 291 aa  41.2  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  36 
 
 		 291 aa  41.2  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3453  integrase family protein  30.95 
 
 		 189 aa  41.2  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.590005  normal  0.791222 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.91 
 
 		 321 aa  40.8  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  32.35 
 
 		 301 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.03 
 
 		 315 aa  40.4  0.007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  29.27 
 
 		 332 aa  40.8  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.68 
 
 		 322 aa  40.4  0.007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.88 
 
 		 300 aa  40.8  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0998  phage integrase family protein  29.49 
 
 		 215 aa  40.8  0.007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00570052  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>