More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1196 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  100 
 
 		 291 aa  590  1e-168  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  76.74 
 
 		 291 aa  463  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  74.91 
 
 		 291 aa  450  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  72.57 
 
 		 290 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  71.88 
 
 		 291 aa  422  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  71.48 
 
 		 291 aa  420  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  71.48 
 
 		 291 aa  420  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0826  putative phage integrase  72.69 
 
 		 266 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0373  integrase domain protein SAM domain protein  74.9 
 
 		 259 aa  366  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  61.13 
 
 		 289 aa  344  8e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  59.43 
 
 		 301 aa  330  2e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  60 
 
 		 286 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  55.05 
 
 		 295 aa  315  4e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  55.94 
 
 		 302 aa  308  5e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  54.8 
 
 		 302 aa  292  4e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  52.96 
 
 		 290 aa  291  8e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  52.96 
 
 		 290 aa  291  8e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  42.91 
 
 		 292 aa  219  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  42.91 
 
 		 292 aa  219  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  42.91 
 
 		 292 aa  219  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  42.55 
 
 		 292 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  41.18 
 
 		 291 aa  192  6e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  40.29 
 
 		 291 aa  183  3e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  39.29 
 
 		 286 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  34.16 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2241  integrase family protein  36.2 
 
 		 296 aa  159  7e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000667129 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  33.81 
 
 		 283 aa  159  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  38.06 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1695  phage integrase family protein  35.84 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.363626  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  33.1 
 
 		 296 aa  155  8e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1162  integrase family protein  34.07 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1189  integrase family protein  34.07 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1683  phage integrase family protein  33.7 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  36.03 
 
 		 265 aa  144  2e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2736  integrase family protein  32.97 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0269003  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2013  integrase family protein  32.97 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000617639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0466  Fis family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 362 aa  142  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3109  phage integrase family protein  36.76 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  34.06 
 
 		 408 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  31.55 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2036  phage integrase family site specific recombinase  32.6 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2164  phage integrase family site specific recombinase  32.6 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2211  phage integrase family site specific recombinase  32.6 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2528  phage integrase family site specific recombinase  32.6 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1624  phage integrase family protein  34.3 
 
 		 235 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  32.1 
 
 		 327 aa  132  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  30.63 
 
 		 283 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  35.71 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2959  phage integrase family protein  30.63 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.164424 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  29.56 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  33.33 
 
 		 390 aa  129  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  32.84 
 
 		 270 aa  129  5.0000000000000004e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  28.7 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  31.94 
 
 		 338 aa  125  6e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  32.59 
 
 		 334 aa  124  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  33.93 
 
 		 332 aa  123  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  33.76 
 
 		 462 aa  123  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  33.93 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  29.25 
 
 		 319 aa  123  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  30.12 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  31.83 
 
 		 337 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  34.29 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  31.83 
 
 		 337 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  31.83 
 
 		 337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  31.6 
 
 		 325 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  31.83 
 
 		 337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  29.25 
 
 		 319 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  28.93 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  30.18 
 
 		 453 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2048  integrase domain-containing protein  38.04 
 
 		 187 aa  117  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.212868  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  29.59 
 
 		 282 aa  116  3e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  31.51 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  32.82 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  32.28 
 
 		 320 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  30.91 
 
 		 334 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.17 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.17 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.17 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.17 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  28.62 
 
 		 319 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.17 
 
 		 298 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  35.21 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  32.03 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  32.34 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1723  integrase family protein  37.64 
 
 		 210 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0273744  normal  0.126779 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.08 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.08 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.08 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  30.67 
 
 		 468 aa  113  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  32.23 
 
 		 318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  30.96 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3124  putative integrase/recombinase  52.78 
 
 		 185 aa  112  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505394  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.93 
 
 		 299 aa  112  8.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  32.25 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  31.76 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  31.86 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  29.45 
 
 		 452 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  30.82 
 
 		 449 aa  110  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>