217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3791 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3791  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 208 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3034  integrase family protein  94.23 
 
 		 206 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1978  phage integrase family protein  97.14 
 
 		 238 aa  339  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00595062 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0811  Phage integrase  76.1 
 
 		 208 aa  316  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6236  integrase family protein  72.6 
 
 		 207 aa  310  7.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1729  phage integrase family protein  71.08 
 
 		 207 aa  301  5.000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.425016  normal  0.48456 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5964  Phage integrase  72.12 
 
 		 208 aa  300  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2386  integrase family protein  73.23 
 
 		 208 aa  297  6e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2339  integrase family protein  64.82 
 
 		 210 aa  271  6e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020288 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3208  phage integrase family protein  61.39 
 
 		 204 aa  261  4.999999999999999e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0839313  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0772  integrase family protein  60.66 
 
 		 209 aa  257  9e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0119  integrase family protein  60 
 
 		 209 aa  254  8e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0791  integrase family protein  60 
 
 		 209 aa  252  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.334688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3357  integrase family protein  60 
 
 		 209 aa  251  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.276444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0217  phage integrase family protein  60.61 
 
 		 200 aa  249  3e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4790  integrase family protein  58.54 
 
 		 209 aa  248  5e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2267  phage integrase family protein  59.09 
 
 		 210 aa  246  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.783329  normal  0.401703 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3817  integrase family protein  60.39 
 
 		 210 aa  241  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.736864  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3118  phage integrase  57.14 
 
 		 210 aa  241  5e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2590  hypothetical protein  55.61 
 
 		 210 aa  238  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020859 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6083  integrase family protein  55.02 
 
 		 210 aa  228  6e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6093  integrase family protein  54.55 
 
 		 210 aa  226  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.61747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5291  integrase family protein  54.07 
 
 		 210 aa  224  6e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2062  phage integrase family site specific recombinase  53.85 
 
 		 198 aa  222  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0658  phage integrase protein  54.59 
 
 		 210 aa  221  4.9999999999999996e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2569  phage integrase family protein  54.36 
 
 		 198 aa  220  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0769947 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0261  putative tyrosine recombinase XerD  66.88 
 
 		 175 aa  218  5e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06813  integrase  50 
 
 		 197 aa  209  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1287  integrase family protein  51.96 
 
 		 203 aa  205  4e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4474  integrase family protein  55.9 
 
 		 198 aa  204  6e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1950  phage integrase family protein  49.74 
 
 		 197 aa  202  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827298  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0824  phage integrase family protein  50.26 
 
 		 197 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.917981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3467  integrase family protein  50.26 
 
 		 197 aa  201  7e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2164  phage integrase family protein  50 
 
 		 198 aa  198  6e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1123  phage integrase family protein  49.49 
 
 		 198 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1181  phage integrase family protein  49.49 
 
 		 198 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.820562  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3899  phage integrase family protein  49.49 
 
 		 198 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0251  phage integrase family protein  46.7 
 
 		 198 aa  184  8e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.705292 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4334  phage integrase family protein  52.6 
 
 		 173 aa  158  5e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3446  phage integrase family protein  49.32 
 
 		 163 aa  157  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.993422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0365  hypothetical protein  76.83 
 
 		 103 aa  134  7.000000000000001e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0153  phage integrase family site specific recombinase  50.77 
 
 		 141 aa  108  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.246008  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1167  hypothetical protein  58.97 
 
 		 78 aa  99.4  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0790  hypothetical protein  53.68 
 
 		 130 aa  98.6  6e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.517667  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0280  phage integrase family site specific recombinase  69.35 
 
 		 66 aa  97.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2576  hypothetical protein  55.07 
 
 		 89 aa  81.3  0.000000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2232  integrase family protein  32.97 
 
 		 197 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.394376  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2240  integrase family protein  32.97 
 
 		 197 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000448435  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6970  hypothetical protein  55.56 
 
 		 88 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0001  site-specific recombinase  30.11 
 
 		 190 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1166  hypothetical protein  52.24 
 
 		 76 aa  70.5  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5345  integrase family protein  31.35 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1859  prophage LambdaSa2, site-specific recombinase phage integrase family protein  30.51 
 
 		 180 aa  63.9  0.000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00377207  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3590  integrase family protein  28.93 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  0.0592429  n/a   
 
 
-
 
NC_010724  Nther_2955  integrase family protein  28.33 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.819146  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0174  integrase family protein  26.8 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00273109  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2711  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  28.21 
 
 		 180 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0042219  normal  0.247582 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4009  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  28.57 
 
 		 180 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A08  integrase  29.58 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1368  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  28.57 
 
 		 180 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2613  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  27.95 
 
 		 180 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.301879  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1007  site-specific recombinase  25.56 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.22552e-63 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3599  integrase family protein  27.16 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.616601  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0378  integrase family protein  29.71 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0815  integrase family protein  26.23 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  36.99 
 
 		 321 aa  54.7  0.0000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1117  phage integrase  34.88 
 
 		 369 aa  54.7  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.343038  decreased coverage  0.00190839 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3453  integrase family protein  26.42 
 
 		 189 aa  54.3  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.590005  normal  0.791222 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1165  integrase family protein  24 
 
 		 187 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  32.46 
 
 		 354 aa  53.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3470  integrase family protein  30.38 
 
 		 182 aa  53.1  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0652  DNA integration/recombination/invertion protein  25.47 
 
 		 180 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.31 
 
 		 330 aa  53.1  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1590  phage integrase family site specific recombinase  25.49 
 
 		 182 aa  52.8  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0377  integrase family protein  30.92 
 
 		 186 aa  52.4  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000239772 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3517  phage integrase family protein  48.89 
 
 		 188 aa  52  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3451  integrase family protein  23.5 
 
 		 186 aa  50.8  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0127606  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0577  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  25.14 
 
 		 180 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3811  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.58 
 
 		 180 aa  51.2  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0141622  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4099  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.58 
 
 		 169 aa  51.2  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1431  phage integrase  28.48 
 
 		 309 aa  50.8  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.145363  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.25 
 
 		 330 aa  50.8  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  28.14 
 
 		 373 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  29.51 
 
 		 320 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  34.88 
 
 		 302 aa  50.4  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2286  phage integrase  23.42 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000274502  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  37.66 
 
 		 304 aa  50.1  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3829  site-specific recombinase, phage integrase family  27.39 
 
 		 176 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000329942 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  31.17 
 
 		 304 aa  49.7  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  31.31 
 
 		 304 aa  50.1  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0722  phage integrase family protein  27.03 
 
 		 306 aa  50.1  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0599364 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  28.12 
 
 		 294 aa  49.7  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4494  phage integrase family site specific recombinase  24.58 
 
 		 188 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  29.51 
 
 		 319 aa  48.9  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0998  phage integrase family protein  27.5 
 
 		 215 aa  48.9  0.00006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00570052  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  28.69 
 
 		 319 aa  48.9  0.00006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0952  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.49 
 
 		 329 aa  48.5  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  30.17 
 
 		 319 aa  48.5  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.26 
 
 		 308 aa  48.1  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1694  phage integrase family protein  31.79 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.470129  normal  0.0225811 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>