More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1431 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1431  phage integrase  100 
 
 
309 aa  631  1e-180  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.145363  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  36.68 
 
 
295 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  35.31 
 
 
295 aa  136  4e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  33.81 
 
 
309 aa  130  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4851  integrase family protein  31.43 
 
 
294 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  33.57 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5625  integrase family protein  32.27 
 
 
273 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.89 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 
298 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5613  hypothetical protein  30.96 
 
 
273 aa  119  9e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  32.79 
 
 
332 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.94 
 
 
299 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  32.19 
 
 
309 aa  118  9.999999999999999e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5548  integrase family protein  31.62 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  32.49 
 
 
302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  30.95 
 
 
294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  33.58 
 
 
295 aa  116  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  30.93 
 
 
308 aa  116  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  30.22 
 
 
284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.93 
 
 
299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.93 
 
 
299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.93 
 
 
299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 
298 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 
298 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 
298 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  31.71 
 
 
298 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 
298 aa  115  8.999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 
298 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 
298 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.6 
 
 
299 aa  115  8.999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  31.12 
 
 
301 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 
298 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 
298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5541  integrase family protein  33.22 
 
 
329 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0614894 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.29 
 
 
298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.29 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  31.94 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  30.99 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  32.97 
 
 
295 aa  113  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  29.47 
 
 
296 aa  113  5e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 
299 aa  112  7.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  32.85 
 
 
300 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  33.81 
 
 
295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  28.33 
 
 
299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  33.1 
 
 
295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  32.85 
 
 
297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  29.43 
 
 
296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  33.09 
 
 
300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  30.91 
 
 
310 aa  110  3e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  32.21 
 
 
295 aa  108  8.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  31.77 
 
 
319 aa  108  8.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  31.79 
 
 
290 aa  108  8.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 
322 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.04 
 
 
311 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  29.43 
 
 
315 aa  108  9.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  30.34 
 
 
296 aa  108  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  36.91 
 
 
254 aa  108  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 
305 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  33.09 
 
 
300 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 
300 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  29.37 
 
 
310 aa  107  2e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.17 
 
 
298 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.17 
 
 
298 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  34.01 
 
 
301 aa  107  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  31.23 
 
 
292 aa  107  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  32.49 
 
 
308 aa  106  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  29.28 
 
 
293 aa  107  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  30.51 
 
 
300 aa  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.43 
 
 
313 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.42 
 
 
298 aa  106  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.06 
 
 
298 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  30.95 
 
 
307 aa  106  6e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.24 
 
 
298 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  31 
 
 
302 aa  105  8e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  31.18 
 
 
285 aa  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  30.51 
 
 
303 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  29.35 
 
 
320 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  29.8 
 
 
295 aa  104  2e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011723  PCC8801_4550  integrase family protein  29.36 
 
 
362 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  normal  normal  0.798479 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  30.93 
 
 
317 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  32 
 
 
309 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  29.24 
 
 
277 aa  103  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  32 
 
 
309 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 
302 aa  103  4e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  29.87 
 
 
301 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  30.96 
 
 
294 aa  103  5e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  28.83 
 
 
296 aa  103  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  25.84 
 
 
287 aa  103  5e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  32 
 
 
300 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 
297 aa  103  5e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  30.39 
 
 
283 aa  102  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  32 
 
 
309 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  28.62 
 
 
300 aa  102  6e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  28.05 
 
 
290 aa  102  7e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2860  tyrosine recombinase XerC subunit  30.34 
 
 
300 aa  102  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>