More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3034 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3034  integrase family protein  100 
 
 		 206 aa  423  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155662  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3791  phage integrase family site specific recombinase  94.23 
 
 		 208 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1978  phage integrase family protein  95.38 
 
 		 238 aa  336  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00595062 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0811  Phage integrase  79.59 
 
 		 208 aa  322  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6236  integrase family protein  74.27 
 
 		 207 aa  320  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1729  phage integrase family protein  72.77 
 
 		 207 aa  308  4e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.425016  normal  0.48456 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5964  Phage integrase  75 
 
 		 208 aa  308  5e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2386  integrase family protein  75 
 
 		 208 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2339  integrase family protein  65.99 
 
 		 210 aa  280  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020288 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3208  phage integrase family protein  62.31 
 
 		 204 aa  269  2e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0839313  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0772  integrase family protein  62.25 
 
 		 209 aa  266  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0119  integrase family protein  61.27 
 
 		 209 aa  261  4e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3357  integrase family protein  61.76 
 
 		 209 aa  260  8e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.276444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0791  integrase family protein  61.27 
 
 		 209 aa  260  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.334688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0217  phage integrase family protein  61.73 
 
 		 200 aa  259  3e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4790  integrase family protein  59.8 
 
 		 209 aa  256  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2267  phage integrase family protein  60.2 
 
 		 210 aa  254  7e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.783329  normal  0.401703 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3118  phage integrase  59.49 
 
 		 210 aa  252  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3817  integrase family protein  62.24 
 
 		 210 aa  251  7e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.736864  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2590  hypothetical protein  57.44 
 
 		 210 aa  246  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020859 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6083  integrase family protein  57.21 
 
 		 210 aa  234  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6093  integrase family protein  57.95 
 
 		 210 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.61747  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2062  phage integrase family site specific recombinase  55.67 
 
 		 198 aa  232  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5291  integrase family protein  56.22 
 
 		 210 aa  231  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0658  phage integrase protein  56.41 
 
 		 210 aa  231  7.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2569  phage integrase family protein  55.61 
 
 		 198 aa  230  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0769947 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0261  putative tyrosine recombinase XerD  69.81 
 
 		 175 aa  229  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1287  integrase family protein  54.82 
 
 		 203 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06813  integrase  50.52 
 
 		 197 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4474  integrase family protein  56.12 
 
 		 198 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1950  phage integrase family protein  50.78 
 
 		 197 aa  209  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827298  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2164  phage integrase family protein  51.28 
 
 		 198 aa  207  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0824  phage integrase family protein  50.78 
 
 		 197 aa  206  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.917981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3467  integrase family protein  50.78 
 
 		 197 aa  205  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1123  phage integrase family protein  50.77 
 
 		 198 aa  203  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1181  phage integrase family protein  50.77 
 
 		 198 aa  203  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.820562  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3899  phage integrase family protein  50.77 
 
 		 198 aa  203  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0251  phage integrase family protein  47.42 
 
 		 198 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.705292 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4334  phage integrase family protein  54.9 
 
 		 173 aa  169  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3446  phage integrase family protein  49.32 
 
 		 163 aa  155  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.993422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0365  hypothetical protein  80.49 
 
 		 103 aa  136  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0153  phage integrase family site specific recombinase  51.94 
 
 		 141 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.246008  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0790  hypothetical protein  54.84 
 
 		 130 aa  103  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.517667  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1167  hypothetical protein  58.97 
 
 		 78 aa  97.8  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0280  phage integrase family site specific recombinase  69.35 
 
 		 66 aa  97.4  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2576  hypothetical protein  57.35 
 
 		 89 aa  90.1  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6970  hypothetical protein  64.81 
 
 		 88 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2240  integrase family protein  33.33 
 
 		 197 aa  81.6  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000448435  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2232  integrase family protein  33.33 
 
 		 197 aa  81.6  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.394376  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1166  hypothetical protein  55.38 
 
 		 76 aa  79.3  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0001  site-specific recombinase  30.98 
 
 		 190 aa  77  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5345  integrase family protein  31.87 
 
 		 182 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3590  integrase family protein  31.21 
 
 		 189 aa  71.6  0.000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  0.0592429  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0174  integrase family protein  27.81 
 
 		 186 aa  69.7  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00273109  n/a   
 
 
-
 
NC_010724  Nther_2955  integrase family protein  29.21 
 
 		 187 aa  69.7  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.819146  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1859  prophage LambdaSa2, site-specific recombinase phage integrase family protein  30.86 
 
 		 180 aa  67.4  0.0000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00377207  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2711  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  29.22 
 
 		 180 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0042219  normal  0.247582 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4009  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  29.56 
 
 		 180 aa  65.5  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1368  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  29.56 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2613  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  28.93 
 
 		 180 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.301879  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A08  integrase  27.74 
 
 		 195 aa  63.5  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3453  integrase family protein  28.66 
 
 		 189 aa  62.8  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.590005  normal  0.791222 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3599  integrase family protein  28.12 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.616601  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  31.21 
 
 		 321 aa  62  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0815  integrase family protein  25.41 
 
 		 183 aa  60.8  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1165  integrase family protein  25.43 
 
 		 187 aa  61.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2286  phage integrase  25 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000274502  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1007  site-specific recombinase  25.28 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.22552e-63 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0652  DNA integration/recombination/invertion protein  26.42 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  26.79 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.1 
 
 		 330 aa  58.5  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1590  phage integrase family site specific recombinase  26.49 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3470  integrase family protein  31.41 
 
 		 182 aa  58.2  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  29.7 
 
 		 373 aa  56.6  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0378  integrase family protein  28.86 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3811  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  27.56 
 
 		 180 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0141622  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3451  integrase family protein  23.76 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0127606  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4099  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  27.56 
 
 		 169 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0577  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  25.43 
 
 		 180 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  32.24 
 
 		 304 aa  55.8  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0377  integrase family protein  28.85 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000239772 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3829  site-specific recombinase, phage integrase family  27.27 
 
 		 176 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000329942 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1117  phage integrase  36.05 
 
 		 369 aa  54.7  0.0000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.343038  decreased coverage  0.00190839 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3517  phage integrase family protein  28.85 
 
 		 188 aa  54.7  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4494  phage integrase family site specific recombinase  26.4 
 
 		 188 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  33.33 
 
 		 354 aa  54.3  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0722  phage integrase family protein  26.83 
 
 		 306 aa  54.3  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0599364 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2860  tyrosine recombinase XerC subunit  27.54 
 
 		 300 aa  54.3  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1431  phage integrase  29.49 
 
 		 309 aa  53.9  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.145363  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.9 
 
 		 328 aa  53.5  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  29.35 
 
 		 302 aa  53.9  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0017  prophage integration/recombination/invertion protein  29.81 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000444728  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4641  phage integrase family site specific recombinase  26.82 
 
 		 188 aa  52.8  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0998  phage integrase family protein  24.84 
 
 		 215 aa  52.8  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00570052  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4995  phage integrase family site specific recombinase  26.82 
 
 		 188 aa  52.8  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4865  site-specific recombinase, phage integrase family  26.82 
 
 		 188 aa  52.8  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  28.66 
 
 		 317 aa  52.8  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2230  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  26.92 
 
 		 180 aa  52.8  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  27.43 
 
 		 290 aa  52.4  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1516  site-specific recombinase, phage integrase family  26.62 
 
 		 176 aa  52  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>