More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3817 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3817  integrase family protein  100 
 
 		 210 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.736864  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0811  Phage integrase  60.68 
 
 		 208 aa  257  8e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2386  integrase family protein  61.42 
 
 		 208 aa  256  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0772  integrase family protein  60.2 
 
 		 209 aa  251  6e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3034  integrase family protein  62.24 
 
 		 206 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3357  integrase family protein  59.39 
 
 		 209 aa  246  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.276444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5964  Phage integrase  60.2 
 
 		 208 aa  246  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0791  integrase family protein  59.6 
 
 		 209 aa  245  4e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.334688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6236  integrase family protein  61.54 
 
 		 207 aa  244  8e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0119  integrase family protein  58.38 
 
 		 209 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4790  integrase family protein  57.36 
 
 		 209 aa  242  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3791  phage integrase family site specific recombinase  60.39 
 
 		 208 aa  241  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2590  hypothetical protein  57.44 
 
 		 210 aa  238  5.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020859 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1729  phage integrase family protein  56.86 
 
 		 207 aa  237  8e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.425016  normal  0.48456 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3208  phage integrase family protein  55.33 
 
 		 204 aa  237  9e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0839313  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2339  integrase family protein  58.16 
 
 		 210 aa  234  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020288 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3118  phage integrase  54.36 
 
 		 210 aa  230  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2267  phage integrase family protein  55.1 
 
 		 210 aa  227  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.783329  normal  0.401703 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0217  phage integrase family protein  54.08 
 
 		 200 aa  224  7e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6083  integrase family protein  59.49 
 
 		 210 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6093  integrase family protein  58.46 
 
 		 210 aa  222  4e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.61747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5291  integrase family protein  57.44 
 
 		 210 aa  217  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1978  phage integrase family protein  54.93 
 
 		 238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00595062 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0658  phage integrase protein  52.82 
 
 		 210 aa  209  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1287  integrase family protein  55.61 
 
 		 203 aa  201  9e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2062  phage integrase family site specific recombinase  46.39 
 
 		 198 aa  198  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1950  phage integrase family protein  44.56 
 
 		 197 aa  190  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827298  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2164  phage integrase family protein  45.64 
 
 		 198 aa  189  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0251  phage integrase family protein  45.36 
 
 		 198 aa  190  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.705292 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0824  phage integrase family protein  44.27 
 
 		 197 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.917981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3467  integrase family protein  44.27 
 
 		 197 aa  186  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1123  phage integrase family protein  45.13 
 
 		 198 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1181  phage integrase family protein  45.13 
 
 		 198 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.820562  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3899  phage integrase family protein  45.13 
 
 		 198 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2569  phage integrase family protein  43.81 
 
 		 198 aa  186  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0769947 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06813  integrase  43.23 
 
 		 197 aa  186  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4474  integrase family protein  47.42 
 
 		 198 aa  184  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0261  putative tyrosine recombinase XerD  55.41 
 
 		 175 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4334  phage integrase family protein  50.98 
 
 		 173 aa  148  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3446  phage integrase family protein  42.18 
 
 		 163 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.993422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0365  hypothetical protein  61.36 
 
 		 103 aa  114  6.9999999999999995e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0153  phage integrase family site specific recombinase  40.91 
 
 		 141 aa  98.6  6e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.246008  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0790  hypothetical protein  53.19 
 
 		 130 aa  93.2  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.517667  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0280  phage integrase family site specific recombinase  61.54 
 
 		 66 aa  89.4  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1167  hypothetical protein  56.41 
 
 		 78 aa  89.7  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2576  hypothetical protein  47.73 
 
 		 89 aa  84  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6970  hypothetical protein  55.56 
 
 		 88 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1166  hypothetical protein  56.9 
 
 		 76 aa  73.2  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0001  site-specific recombinase  26.4 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2232  integrase family protein  26.47 
 
 		 197 aa  68.6  0.00000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.394376  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2240  integrase family protein  26.47 
 
 		 197 aa  68.6  0.00000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000448435  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0174  integrase family protein  28.48 
 
 		 186 aa  67.4  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00273109  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3590  integrase family protein  27.32 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  0.0592429  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3517  phage integrase family protein  29.24 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3811  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.59 
 
 		 180 aa  65.5  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0141622  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0377  integrase family protein  29.24 
 
 		 186 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000239772 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4009  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  26.11 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4099  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  28.03 
 
 		 169 aa  63.9  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2711  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  25.95 
 
 		 180 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0042219  normal  0.247582 
 
 
-
 
NC_010724  Nther_2955  integrase family protein  25.77 
 
 		 187 aa  62.8  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.819146  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3453  integrase family protein  27.91 
 
 		 189 aa  62.8  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.590005  normal  0.791222 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.48 
 
 		 330 aa  62.8  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2230  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  28.32 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0577  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  24.86 
 
 		 180 aa  62.8  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A08  integrase  26.7 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3599  integrase family protein  25.79 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.616601  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  30.3 
 
 		 278 aa  62.4  0.000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.86 
 
 		 330 aa  62  0.000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.63 
 
 		 328 aa  62  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1368  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  26.11 
 
 		 180 aa  62  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5345  integrase family protein  27.5 
 
 		 182 aa  61.6  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0652  DNA integration/recombination/invertion protein  25.16 
 
 		 180 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1165  integrase family protein  23.24 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1590  phage integrase family site specific recombinase  27.81 
 
 		 182 aa  60.1  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2613  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  25.16 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.301879  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.65 
 
 		 330 aa  59.7  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  30.26 
 
 		 321 aa  58.9  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1431  phage integrase  29.94 
 
 		 309 aa  58.9  0.00000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.145363  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  31.37 
 
 		 319 aa  58.5  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4392  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  30.07 
 
 		 180 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1366  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.81 
 
 		 450 aa  58.2  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000415693  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1179  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.81 
 
 		 450 aa  58.2  0.00000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000142279  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001839  site-specific recombinase phage integrase family  27.85 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3451  integrase family protein  25.71 
 
 		 186 aa  57  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0127606  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1255  integrase family protein  27.65 
 
 		 186 aa  56.6  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2709  integrase family protein  27.04 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000251547  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1859  prophage LambdaSa2, site-specific recombinase phage integrase family protein  24.71 
 
 		 180 aa  55.1  0.0000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00377207  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3829  site-specific recombinase, phage integrase family  22.67 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000329942 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4855  site-specific recombinase, phage integrase family  23.43 
 
 		 188 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  33.12 
 
 		 305 aa  53.5  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0952  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.83 
 
 		 329 aa  53.5  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1516  site-specific recombinase, phage integrase family  22.67 
 
 		 176 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0382  site-specific recombinase, phage integrase family  23.43 
 
 		 188 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1586  phage integrase family site specific recombinase  22.67 
 
 		 176 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.645051  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1553  site-specific recombinase, phage integrase family  22.67 
 
 		 176 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100783 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1343  phage integrase family site specific recombinase  22.67 
 
 		 179 aa  53.1  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.311312  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1342  phage integrase family site specific recombinase  22.67 
 
 		 179 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.41 
 
 		 299 aa  52.8  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1622  site-specific recombinase, phage integrase family  22.67 
 
 		 176 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1481  phage integrase family site specific recombinase  22.67 
 
 		 176 aa  52.8  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>