More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1287 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1287  integrase family protein  100 
 
 		 203 aa  411  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6083  integrase family protein  80.48 
 
 		 210 aa  341  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6093  integrase family protein  80 
 
 		 210 aa  338  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.61747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5291  integrase family protein  78.57 
 
 		 210 aa  335  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0658  phage integrase protein  66.67 
 
 		 210 aa  296  1e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6236  integrase family protein  58.38 
 
 		 207 aa  233  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2590  hypothetical protein  55.71 
 
 		 210 aa  230  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020859 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0772  integrase family protein  53.96 
 
 		 209 aa  223  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4334  phage integrase family protein  62.5 
 
 		 173 aa  221  4e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2339  integrase family protein  51.43 
 
 		 210 aa  220  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3034  integrase family protein  54.82 
 
 		 206 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3118  phage integrase  52.94 
 
 		 210 aa  218  5e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0791  integrase family protein  54.04 
 
 		 209 aa  217  8.999999999999998e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.334688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0119  integrase family protein  54.04 
 
 		 209 aa  216  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3357  integrase family protein  52.97 
 
 		 209 aa  215  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.276444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0811  Phage integrase  51.98 
 
 		 208 aa  215  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2267  phage integrase family protein  53.54 
 
 		 210 aa  215  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.783329  normal  0.401703 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2386  integrase family protein  51.47 
 
 		 208 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5964  Phage integrase  51 
 
 		 208 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4790  integrase family protein  53.85 
 
 		 209 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3208  phage integrase family protein  51.53 
 
 		 204 aa  211  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0839313  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3791  phage integrase family site specific recombinase  51.96 
 
 		 208 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3817  integrase family protein  55.61 
 
 		 210 aa  207  7e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.736864  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1729  phage integrase family protein  47.98 
 
 		 207 aa  203  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.425016  normal  0.48456 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0217  phage integrase family protein  48.98 
 
 		 200 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1978  phage integrase family protein  57.32 
 
 		 238 aa  190  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00595062 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2062  phage integrase family site specific recombinase  44.67 
 
 		 198 aa  184  9e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2569  phage integrase family protein  42.64 
 
 		 198 aa  177  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0769947 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4474  integrase family protein  46.15 
 
 		 198 aa  164  8e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2164  phage integrase family protein  42.35 
 
 		 198 aa  164  8e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0261  putative tyrosine recombinase XerD  50 
 
 		 175 aa  162  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1123  phage integrase family protein  41.84 
 
 		 198 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1181  phage integrase family protein  41.84 
 
 		 198 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.820562  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3899  phage integrase family protein  41.84 
 
 		 198 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06813  integrase  39.9 
 
 		 197 aa  155  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0251  phage integrase family protein  42.13 
 
 		 198 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.705292 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3467  integrase family protein  38.74 
 
 		 197 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0824  phage integrase family protein  38.74 
 
 		 197 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.917981  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1950  phage integrase family protein  38.02 
 
 		 197 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827298  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3446  phage integrase family protein  43.15 
 
 		 163 aa  122  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.993422  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0790  hypothetical protein  63.04 
 
 		 130 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.517667  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0365  hypothetical protein  58.54 
 
 		 103 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1167  hypothetical protein  55.26 
 
 		 78 aa  89  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0280  phage integrase family site specific recombinase  60 
 
 		 66 aa  85.1  6e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0153  phage integrase family site specific recombinase  37.21 
 
 		 141 aa  78.2  0.00000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.246008  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1166  hypothetical protein  53.42 
 
 		 76 aa  76.6  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  29.63 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0001  site-specific recombinase  26.23 
 
 		 190 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  29.19 
 
 		 321 aa  63.5  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010724  Nther_2955  integrase family protein  29.38 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.819146  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2576  hypothetical protein  43.04 
 
 		 89 aa  63.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  31.41 
 
 		 290 aa  61.6  0.000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  31.41 
 
 		 290 aa  61.6  0.000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5345  integrase family protein  26.8 
 
 		 182 aa  60.1  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A08  integrase  29.22 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2613  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  25.73 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.301879  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  31.25 
 
 		 306 aa  58.5  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6970  hypothetical protein  42.65 
 
 		 88 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  28.39 
 
 		 301 aa  57  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  26.28 
 
 		 304 aa  57  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1196  tyrosine recombinase XerD  30.25 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0670859  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  30.77 
 
 		 342 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1787  hypothetical protein  60.87 
 
 		 79 aa  56.6  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0121442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4009  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  23.39 
 
 		 180 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1368  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  24.56 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0174  integrase family protein  26.17 
 
 		 186 aa  55.5  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00273109  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  30.43 
 
 		 343 aa  54.7  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2240  integrase family protein  27.33 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000448435  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2232  integrase family protein  27.33 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.394376  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3599  integrase family protein  25 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.616601  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  30.43 
 
 		 343 aa  54.7  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4076  phage integrase  28.76 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0652  DNA integration/recombination/invertion protein  25.86 
 
 		 180 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  31.41 
 
 		 304 aa  53.9  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.67 
 
 		 330 aa  54.7  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 318 aa  53.5  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3453  integrase family protein  27.44 
 
 		 189 aa  53.5  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.590005  normal  0.791222 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  31.38 
 
 		 304 aa  53.9  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  31.41 
 
 		 311 aa  53.9  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2711  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  22.49 
 
 		 180 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0042219  normal  0.247582 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0221  phage integrase  31.36 
 
 		 349 aa  53.1  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.118358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  28.85 
 
 		 310 aa  52.8  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.85 
 
 		 313 aa  52.4  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  29.94 
 
 		 291 aa  52.4  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.63 
 
 		 298 aa  52  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  30.97 
 
 		 302 aa  52  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  36.47 
 
 		 319 aa  51.6  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  26.63 
 
 		 292 aa  51.6  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  26.95 
 
 		 289 aa  51.6  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  29.58 
 
 		 319 aa  51.6  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.95 
 
 		 324 aa  51.6  0.000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0201  tyrosine recombinase XerC subunit  30.77 
 
 		 345 aa  51.2  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000601095 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  28.93 
 
 		 317 aa  51.2  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0272  phage integrase  28.33 
 
 		 424 aa  50.8  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.0000104155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.63 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  36.36 
 
 		 320 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  28.34 
 
 		 302 aa  50.8  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.63 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.3 
 
 		 330 aa  51.2  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.63 
 
 		 298 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>