170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3446 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3446  phage integrase family protein  100 
 
 		 163 aa  336  8e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.993422  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0251  phage integrase family protein  65.77 
 
 		 198 aa  213  9e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.705292 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3467  integrase family protein  58.78 
 
 		 197 aa  177  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1950  phage integrase family protein  58.11 
 
 		 197 aa  176  8e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827298  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0824  phage integrase family protein  58.78 
 
 		 197 aa  176  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.917981  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1123  phage integrase family protein  57.53 
 
 		 198 aa  175  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1181  phage integrase family protein  57.53 
 
 		 198 aa  175  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.820562  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3899  phage integrase family protein  57.53 
 
 		 198 aa  175  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2164  phage integrase family protein  57.53 
 
 		 198 aa  176  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2062  phage integrase family site specific recombinase  54.73 
 
 		 198 aa  173  7e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06813  integrase  57.43 
 
 		 197 aa  173  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4474  integrase family protein  54.73 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2569  phage integrase family protein  54.73 
 
 		 198 aa  167  6e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0769947 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6236  integrase family protein  50.34 
 
 		 207 aa  162  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3208  phage integrase family protein  52.03 
 
 		 204 aa  159  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0839313  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3791  phage integrase family site specific recombinase  49.32 
 
 		 208 aa  157  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3034  integrase family protein  49.32 
 
 		 206 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1978  phage integrase family protein  47.97 
 
 		 238 aa  154  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00595062 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2386  integrase family protein  48.98 
 
 		 208 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0811  Phage integrase  48.3 
 
 		 208 aa  153  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2590  hypothetical protein  50.68 
 
 		 210 aa  153  9e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020859 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5964  Phage integrase  48.3 
 
 		 208 aa  150  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0772  integrase family protein  49.32 
 
 		 209 aa  147  9e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1729  phage integrase family protein  46.58 
 
 		 207 aa  147  9e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.425016  normal  0.48456 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2339  integrase family protein  45.21 
 
 		 210 aa  143  9e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020288 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0119  integrase family protein  47.95 
 
 		 209 aa  143  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0791  integrase family protein  47.95 
 
 		 209 aa  143  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.334688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3357  integrase family protein  47.95 
 
 		 209 aa  142  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.276444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3118  phage integrase  45.21 
 
 		 210 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2267  phage integrase family protein  46.58 
 
 		 210 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.783329  normal  0.401703 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6083  integrase family protein  45.21 
 
 		 210 aa  137  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6093  integrase family protein  45.21 
 
 		 210 aa  137  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.61747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4790  integrase family protein  45.89 
 
 		 209 aa  137  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5291  integrase family protein  45.21 
 
 		 210 aa  137  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3817  integrase family protein  42.18 
 
 		 210 aa  133  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.736864  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0658  phage integrase protein  41.78 
 
 		 210 aa  131  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0217  phage integrase family protein  42.47 
 
 		 200 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1287  integrase family protein  43.15 
 
 		 203 aa  123  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0365  hypothetical protein  53.85 
 
 		 103 aa  97.8  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0280  phage integrase family site specific recombinase  65.62 
 
 		 66 aa  96.7  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0261  putative tyrosine recombinase XerD  42 
 
 		 175 aa  90.9  8e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1167  hypothetical protein  51.28 
 
 		 78 aa  79  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.347632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0153  phage integrase family site specific recombinase  48.19 
 
 		 141 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.246008  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4334  phage integrase family protein  37.14 
 
 		 173 aa  78.2  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0001  site-specific recombinase  32.61 
 
 		 190 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4009  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  29.29 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1368  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  29.29 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2711  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  29.17 
 
 		 180 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0042219  normal  0.247582 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3599  integrase family protein  29.29 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.616601  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1165  integrase family protein  26.09 
 
 		 187 aa  58.5  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2613  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  27.86 
 
 		 180 aa  58.5  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.301879  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5345  integrase family protein  27.03 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.38 
 
 		 330 aa  55.8  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0652  DNA integration/recombination/invertion protein  26.43 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3517  phage integrase family protein  30.82 
 
 		 188 aa  53.9  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  30.09 
 
 		 303 aa  53.5  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3811  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  28.37 
 
 		 180 aa  53.1  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0141622  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4099  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  28.37 
 
 		 169 aa  53.1  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0377  integrase family protein  30.82 
 
 		 186 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000239772 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.93 
 
 		 330 aa  53.1  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0815  integrase family protein  27.15 
 
 		 183 aa  52.8  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3590  integrase family protein  25 
 
 		 189 aa  52  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  0.0592429  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1255  integrase family protein  34.25 
 
 		 186 aa  52  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010724  Nther_2955  integrase family protein  26.62 
 
 		 187 aa  52  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.819146  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  31.93 
 
 		 293 aa  50.8  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0577  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  26.95 
 
 		 180 aa  51.2  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2240  integrase family protein  27.4 
 
 		 197 aa  50.4  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000448435  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2232  integrase family protein  27.4 
 
 		 197 aa  50.4  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.394376  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3453  integrase family protein  24.46 
 
 		 189 aa  50.4  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.590005  normal  0.791222 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2953  phage integrase family site specific recombinase  30.77 
 
 		 186 aa  49.3  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.603832  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  28.23 
 
 		 339 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1007  site-specific recombinase  27.78 
 
 		 183 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.22552e-63 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001839  site-specific recombinase phage integrase family  31.72 
 
 		 186 aa  49.7  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0017  prophage integration/recombination/invertion protein  36.9 
 
 		 190 aa  49.3  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000444728  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1117  phage integrase  38.71 
 
 		 369 aa  48.9  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.343038  decreased coverage  0.00190839 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  33.33 
 
 		 304 aa  48.5  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A08  integrase  26 
 
 		 195 aa  48.9  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1254  phage integrase family protein  31.94 
 
 		 186 aa  48.9  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.709211 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.18 
 
 		 336 aa  48.5  0.00004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1590  phage integrase family site specific recombinase  27.41 
 
 		 182 aa  48.1  0.00005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  28.29 
 
 		 351 aa  47.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2230  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  27.66 
 
 		 180 aa  47.8  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0174  integrase family protein  29.79 
 
 		 186 aa  47.8  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00273109  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0164  DNA integration/recombination/inversion protein  35.71 
 
 		 190 aa  47.4  0.00009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0167632  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1694  phage integrase family protein  29.37 
 
 		 212 aa  47.4  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.470129  normal  0.0225811 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  29.31 
 
 		 308 aa  47.4  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1859  prophage LambdaSa2, site-specific recombinase phage integrase family protein  26.09 
 
 		 180 aa  47  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00377207  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0412  integrase  35.37 
 
 		 190 aa  47  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0192917  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 321 aa  47  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4392  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  27.66 
 
 		 180 aa  47  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  34.57 
 
 		 278 aa  47  0.0001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  26.89 
 
 		 419 aa  47  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1148  phage integrase family site specific recombinase  25.64 
 
 		 328 aa  46.6  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0281308  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1448  phage integrase family site specific recombinase  28.67 
 
 		 188 aa  46.2  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  32.43 
 
 		 305 aa  45.8  0.0002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  28.37 
 
 		 303 aa  46.6  0.0002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1771  phage integrase family protein  28.67 
 
 		 204 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.753085 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1799  phage integrase family protein  28.67 
 
 		 204 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.968459  normal  0.396821 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  29.2 
 
 		 295 aa  45.8  0.0002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  25.76 
 
 		 319 aa  45.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>