More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0728 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 330 aa  676    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  66.87 
 
 		 330 aa  451  1.0000000000000001e-126  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  61.42 
 
 		 328 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  60.52 
 
 		 330 aa  395  1e-109  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1366  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.02 
 
 		 450 aa  336  2.9999999999999997e-91  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000415693  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1179  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.06 
 
 		 450 aa  330  2e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000142279  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0952  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.38 
 
 		 329 aa  295  1e-78  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  37.03 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  33.87 
 
 		 326 aa  173  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  34.95 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  33.01 
 
 		 320 aa  163  4.0000000000000004e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  37.85 
 
 		 306 aa  159  6e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.5 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  31.66 
 
 		 373 aa  156  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  32.9 
 
 		 316 aa  156  6e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.53 
 
 		 298 aa  155  9e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  34.53 
 
 		 298 aa  155  9e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  34.53 
 
 		 298 aa  155  9e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.53 
 
 		 298 aa  155  9e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.53 
 
 		 298 aa  155  9e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.79 
 
 		 296 aa  155  9e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.53 
 
 		 298 aa  155  9e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.53 
 
 		 298 aa  155  9e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.79 
 
 		 296 aa  155  9e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  33.12 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.79 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.53 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  34.75 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.2 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.2 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.2 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.53 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.2 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  31.15 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.11 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.11 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.11 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.11 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  32.47 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.79 
 
 		 296 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 298 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.79 
 
 		 296 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.79 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  33.12 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  33.66 
 
 		 332 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.22 
 
 		 296 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  32.79 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  33.13 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  34.22 
 
 		 304 aa  152  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.7 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.66 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  33.01 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.44 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  34.22 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.01 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  33.66 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  33.12 
 
 		 299 aa  150  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  33.55 
 
 		 298 aa  150  4e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 315 aa  149  5e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.88 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  33.44 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  32.47 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.05 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  33.33 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  32.79 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  33.22 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  32.12 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  33.66 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  33.99 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  31.79 
 
 		 312 aa  147  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  31.15 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.05 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  33.33 
 
 		 298 aa  146  6e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.77 
 
 		 311 aa  146  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  30.65 
 
 		 324 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  33.02 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  31.17 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.57 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.5 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  34.77 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.4 
 
 		 355 aa  145  1e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  34.63 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.03 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  31.5 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  33.22 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  32.78 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  31.79 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  32.7 
 
 		 314 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  34.22 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  32.79 
 
 		 300 aa  143  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  32.47 
 
 		 299 aa  143  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  37.28 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  30.46 
 
 		 329 aa  142  6e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.05 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>