More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1117 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1117  phage integrase  100 
 
 
369 aa  737    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.343038  decreased coverage  0.00190839 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1554  integrase family protein  39 
 
 
339 aa  178  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.86595  decreased coverage  0.00111318 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2052  integrase family protein  38.59 
 
 
353 aa  176  8e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00829339  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  30.64 
 
 
310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  28.3 
 
 
301 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  32.19 
 
 
299 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  29.74 
 
 
300 aa  116  7.999999999999999e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.19 
 
 
299 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.17 
 
 
315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.22 
 
 
303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  30.59 
 
 
309 aa  113  5e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.87 
 
 
303 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  33.56 
 
 
304 aa  113  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  27.52 
 
 
310 aa  110  5e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  28.39 
 
 
302 aa  109  6e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.85 
 
 
299 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3046  integrase family protein  33.33 
 
 
310 aa  108  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  28.76 
 
 
302 aa  107  2e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  32 
 
 
302 aa  108  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  32.98 
 
 
290 aa  108  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  31.35 
 
 
317 aa  107  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.66 
 
 
299 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  28.43 
 
 
302 aa  106  7e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.62 
 
 
299 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  32.13 
 
 
294 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  32.28 
 
 
301 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  35.37 
 
 
304 aa  105  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.25 
 
 
322 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  28.33 
 
 
291 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  31.96 
 
 
335 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.18 
 
 
296 aa  105  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.34 
 
 
296 aa  104  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.34 
 
 
296 aa  104  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.34 
 
 
296 aa  104  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.66 
 
 
299 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.34 
 
 
296 aa  104  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.34 
 
 
296 aa  104  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.84 
 
 
296 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5541  integrase family protein  28.67 
 
 
329 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0614894 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.84 
 
 
296 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  32.03 
 
 
302 aa  103  4e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.47 
 
 
299 aa  103  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  30.82 
 
 
294 aa  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  26.87 
 
 
296 aa  103  6e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2860  tyrosine recombinase XerC subunit  27.93 
 
 
300 aa  103  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  31.08 
 
 
293 aa  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  30.99 
 
 
304 aa  102  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.84 
 
 
296 aa  102  9e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.18 
 
 
311 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  30.61 
 
 
293 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  34.14 
 
 
301 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  28.73 
 
 
313 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 
310 aa  102  2e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  32.16 
 
 
306 aa  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  33.67 
 
 
298 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  31.92 
 
 
313 aa  100  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.49 
 
 
296 aa  100  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.49 
 
 
296 aa  100  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.56 
 
 
300 aa  100  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  26.88 
 
 
296 aa  100  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.9 
 
 
299 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.3 
 
 
311 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.39 
 
 
311 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  31.58 
 
 
321 aa  100  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  33.23 
 
 
311 aa  99.8  7e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  30.65 
 
 
332 aa  99.4  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0128  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.62 
 
 
303 aa  99.4  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  31.21 
 
 
317 aa  99  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  31.1 
 
 
326 aa  98.2  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  31.63 
 
 
294 aa  98.2  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.88 
 
 
303 aa  98.2  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.88 
 
 
303 aa  98.2  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2277  phage integrase  33.84 
 
 
310 aa  98.2  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000555272  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  27 
 
 
300 aa  98.2  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.18 
 
 
302 aa  98.6  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.88 
 
 
303 aa  98.2  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  28.22 
 
 
305 aa  98.2  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  27.15 
 
 
299 aa  98.2  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  29.57 
 
 
302 aa  97.4  3e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 
324 aa  97.4  3e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  29.07 
 
 
295 aa  97.8  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.43 
 
 
300 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  27.4 
 
 
300 aa  97.4  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  26.09 
 
 
307 aa  97.8  3e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  30.22 
 
 
302 aa  97.4  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.43 
 
 
300 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  29.01 
 
 
294 aa  97.8  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  30.41 
 
 
298 aa  97.1  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.43 
 
 
300 aa  97.4  4e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  29.97 
 
 
304 aa  97.1  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  32.18 
 
 
318 aa  97.4  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  30.72 
 
 
295 aa  97.1  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  29.6 
 
 
319 aa  96.7  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.67 
 
 
299 aa  96.7  6e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  28.52 
 
 
314 aa  96.7  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  31.02 
 
 
295 aa  96.7  6e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  30.68 
 
 
296 aa  96.7  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  34.44 
 
 
294 aa  96.3  8e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  26.35 
 
 
295 aa  95.9  9e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.34 
 
 
321 aa  95.5  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>