More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6657 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  100 
 
 
291 aa  588  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  100 
 
 
291 aa  588  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0826  putative phage integrase  98.85 
 
 
266 aa  524  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  92.04 
 
 
291 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  74.05 
 
 
291 aa  438  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  71.48 
 
 
291 aa  434  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  75.44 
 
 
291 aa  425  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  71.17 
 
 
290 aa  401  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0373  integrase domain protein SAM domain protein  75.86 
 
 
259 aa  350  2e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  62.28 
 
 
289 aa  345  6e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  60.85 
 
 
301 aa  335  3.9999999999999995e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  58.3 
 
 
302 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  57.3 
 
 
302 aa  308  5.9999999999999995e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  60.43 
 
 
286 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  54.58 
 
 
290 aa  299  3e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  54.58 
 
 
290 aa  299  3e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  52.65 
 
 
295 aa  291  9e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  45.1 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  45.1 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  45.1 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  44.76 
 
 
292 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  38.97 
 
 
291 aa  178  9e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  39.02 
 
 
291 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  35.46 
 
 
283 aa  173  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  35.59 
 
 
283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  37.55 
 
 
286 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  35.69 
 
 
279 aa  154  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0466  Fis family transcriptional regulator  34.92 
 
 
362 aa  149  8e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  36.03 
 
 
265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  35.13 
 
 
408 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  34.81 
 
 
296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1695  phage integrase family protein  34.53 
 
 
296 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.363626  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2241  integrase family protein  33.22 
 
 
296 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000667129 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  33.66 
 
 
320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  31.25 
 
 
322 aa  137  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  34.23 
 
 
337 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  34.23 
 
 
337 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  34.23 
 
 
337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  36 
 
 
390 aa  135  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1162  integrase family protein  32.25 
 
 
287 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1189  integrase family protein  32.25 
 
 
287 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00933678  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  33.93 
 
 
337 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2013  integrase family protein  31.88 
 
 
287 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000617639  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2736  integrase family protein  31.88 
 
 
287 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0269003  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  31.84 
 
 
283 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2036  phage integrase family site specific recombinase  31.52 
 
 
287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2164  phage integrase family site specific recombinase  31.52 
 
 
287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2211  phage integrase family site specific recombinase  31.52 
 
 
287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2528  phage integrase family site specific recombinase  31.52 
 
 
287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2959  phage integrase family protein  31.84 
 
 
283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.164424 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  29.43 
 
 
319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1683  phage integrase family protein  31.88 
 
 
287 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  33.09 
 
 
270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  29.43 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  33.99 
 
 
462 aa  129  6e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  31.06 
 
 
329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1624  phage integrase family protein  32.23 
 
 
235 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  29.43 
 
 
319 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  29.11 
 
 
319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  29.11 
 
 
319 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3109  phage integrase family protein  31.71 
 
 
290 aa  124  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  33.02 
 
 
323 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  32.72 
 
 
284 aa  124  2e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  31.51 
 
 
327 aa  123  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  27.53 
 
 
319 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  31.46 
 
 
373 aa  123  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 
325 aa  122  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  31.52 
 
 
334 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  34.09 
 
 
295 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  30.84 
 
 
318 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  30.99 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  28.57 
 
 
319 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2048  integrase domain-containing protein  38.59 
 
 
187 aa  117  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.212868  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  33.02 
 
 
338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  30.07 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  30.12 
 
 
334 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  28.79 
 
 
327 aa  117  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  31.51 
 
 
468 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  29.68 
 
 
333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  31.01 
 
 
453 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  30.97 
 
 
330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  29.9 
 
 
338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3124  putative integrase/recombinase  50 
 
 
185 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505394  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  31.11 
 
 
452 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5312  integrase/recombinase  49.59 
 
 
137 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.169843 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  31.01 
 
 
457 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  30.57 
 
 
449 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  28.25 
 
 
319 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  28.57 
 
 
319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  32.39 
 
 
332 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  32.39 
 
 
332 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  29.69 
 
 
322 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  28.36 
 
 
282 aa  107  2e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  30.32 
 
 
290 aa  107  3e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  32.97 
 
 
296 aa  106  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  31.54 
 
 
301 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  31.12 
 
 
307 aa  107  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1393  integron integrase  28.79 
 
 
324 aa  106  5e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.597371  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1823  integrase family protein  32.81 
 
 
253 aa  105  7e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.987007  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1723  integrase family protein  35.91 
 
 
210 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0273744  normal  0.126779 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>