214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0132 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1457  YD repeat-containing protein  50.77 
 
 		 1423 aa  828    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4406  YD repeat-containing protein  34.8 
 
 		 1562 aa  667    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0132  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1422 aa  2925    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4267  YD repeat-containing protein  34.8 
 
 		 1562 aa  667    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  23.96 
 
 		 1427 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2953  YD repeat-containing protein  26.07 
 
 		 1127 aa  182  4.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000628016  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0205  hypothetical protein  61.22 
 
 		 130 aa  127  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  25.38 
 
 		 1198 aa  114  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  24.5 
 
 		 1467 aa  113  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  24.71 
 
 		 917 aa  106  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  23.51 
 
 		 3073 aa  102  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  24.55 
 
 		 920 aa  101  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  25.23 
 
 		 1577 aa  100  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  26.62 
 
 		 2277 aa  95.5  7e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  26.71 
 
 		 1917 aa  95.1  8e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  24.02 
 
 		 1834 aa  94.7  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  25.16 
 
 		 1942 aa  94.4  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  24.79 
 
 		 1840 aa  91.3  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  25.66 
 
 		 764 aa  90.1  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2292  hypothetical protein  29.64 
 
 		 347 aa  90.1  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  25.08 
 
 		 2017 aa  89.7  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  24.8 
 
 		 1669 aa  89.4  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  24.51 
 
 		 1381 aa  89.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  24.33 
 
 		 1517 aa  89.7  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00576  RhsD protein  26.42 
 
 		 613 aa  89.4  5e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  26.01 
 
 		 705 aa  86.7  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  23.37 
 
 		 1271 aa  85.1  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  25.56 
 
 		 788 aa  83.6  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  25.56 
 
 		 788 aa  83.6  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  24.24 
 
 		 1352 aa  84  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  24.93 
 
 		 1177 aa  83.6  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  25.6 
 
 		 889 aa  81.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  23.97 
 
 		 1576 aa  80.5  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  25.73 
 
 		 903 aa  79.7  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.7 
 
 		 1433 aa  77  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  23.51 
 
 		 1572 aa  74.3  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  24.49 
 
 		 3689 aa  72  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.57 
 
 		 3027 aa  71.2  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  24.8 
 
 		 741 aa  70.5  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  24.48 
 
 		 1517 aa  70.5  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  24.67 
 
 		 2401 aa  70.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1180  YD repeat-containing protein  24.67 
 
 		 2437 aa  70.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.265366 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  26.16 
 
 		 1345 aa  70.5  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  26.16 
 
 		 1345 aa  70.5  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  21.44 
 
 		 2117 aa  69.7  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  26.39 
 
 		 1008 aa  69.7  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  26.39 
 
 		 1008 aa  69.7  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  23.62 
 
 		 2096 aa  68.9  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  25.44 
 
 		 605 aa  68.9  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.88 
 
 		 2035 aa  68.9  0.0000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  24.48 
 
 		 2283 aa  68.6  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  24.06 
 
 		 913 aa  68.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  24.32 
 
 		 1732 aa  67  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  24.07 
 
 		 738 aa  66.2  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  25.51 
 
 		 927 aa  65.1  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  25.95 
 
 		 678 aa  64.3  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  23.96 
 
 		 3273 aa  65.1  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  23.52 
 
 		 1485 aa  63.5  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.15 
 
 		 1527 aa  63.2  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  24.94 
 
 		 2349 aa  63.2  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  21.39 
 
 		 1959 aa  63.2  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  23.15 
 
 		 1189 aa  62.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  25.06 
 
 		 690 aa  62.8  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  22.26 
 
 		 1614 aa  62.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_003296  RS00940  rhs-related protein  25.31 
 
 		 468 aa  62  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.70443 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  23.62 
 
 		 1600 aa  61.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4284  YD repeat-containing protein  28.09 
 
 		 1687 aa  61.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  26.55 
 
 		 1390 aa  60.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  22.14 
 
 		 1586 aa  60.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  24.37 
 
 		 1595 aa  60.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  23.54 
 
 		 1429 aa  60.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  26.34 
 
 		 2294 aa  60.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  22.86 
 
 		 1599 aa  60.5  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  25.36 
 
 		 1560 aa  60.5  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  26.94 
 
 		 628 aa  60.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  22.17 
 
 		 1611 aa  59.3  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  26.12 
 
 		 1485 aa  58.5  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  24.16 
 
 		 1518 aa  58.5  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4111  YD repeat-containing protein  27.72 
 
 		 1687 aa  58.5  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  24.22 
 
 		 2246 aa  58.2  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  23.82 
 
 		 1509 aa  57.8  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0197  Rhs family protein-like protein  23.53 
 
 		 2413 aa  57.8  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1603  YD repeat protein  24.12 
 
 		 840 aa  57.8  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  22.6 
 
 		 1953 aa  58.2  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2031  YD repeat-containing protein  23.51 
 
 		 2402 aa  58.5  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.063176 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  22.13 
 
 		 1609 aa  58.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2165  YD repeat-containing protein  24.15 
 
 		 2448 aa  57.8  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  26.55 
 
 		 1547 aa  57.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00354  putative RHS-related transmembrane protein  26.21 
 
 		 1368 aa  57.4  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  21.23 
 
 		 1489 aa  57.4  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  23.34 
 
 		 1488 aa  57.8  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  21.04 
 
 		 1368 aa  57.4  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  23.75 
 
 		 1528 aa  57.4  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1143  YD repeat protein  24.3 
 
 		 1991 aa  57.4  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0172483 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  23.13 
 
 		 1626 aa  57.4  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  22.25 
 
 		 1981 aa  57  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  22.99 
 
 		 3193 aa  57.4  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  27.89 
 
 		 1551 aa  57.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3445  wall-associated protein  24.65 
 
 		 2178 aa  56.6  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837931  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  23.28 
 
 		 1319 aa  57  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>