20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0205 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0205  hypothetical protein  100 
 
 		 130 aa  261  2e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4267  YD repeat-containing protein  80.61 
 
 		 1562 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4406  YD repeat-containing protein  80.61 
 
 		 1562 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0132  YD repeat-containing protein  61.22 
 
 		 1422 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1457  YD repeat-containing protein  61.7 
 
 		 1423 aa  122  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  35.96 
 
 		 1427 aa  54.7  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2953  YD repeat-containing protein  36.56 
 
 		 1127 aa  50.4  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000628016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  38.1 
 
 		 2017 aa  45.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  33.64 
 
 		 1464 aa  43.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  35.87 
 
 		 863 aa  43.5  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  35.48 
 
 		 1550 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  40.26 
 
 		 1834 aa  41.6  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  35.48 
 
 		 1520 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1512  YD repeat protein  38.57 
 
 		 2059 aa  41.2  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384432 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5751  YD repeat protein  38.57 
 
 		 2035 aa  40.8  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  37.5 
 
 		 1381 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  31.87 
 
 		 1308 aa  40  0.01  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  31.87 
 
 		 1388 aa  40  0.01  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  31.87 
 
 		 1377 aa  40  0.01  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  31.87 
 
 		 1399 aa  40  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>