178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0178 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0178  hypothetical protein  100 
 
 		 880 aa  1766    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0441956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0423  TPR repeat-containing protein  27.66 
 
 		 880 aa  226  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0262641 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1620  TPR repeat-containing protein  23.4 
 
 		 900 aa  152  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1987  TPR repeat-containing protein  24.87 
 
 		 934 aa  118  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0465352  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0376  tetratricopeptide TPR_4  26.9 
 
 		 929 aa  102  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2499  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  22.19 
 
 		 935 aa  89.7  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00842249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.82 
 
 		 557 aa  79  0.0000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2367  TPR repeat-containing protein  21.69 
 
 		 860 aa  77  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2439  TPR repeat-containing protein  23.31 
 
 		 923 aa  73.2  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.427579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0195  TPR repeat-containing protein  23.17 
 
 		 931 aa  72.4  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0705  tetratricopeptide TPR_2  23.61 
 
 		 924 aa  72  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0528  TPR domain-containing protein  20.87 
 
 		 917 aa  71.2  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668736  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1107  TPR domain protein  33.33 
 
 		 575 aa  71.2  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0947  TPR repeat-containing protein  32.82 
 
 		 556 aa  68.2  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0156  TPR repeat-containing protein  39.17 
 
 		 955 aa  67.4  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0828  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 886 aa  66.2  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4130  hypothetical protein  32.52 
 
 		 613 aa  65.5  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.533551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0588  TPR repeat-containing protein  32.52 
 
 		 613 aa  65.1  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.498138  decreased coverage  0.00128079 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2032  TPR repeat-containing protein  22.47 
 
 		 883 aa  64.3  0.000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.192732  normal  0.125101 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2478  TPR repeat-containing protein  22.17 
 
 		 884 aa  64.3  0.000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.599046  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0588  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.72 
 
 		 571 aa  63.9  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.795395  normal  0.0835537 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4750  hypothetical protein  30.48 
 
 		 574 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  35.09 
 
 		 591 aa  62.4  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2838  tetratricopeptide TPR_2  24.71 
 
 		 940 aa  62.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1201  tetratricopeptide TPR_2  24.43 
 
 		 918 aa  62.4  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.173975  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0954  TPR domain-containing protein  39.8 
 
 		 579 aa  62  0.00000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.178394 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  33.63 
 
 		 607 aa  61.2  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  33.63 
 
 		 607 aa  61.2  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  33.63 
 
 		 607 aa  61.2  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 		 594 aa  60.8  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  32.74 
 
 		 607 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2656  TPR repeat-containing protein  32.28 
 
 		 568 aa  60.8  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000162187  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  31.86 
 
 		 607 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  22.4 
 
 		 613 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2555  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.84 
 
 		 804 aa  60.1  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.152731  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1499  TPR repeat-containing protein  32.41 
 
 		 620 aa  60.1  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0511559 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1943  TPR repeat-containing protein  26.7 
 
 		 952 aa  59.3  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.102548 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2224  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  20.7 
 
 		 884 aa  59.7  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2362  TPR repeat-containing protein  32.17 
 
 		 585 aa  59.3  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1618  TPR repeat-containing protein  41.86 
 
 		 586 aa  58.9  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.73577 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0691  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  23.99 
 
 		 883 aa  58.9  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.953113 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1432  TPR domain-containing protein  31.67 
 
 		 573 aa  58.5  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2717  TPR repeat-containing protein  31.86 
 
 		 607 aa  58.5  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0254637  normal  0.13639 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2859  TPR repeat-containing protein  31.86 
 
 		 607 aa  58.5  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504005  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  29.17 
 
 		 573 aa  58.2  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0694  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.69 
 
 		 577 aa  57.8  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  36.84 
 
 		 606 aa  57.8  0.0000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  37.08 
 
 		 632 aa  57.8  0.0000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41490  hypothetical protein  29.95 
 
 		 520 aa  57.8  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.510625  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1165  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.8 
 
 		 574 aa  57.4  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96712  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1527  tetratricopeptide TPR_4  35.4 
 
 		 619 aa  57.4  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.80343  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1058  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 575 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364915  normal  0.506531 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  25.17 
 
 		 586 aa  57  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1582  TPR repeat-containing protein  29.92 
 
 		 767 aa  57  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000189935  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0011  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1138 aa  56.6  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.41301  normal  0.0644501 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  34.21 
 
 		 581 aa  56.6  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1768  TPR repeat-containing protein  38.78 
 
 		 492 aa  56.6  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0342  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30 
 
 		 582 aa  56.6  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0769  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 		 573 aa  57  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61720  hypothetical protein  28.96 
 
 		 590 aa  57  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.541036  decreased coverage  0.00206868 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0617  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.67 
 
 		 579 aa  56.6  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0523  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.38 
 
 		 582 aa  57  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.95 
 
 		 2240 aa  55.8  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1238  TPR repeat-containing protein  26.95 
 
 		 377 aa  55.5  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4458  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 573 aa  55.5  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03692  TPR domain protein  33.09 
 
 		 924 aa  54.7  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0725  TPR domain-containing protein  31.25 
 
 		 573 aa  54.3  0.000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883173  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1987  TPR domain-containing protein  26.32 
 
 		 864 aa  54.3  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.944233  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3607  TPR repeat-containing protein  25.11 
 
 		 584 aa  53.9  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277474 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5316  hypothetical protein  27.87 
 
 		 575 aa  53.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.348635  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  25.07 
 
 		 606 aa  53.5  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  25.07 
 
 		 606 aa  53.5  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0487  TPR repeat-containing protein  26.04 
 
 		 566 aa  53.1  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2187  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 571 aa  53.5  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  25.07 
 
 		 606 aa  53.5  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  25.07 
 
 		 606 aa  53.5  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  25.07 
 
 		 606 aa  53.5  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  25.07 
 
 		 606 aa  53.5  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  25.07 
 
 		 606 aa  53.5  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  30.97 
 
 		 606 aa  52.4  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0911  TPR repeat-containing protein  21.76 
 
 		 515 aa  52  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.19098  hitchhiker  0.00518464 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2393  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 944 aa  52  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0759  TPR repeat-containing protein  30.68 
 
 		 573 aa  52  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.449417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0570  TPR repeat-containing protein  27.05 
 
 		 591 aa  52  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28501  hypothetical protein  37.65 
 
 		 706 aa  52  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2405  hypothetical protein  24.68 
 
 		 577 aa  51.6  0.00006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1550  TPR repeat-containing protein  22.2 
 
 		 562 aa  51.6  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.119519  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2297  TPR domain-containing protein  36.26 
 
 		 226 aa  51.6  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.76 
 
 		 564 aa  51.2  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.686717  normal  0.618233 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  25.23 
 
 		 3301 aa  51.2  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  22.92 
 
 		 567 aa  51.2  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2201  Tfp pilus assembly protein PilF-like  28.64 
 
 		 542 aa  51.2  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2549  hypothetical protein  24.26 
 
 		 577 aa  50.4  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  25.57 
 
 		 827 aa  50.8  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1589  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.29 
 
 		 572 aa  50.4  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.499739 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  37.5 
 
 		 616 aa  50.4  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2210  hypothetical protein  32.17 
 
 		 559 aa  50.8  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0162146  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28701  hypothetical protein  37.5 
 
 		 582 aa  50.4  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  21.5 
 
 		 573 aa  50.8  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1130  TPR repeat-containing protein  32.31 
 
 		 271 aa  50.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>