More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3253 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  100 
 
 		 591 aa  1202    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1058  TPR repeat-containing protein  40 
 
 		 575 aa  363  4e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364915  normal  0.506531 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1107  TPR domain protein  38.58 
 
 		 575 aa  362  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0947  TPR repeat-containing protein  39.7 
 
 		 556 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4750  hypothetical protein  37.83 
 
 		 574 aa  351  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61720  hypothetical protein  38.93 
 
 		 590 aa  347  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.541036  decreased coverage  0.00206868 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5316  hypothetical protein  38.39 
 
 		 575 aa  342  9e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.348635  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41490  hypothetical protein  39.19 
 
 		 520 aa  332  1e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.510625  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0769  TPR repeat-containing protein  38.15 
 
 		 573 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0725  TPR domain-containing protein  37.61 
 
 		 573 aa  326  7e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0759  TPR repeat-containing protein  37.79 
 
 		 573 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.449417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2362  TPR repeat-containing protein  36.36 
 
 		 585 aa  323  6e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4458  TPR repeat-containing protein  38.06 
 
 		 573 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  33.57 
 
 		 581 aa  277  5e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0524  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.15 
 
 		 574 aa  259  7e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0586  hypothetical protein  33.15 
 
 		 573 aa  252  2e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  32.48 
 
 		 584 aa  232  1e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0384  TPR repeat-containing protein  33.4 
 
 		 592 aa  225  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.0233306 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  29.89 
 
 		 572 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  30.47 
 
 		 586 aa  216  8e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0342  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.08 
 
 		 582 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0681  tetratricopeptide TPR_2  29.87 
 
 		 562 aa  212  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  29.32 
 
 		 603 aa  192  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.32 
 
 		 553 aa  192  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3624  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.91 
 
 		 571 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  27.52 
 
 		 613 aa  180  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0292  hypothetical protein  26.53 
 
 		 635 aa  179  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  28.84 
 
 		 606 aa  177  6e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  28.84 
 
 		 606 aa  177  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  28.84 
 
 		 606 aa  177  6e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  28.84 
 
 		 606 aa  177  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  28.84 
 
 		 606 aa  177  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  28.84 
 
 		 606 aa  177  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  28.84 
 
 		 606 aa  177  6e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  28.7 
 
 		 606 aa  172  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0345  TPR repeat-containing protein  26.99 
 
 		 616 aa  172  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.856106  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  29.06 
 
 		 616 aa  171  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2859  TPR repeat-containing protein  28.36 
 
 		 607 aa  170  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504005  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2717  TPR repeat-containing protein  28.36 
 
 		 607 aa  170  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0254637  normal  0.13639 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4130  hypothetical protein  28.65 
 
 		 613 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.533551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3607  TPR repeat-containing protein  29.52 
 
 		 584 aa  169  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277474 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0253  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.69 
 
 		 645 aa  168  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  28.36 
 
 		 607 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  28.36 
 
 		 607 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  28.36 
 
 		 607 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  28.55 
 
 		 607 aa  167  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0588  TPR repeat-containing protein  27.89 
 
 		 613 aa  166  8e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.498138  decreased coverage  0.00128079 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  28.28 
 
 		 607 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1657  tetratricopeptide TPR_4  28.93 
 
 		 587 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04546  tetratricopeptide repeat family  33.06 
 
 		 551 aa  165  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0280  Tetratricopeptide domain protein  27.16 
 
 		 645 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0398  hypothetical protein  26.55 
 
 		 642 aa  163  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000413464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.62 
 
 		 564 aa  162  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.686717  normal  0.618233 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3232  hypothetical protein  40.17 
 
 		 609 aa  161  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0129967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2210  hypothetical protein  40 
 
 		 559 aa  160  5e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0162146  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2121  TPR repeat-containing protein  38.04 
 
 		 559 aa  158  3e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000963892  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1296  tetratricopeptide TPR_4  33.66 
 
 		 594 aa  150  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.251517 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1165  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.18 
 
 		 574 aa  149  2.0000000000000003e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96712  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0898  TPR repeat-containing protein  30.02 
 
 		 599 aa  146  8.000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3495  tetratricopeptide TPR_4  27.24 
 
 		 620 aa  146  8.000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000742446 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0827  TPR repeat-containing protein  29.83 
 
 		 574 aa  145  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0963387  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0954  TPR repeat-containing protein  27.64 
 
 		 595 aa  141  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 		 594 aa  140  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0992  TPR repeat-containing protein  44 
 
 		 464 aa  138  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.37346  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0902  tetratricopeptide domain-containing protein  27.95 
 
 		 625 aa  134  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.285036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5430  tetratricopeptide TPR_4  25.25 
 
 		 595 aa  131  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  27.83 
 
 		 567 aa  130  6e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1527  tetratricopeptide TPR_4  32.92 
 
 		 619 aa  127  8.000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.80343  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3601  TPR repeat-containing protein  39.53 
 
 		 603 aa  124  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.36082  normal  0.484683 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1918  outer membrane lipoprotein LolB  43.62 
 
 		 494 aa  123  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1623  outer membrane lipoprotein LolB  42.68 
 
 		 495 aa  122  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.84859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  24.2 
 
 		 606 aa  117  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  22.91 
 
 		 573 aa  117  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  29.68 
 
 		 632 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0457  TPR repeat-containing protein  25.83 
 
 		 607 aa  113  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1550  TPR repeat-containing protein  27.32 
 
 		 562 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.119519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.99 
 
 		 557 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  39.87 
 
 		 642 aa  112  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0522  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.32 
 
 		 610 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133163  normal  0.433558 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.84 
 
 		 599 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0259982 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0566  TPR repeat-containing protein  31.94 
 
 		 610 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1432  TPR domain-containing protein  25.91 
 
 		 573 aa  110  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  31.84 
 
 		 621 aa  109  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  31.84 
 
 		 621 aa  109  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  35.71 
 
 		 572 aa  109  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0942  hypothetical protein  32.43 
 
 		 619 aa  108  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  38.46 
 
 		 566 aa  104  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  32.02 
 
 		 425 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  32.02 
 
 		 566 aa  102  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  24.88 
 
 		 573 aa  100  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1117  TPR repeat-containing protein  26.57 
 
 		 585 aa  100  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.573354 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0520  TPR repeat-containing protein  30.34 
 
 		 621 aa  99.8  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2472  TPR repeat-containing protein  38.35 
 
 		 566 aa  99.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  28.48 
 
 		 677 aa  97.8  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  34.73 
 
 		 617 aa  97.4  7e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.390942 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  36.9 
 
 		 572 aa  96.3  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2656  TPR repeat-containing protein  23.49 
 
 		 568 aa  96.3  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000162187  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0720  TPR repeat-containing protein  41.04 
 
 		 595 aa  95.9  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.537549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3217  tetratricopeptide TPR_2  34.73 
 
 		 593 aa  95.5  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.7268  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1382  TPR repeat-containing protein  34.9 
 
 		 579 aa  95.1  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18968  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>