More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4458 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_5316  hypothetical protein  67.07 
 
 
575 aa  751    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.348635  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1058  TPR repeat-containing protein  68.7 
 
 
575 aa  758    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364915  normal  0.506531 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0725  TPR domain-containing protein  91.45 
 
 
573 aa  1023    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883173  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1107  TPR domain protein  71.3 
 
 
575 aa  825    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0947  TPR repeat-containing protein  71.68 
 
 
556 aa  806    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4458  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
573 aa  1145    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4750  hypothetical protein  72.52 
 
 
574 aa  839    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0769  TPR repeat-containing protein  92.67 
 
 
573 aa  1032    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41490  hypothetical protein  71.73 
 
 
520 aa  734    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.510625  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61720  hypothetical protein  67.42 
 
 
590 aa  755    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.541036  decreased coverage  0.00206868 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0759  TPR repeat-containing protein  91.27 
 
 
573 aa  1018    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.449417  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2362  TPR repeat-containing protein  37.71 
 
 
585 aa  324  3e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  38.03 
 
 
591 aa  321  3e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  35.02 
 
 
581 aa  281  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  36.65 
 
 
584 aa  279  8e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0681  tetratricopeptide TPR_2  33.45 
 
 
562 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0524  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.51 
 
 
574 aa  257  4e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  33.21 
 
 
586 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0384  TPR repeat-containing protein  35.89 
 
 
592 aa  254  3e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.0233306 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0586  hypothetical protein  32.51 
 
 
573 aa  250  5e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0342  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.5 
 
 
582 aa  248  3e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  31.91 
 
 
572 aa  224  4.9999999999999996e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  33.02 
 
 
613 aa  219  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3624  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.85 
 
 
571 aa  218  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  31.4 
 
 
607 aa  213  7e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  32.52 
 
 
607 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  32.52 
 
 
607 aa  213  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  32.52 
 
 
607 aa  213  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2717  TPR repeat-containing protein  32.14 
 
 
607 aa  208  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0254637  normal  0.13639 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2859  TPR repeat-containing protein  32.14 
 
 
607 aa  208  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504005  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0345  TPR repeat-containing protein  30.07 
 
 
616 aa  206  7e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.856106  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4130  hypothetical protein  31.29 
 
 
613 aa  206  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.533551  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  31.45 
 
 
607 aa  205  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0292  hypothetical protein  30.53 
 
 
635 aa  204  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0588  TPR repeat-containing protein  31.29 
 
 
613 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.498138  decreased coverage  0.00128079 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1527  tetratricopeptide TPR_4  33.64 
 
 
619 aa  201  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.80343  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3232  hypothetical protein  40.24 
 
 
609 aa  200  6e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0129967  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  30.98 
 
 
606 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5430  tetratricopeptide TPR_4  30.27 
 
 
595 aa  198  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  30.7 
 
 
606 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  30.7 
 
 
606 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  30.7 
 
 
606 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  30.7 
 
 
606 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  30.7 
 
 
606 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  30.7 
 
 
606 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  30.7 
 
 
606 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0827  TPR repeat-containing protein  31.73 
 
 
574 aa  193  6e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0963387  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0898  TPR repeat-containing protein  31.73 
 
 
599 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1657  tetratricopeptide TPR_4  29.8 
 
 
587 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  29.98 
 
 
616 aa  186  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  29.44 
 
 
603 aa  184  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.44 
 
 
553 aa  184  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0280  Tetratricopeptide domain protein  29.36 
 
 
645 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04546  tetratricopeptide repeat family  31.36 
 
 
551 aa  181  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0253  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.18 
 
 
645 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0902  tetratricopeptide domain-containing protein  29.73 
 
 
625 aa  182  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.285036  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0398  hypothetical protein  29.15 
 
 
642 aa  180  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000413464  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3607  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 
584 aa  179  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.277474 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1296  tetratricopeptide TPR_4  34.59 
 
 
594 aa  177  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.251517 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0954  TPR repeat-containing protein  29.95 
 
 
595 aa  175  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1165  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.59 
 
 
574 aa  164  5.0000000000000005e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96712  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.22 
 
 
564 aa  162  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.686717  normal  0.618233 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3495  tetratricopeptide TPR_4  29.88 
 
 
620 aa  161  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000742446 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2210  hypothetical protein  40.08 
 
 
559 aa  152  1e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0162146  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2121  TPR repeat-containing protein  40.08 
 
 
559 aa  152  2e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000963892  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 
594 aa  137  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3601  TPR repeat-containing protein  27.43 
 
 
603 aa  137  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.36082  normal  0.484683 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  27.18 
 
 
567 aa  137  7.000000000000001e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  24.96 
 
 
606 aa  134  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1918  outer membrane lipoprotein LolB  45.22 
 
 
494 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0992  TPR repeat-containing protein  37.76 
 
 
464 aa  130  9.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.37346  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1623  outer membrane lipoprotein LolB  46.26 
 
 
495 aa  129  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.84859  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1444  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.07 
 
 
581 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0231382  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1872  TPR repeat-containing protein  24.58 
 
 
594 aa  114  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0261679  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.96 
 
 
599 aa  110  5e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0259982 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  24.42 
 
 
573 aa  110  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1550  TPR repeat-containing protein  28.87 
 
 
562 aa  109  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.119519  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  26.68 
 
 
642 aa  106  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  33.33 
 
 
566 aa  103  8e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1154  TPR repeat-containing protein  25.68 
 
 
511 aa  102  1e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  30.2 
 
 
677 aa  102  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0720  TPR repeat-containing protein  30.15 
 
 
595 aa  101  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.537549  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2098  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.41 
 
 
566 aa  100  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000120088  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  26.67 
 
 
632 aa  98.2  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  31.96 
 
 
572 aa  97.8  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  30.63 
 
 
572 aa  96.7  9e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2656  TPR repeat-containing protein  22.49 
 
 
568 aa  96.7  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000162187  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  24.22 
 
 
573 aa  96.7  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1382  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
579 aa  95.9  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18968  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2347  hypothetical protein  33.78 
 
 
583 aa  95.9  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.172568 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  26.41 
 
 
722 aa  95.5  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  31.46 
 
 
566 aa  95.5  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  31.46 
 
 
425 aa  95.1  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1432  TPR domain-containing protein  24.78 
 
 
573 aa  93.6  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0856  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.93 
 
 
563 aa  92.4  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000292509  normal  0.491449 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  27.13 
 
 
621 aa  92  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1861  TPR repeat-containing protein  24.68 
 
 
565 aa  92.4  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.244613  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  27.13 
 
 
621 aa  91.7  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2168  TPR repeat-containing protein  32.24 
 
 
573 aa  91.7  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.28547  normal  0.066147 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  37.12 
 
 
617 aa  90.9  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.390942 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>