More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4796 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A0013  Rhs element Vgr protein  56.41 
 
 		 771 aa  868    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5267  Rhs element Vgr protein  59.02 
 
 		 822 aa  924    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3479  Rhs element Vgr protein  56.84 
 
 		 897 aa  1004    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.477057 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0626  Rhs element Vgr protein  65.43 
 
 		 889 aa  975    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.160391 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4796  Rhs element Vgr protein  100 
 
 		 911 aa  1889    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3651  Rhs element Vgr protein  36.92 
 
 		 779 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0169  hypothetical protein  37.31 
 
 		 782 aa  452  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000232253 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0785  Rhs element Vgr protein  35.79 
 
 		 832 aa  452  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0733  type VI secretion system family protein  37.04 
 
 		 782 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3254  type VI secretion system Vgr family protein  37.84 
 
 		 787 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3130  type VI secretion system Vgr family protein  36.46 
 
 		 835 aa  445  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6319  Rhs element Vgr protein  36.84 
 
 		 1197 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0965231 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0788  Rhs element Vgr protein  36.99 
 
 		 900 aa  438  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0805  type VI secretion system Vgr family protein  37.48 
 
 		 782 aa  438  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.637165  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2504  Rhs element Vgr protein  37.89 
 
 		 782 aa  439  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2983  Rhs element Vgr protein  37.76 
 
 		 782 aa  438  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.389792  hitchhiker  0.000144528 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1790  Rhs element Vgr protein  31.03 
 
 		 792 aa  369  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0179  Rhs element Vgr protein  32.28 
 
 		 783 aa  340  5.9999999999999996e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.109522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2329  Rhs element Vgr protein  24.38 
 
 		 968 aa  213  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5680  type VI secretion system Vgr family protein  26.59 
 
 		 975 aa  211  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.555449  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0459  Rhs element Vgr protein  24.48 
 
 		 1063 aa  205  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139035  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2648  Rhs element Vgr protein  24.48 
 
 		 1063 aa  205  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0434  type VI secretion system Vgr family protein  24.38 
 
 		 1063 aa  204  7e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000011014 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2821  Rhs element protein VgrE  28.78 
 
 		 690 aa  191  5e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5197  type VI secretion system Vgr family protein  26.91 
 
 		 837 aa  189  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0918871 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1932  type VI secretion system Vgr family protein  26.83 
 
 		 918 aa  188  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0023  type VI secretion system Vgr family protein  26.36 
 
 		 885 aa  187  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44900  hypothetical protein  25.35 
 
 		 842 aa  182  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0151345  normal  0.422437 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03220  hypothetical protein  25.21 
 
 		 1019 aa  181  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000195826 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4023  Rhs element Vgr protein  23.74 
 
 		 923 aa  181  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.78403 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3859  type VI secretion system Vgr family protein  24.8 
 
 		 901 aa  181  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1248  hypothetical protein  25.8 
 
 		 1019 aa  180  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60494  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5366  Rhs element Vgr protein  25.29 
 
 		 1284 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.317319  normal  0.534977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0894  type VI secretion system Vgr family protein  24.45 
 
 		 886 aa  172  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5744  type VI secretion system Vgr family protein  26.2 
 
 		 920 aa  169  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2130  Rhs element Vgr protein  28.73 
 
 		 1007 aa  168  5e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0541  Rhs element Vgr protein  29.03 
 
 		 1007 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2032  Rhs element Vgr protein  28.73 
 
 		 1007 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0863  Rhs element Vgr protein  28.51 
 
 		 1012 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0201208  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0737  Rhs element Vgr protein  28.57 
 
 		 1007 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1680  Rhs element Vgr protein  28.57 
 
 		 1007 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0722  Rhs element Vgr protein  28.57 
 
 		 1007 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0611  Rhs element Vgr protein  28.57 
 
 		 1007 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0583244  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3640  type VI secretion system Vgr family protein  24.11 
 
 		 941 aa  165  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0023  Rhs element Vgr protein  26.16 
 
 		 1041 aa  163  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0028  Rhs element Vgr protein  25.9 
 
 		 1207 aa  163  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.645983  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0065  type VI secretion system Vgr family protein  24.93 
 
 		 822 aa  162  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1505  type VI secretion system Vgr family protein  24.18 
 
 		 826 aa  160  8e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.483265 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6440  type VI secretion system Vgr family protein  23.29 
 
 		 843 aa  158  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.720009  normal  0.358804 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3549  Rhs element Vgr protein  26.96 
 
 		 1074 aa  158  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.321828 
 
 
-
 
NC_003296  RS01970  putative VGR-related protein  25.14 
 
 		 898 aa  157  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.298061 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0985  Rhs element Vgr protein  25.95 
 
 		 843 aa  157  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0352  type VI secretion system Vgr family protein  26.58 
 
 		 1059 aa  156  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1281  type VI secretion system Vgr family protein  23.54 
 
 		 843 aa  155  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435024  normal  0.300855 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0383  type VI secretion system Vgr family protein  26.99 
 
 		 1057 aa  154  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2274  Rhs element Vgr protein  29.49 
 
 		 871 aa  154  8e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5469  type VI secretion system Vgr family protein  23.92 
 
 		 1284 aa  153  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387829  normal  0.0913862 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0367  Rhs element Vgr protein  26.38 
 
 		 1057 aa  152  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03738  putative VGR-related protein  23.11 
 
 		 957 aa  151  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.198638 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6106  type VI secretion system Vgr family protein  24.86 
 
 		 952 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.894358  normal  0.984753 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3479  Rhs element Vgr protein  24.96 
 
 		 845 aa  149  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.380247 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2788  type VI secretion system Vgr family protein  25.13 
 
 		 889 aa  146  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.154315 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2254  type VI secretion system Vgr family protein  23.96 
 
 		 862 aa  144  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1679  type VI secretion system Vgr family protein  24.36 
 
 		 1048 aa  144  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00352314 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6610  type VI secretion system Vgr family protein  24.65 
 
 		 924 aa  144  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4080  Rhs element Vgr protein  25.15 
 
 		 853 aa  141  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3914  type VI secretion system Vgr family protein  23.08 
 
 		 845 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120628  normal  0.788068 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2182  Rhs element Vgr protein  23.09 
 
 		 911 aa  140  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.368954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2254  Rhs element Vgr protein  26.44 
 
 		 875 aa  139  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2999  Rhs element Vgr protein  28.89 
 
 		 910 aa  139  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1930  type VI secretion system Vgr family protein  23.39 
 
 		 862 aa  139  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.931752  normal  0.0420074 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0204  Rhs element Vgr protein  28.03 
 
 		 869 aa  137  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0164  Rhs element Vgr protein  41.52 
 
 		 211 aa  136  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000065374 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2538  Rhs element Vgr protein  27.51 
 
 		 680 aa  135  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0449  type VI secretion system Vgr family protein  25.44 
 
 		 840 aa  135  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.462145  normal  0.972856 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3567  Rhs element Vgr protein  26.28 
 
 		 892 aa  135  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2639  Rhs element Vgr protein  26.11 
 
 		 895 aa  135  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2028  Rhs element Vgr protein  26.11 
 
 		 895 aa  135  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.14177  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2668  type VI secretion system Vgr family protein  26.34 
 
 		 895 aa  134  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4974  Rhs element Vgr protein  26.31 
 
 		 958 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0006  type VI secretion system Vgr family protein  27.44 
 
 		 852 aa  132  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7022  type VI secretion system Vgr family protein  22.27 
 
 		 846 aa  132  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2744  type VI secretion system Vgr family protein  24.44 
 
 		 851 aa  131  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0820  Rhs element Vgr protein  25.88 
 
 		 694 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.476122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2631  Rhs element Vgr protein  25.93 
 
 		 684 aa  128  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2686  Rhs element Vgr protein  26.11 
 
 		 891 aa  127  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.308688  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5730  type VI secretion system Vgr family protein  26.7 
 
 		 868 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0627617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2595  Rhs element Vgr protein  22.61 
 
 		 912 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.43186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2840  Rhs element Vgr protein  23.51 
 
 		 838 aa  126  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.363054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0481  Rhs element Vgr protein  22.63 
 
 		 841 aa  126  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3347  Rhs element Vgr protein  22.63 
 
 		 841 aa  126  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.57735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2559  type VI secretion system Vgr family protein  25 
 
 		 895 aa  125  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0475  Rhs element Vgr protein  26.85 
 
 		 853 aa  125  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.494661  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3777  type VI secretion system Vgr family protein  27.37 
 
 		 850 aa  125  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.028091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3746  Rhs element Vgr protein  27.65 
 
 		 850 aa  124  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0271118 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4617  Rhs element Vgr protein  27.65 
 
 		 850 aa  124  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.761294  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0958  putative VGR-related protein  23.41 
 
 		 907 aa  124  9e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.677133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0497  Rhs element Vgr protein  22.11 
 
 		 841 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3177  Rhs family protein  24.3 
 
 		 697 aa  123  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3327  type VI secretion system Vgr family protein  24.75 
 
 		 850 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.702291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>