More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0958 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0958  putative VGR-related protein  100 
 
 		 907 aa  1852    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.677133  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1944  putative VGR-related protein  85.43 
 
 		 865 aa  1484    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.463314 
 
 
-
 
NC_003296  RS03020  putative VGR-related protein  87.57 
 
 		 885 aa  1558    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.318268 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5731  Rhs element Vgr protein  52.59 
 
 		 834 aa  798    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.611211 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4492  type VI secretion system Vgr family protein  52.71 
 
 		 834 aa  799    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5128  Rhs element Vgr protein  52.59 
 
 		 834 aa  799    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0894  type VI secretion system Vgr family protein  40.74 
 
 		 886 aa  494  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3859  type VI secretion system Vgr family protein  39.72 
 
 		 901 aa  492  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5680  type VI secretion system Vgr family protein  40.08 
 
 		 975 aa  481  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.555449  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2329  Rhs element Vgr protein  32.86 
 
 		 968 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2999  Rhs element Vgr protein  31.79 
 
 		 910 aa  373  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3479  Rhs element Vgr protein  35.53 
 
 		 845 aa  364  4e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.380247 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4099  Rhs element Vgr protein  32.27 
 
 		 890 aa  362  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.148533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0207  Rhs element Vgr protein  31.5 
 
 		 855 aa  356  8.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118716  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3914  type VI secretion system Vgr family protein  34.89 
 
 		 845 aa  355  2.9999999999999997e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120628  normal  0.788068 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0065  type VI secretion system Vgr family protein  32.49 
 
 		 822 aa  339  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1505  type VI secretion system Vgr family protein  34.12 
 
 		 826 aa  338  3.9999999999999995e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.483265 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0985  Rhs element Vgr protein  33.96 
 
 		 843 aa  330  9e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7022  type VI secretion system Vgr family protein  30 
 
 		 846 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2595  Rhs element Vgr protein  32.64 
 
 		 912 aa  310  6.999999999999999e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.43186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2274  Rhs element Vgr protein  29.52 
 
 		 871 aa  295  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4080  Rhs element Vgr protein  29.28 
 
 		 853 aa  295  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3640  type VI secretion system Vgr family protein  29.95 
 
 		 941 aa  295  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2744  type VI secretion system Vgr family protein  28.99 
 
 		 851 aa  295  4e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0449  type VI secretion system Vgr family protein  30.42 
 
 		 840 aa  294  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.462145  normal  0.972856 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6106  type VI secretion system Vgr family protein  31.62 
 
 		 952 aa  291  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.894358  normal  0.984753 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0204  Rhs element Vgr protein  28.76 
 
 		 869 aa  291  4e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5744  type VI secretion system Vgr family protein  29.18 
 
 		 920 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2254  Rhs element Vgr protein  29.17 
 
 		 875 aa  285  3.0000000000000004e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2788  type VI secretion system Vgr family protein  29.74 
 
 		 889 aa  278  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.154315 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0023  type VI secretion system Vgr family protein  29.55 
 
 		 885 aa  277  5e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6610  type VI secretion system Vgr family protein  39.69 
 
 		 924 aa  277  8e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2517  type VI secretion system Vgr family protein  32.34 
 
 		 616 aa  270  8e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3777  type VI secretion system Vgr family protein  27.08 
 
 		 850 aa  264  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.028091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2618  Rhs element Vgr protein  29.82 
 
 		 618 aa  263  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.576781 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1932  type VI secretion system Vgr family protein  29.61 
 
 		 918 aa  263  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5197  type VI secretion system Vgr family protein  29.72 
 
 		 837 aa  261  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0918871 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3746  Rhs element Vgr protein  26.96 
 
 		 850 aa  261  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0271118 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4617  Rhs element Vgr protein  26.96 
 
 		 850 aa  261  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.761294  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2760  type VI secretion system Vgr family protein  30.02 
 
 		 613 aa  260  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68949 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3106  hypothetical protein  30.63 
 
 		 618 aa  259  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.166384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1679  type VI secretion system Vgr family protein  27.43 
 
 		 1048 aa  258  3e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00352314 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4974  Rhs element Vgr protein  26.84 
 
 		 958 aa  257  7e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2568  Rhs element Vgr protein  32.07 
 
 		 661 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1320  Rhs element Vgr protein  31.88 
 
 		 661 aa  254  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249702  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01958  putative VGR-related protein  28.81 
 
 		 918 aa  254  6e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.917398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1401  Rhs element Vgr protein  31.84 
 
 		 661 aa  254  7e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764688  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1057  Rhs element Vgr protein  31.5 
 
 		 661 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517121  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0511  Rhs element Vgr protein  31.5 
 
 		 661 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1269  Rhs element Vgr protein  31.5 
 
 		 661 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0412192  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0240  Rhs element Vgr protein  31.5 
 
 		 661 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0006  type VI secretion system Vgr family protein  27.93 
 
 		 852 aa  253  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1436  Rhs element Vgr protein  31.62 
 
 		 661 aa  252  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.064161  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2639  Rhs element Vgr protein  27.79 
 
 		 895 aa  249  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0383  type VI secretion system Vgr family protein  27.49 
 
 		 1057 aa  248  4e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4983  Rhs element Vgr protein  30.16 
 
 		 614 aa  248  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2254  type VI secretion system Vgr family protein  26.84 
 
 		 862 aa  248  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3327  type VI secretion system Vgr family protein  27.66 
 
 		 850 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.702291 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2028  Rhs element Vgr protein  27.67 
 
 		 895 aa  246  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.14177  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2668  type VI secretion system Vgr family protein  27.73 
 
 		 895 aa  245  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1930  type VI secretion system Vgr family protein  27.06 
 
 		 862 aa  244  5e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.931752  normal  0.0420074 
 
 
-
 
NC_003296  RS03738  putative VGR-related protein  27.86 
 
 		 957 aa  243  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.198638 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0434  type VI secretion system Vgr family protein  26.51 
 
 		 1063 aa  243  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000011014 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0367  Rhs element Vgr protein  27.26 
 
 		 1057 aa  242  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0459  Rhs element Vgr protein  26.63 
 
 		 1063 aa  242  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139035  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6418  Rhs element Vgr protein  27.49 
 
 		 956 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.149183 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1411  Rhs element Vgr protein  27.49 
 
 		 956 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2648  Rhs element Vgr protein  26.63 
 
 		 1063 aa  242  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1191  Rhs element Vgr protein  31.15 
 
 		 703 aa  241  5e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01970  putative VGR-related protein  28.99 
 
 		 898 aa  241  5.999999999999999e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.298061 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0352  type VI secretion system Vgr family protein  26.92 
 
 		 1059 aa  240  6.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2182  Rhs element Vgr protein  26.37 
 
 		 911 aa  240  1e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.368954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3567  Rhs element Vgr protein  27.52 
 
 		 892 aa  239  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4023  Rhs element Vgr protein  27.33 
 
 		 923 aa  240  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.78403 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2686  Rhs element Vgr protein  27.93 
 
 		 891 aa  240  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.308688  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6429  type VI secretion system Vgr family protein  27.65 
 
 		 955 aa  239  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.727988 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2559  type VI secretion system Vgr family protein  27.18 
 
 		 895 aa  236  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2922  type VI secretion system Vgr family protein  27.78 
 
 		 853 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.228171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5366  Rhs element Vgr protein  28.19 
 
 		 1284 aa  235  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.317319  normal  0.534977 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0475  Rhs element Vgr protein  27.32 
 
 		 853 aa  234  6e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.494661  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3549  Rhs element Vgr protein  25.84 
 
 		 1074 aa  230  8e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.321828 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5730  type VI secretion system Vgr family protein  26.57 
 
 		 868 aa  230  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0627617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5469  type VI secretion system Vgr family protein  27.54 
 
 		 1284 aa  229  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387829  normal  0.0913862 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0410  type VI secretion system Vgr family protein  27.56 
 
 		 853 aa  229  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44900  hypothetical protein  28.88 
 
 		 842 aa  228  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0151345  normal  0.422437 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2169  Rhs element Vgr protein  25.99 
 
 		 933 aa  227  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03220  hypothetical protein  28.61 
 
 		 1019 aa  219  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000195826 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1281  type VI secretion system Vgr family protein  26.49 
 
 		 843 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435024  normal  0.300855 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00004  Rhs element Vgr protein, putative  32.02 
 
 		 748 aa  218  2.9999999999999998e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1248  hypothetical protein  29.4 
 
 		 1019 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60494  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  27.71 
 
 		 683 aa  210  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3778  type VI secretion system Vgr family protein  30.92 
 
 		 796 aa  209  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.938556  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2357  type VI secretion system Vgr family protein  29.43 
 
 		 619 aa  209  3e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.116837 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02464  Rhs element Vgr protein  26.91 
 
 		 906 aa  204  5e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0019  type VI secretion system Vgr family protein  27.49 
 
 		 730 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  28.43 
 
 		 683 aa  201  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03644  Rhs element Vgr protein  26.54 
 
 		 906 aa  199  1.0000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6440  type VI secretion system Vgr family protein  25.3 
 
 		 843 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.720009  normal  0.358804 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2865  type VI secretion system Vgr family protein  29.37 
 
 		 780 aa  197  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5512  Rhs element Vgr protein  25.9 
 
 		 902 aa  196  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>