More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2788 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010086  Bmul_3914  type VI secretion system Vgr family protein  43.53 
 
 
845 aa  652    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120628  normal  0.788068 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2788  type VI secretion system Vgr family protein  100 
 
 
889 aa  1835    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.154315 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1932  type VI secretion system Vgr family protein  73.52 
 
 
918 aa  1203    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2595  Rhs element Vgr protein  50.43 
 
 
912 aa  782    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.43186  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3479  Rhs element Vgr protein  43.61 
 
 
845 aa  646    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.380247 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5744  type VI secretion system Vgr family protein  71.2 
 
 
920 aa  1212    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0449  type VI secretion system Vgr family protein  55.66 
 
 
840 aa  932    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.462145  normal  0.972856 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7022  type VI secretion system Vgr family protein  46.96 
 
 
846 aa  747    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0023  type VI secretion system Vgr family protein  69.9 
 
 
885 aa  1221    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5197  type VI secretion system Vgr family protein  73.31 
 
 
837 aa  1212    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0918871 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0985  Rhs element Vgr protein  42.54 
 
 
843 aa  632  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5366  Rhs element Vgr protein  42.68 
 
 
1284 aa  620  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.317319  normal  0.534977 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4099  Rhs element Vgr protein  42.59 
 
 
890 aa  595  1e-168  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.148533  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5469  type VI secretion system Vgr family protein  40.4 
 
 
1284 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387829  normal  0.0913862 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6610  type VI secretion system Vgr family protein  39.52 
 
 
924 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6106  type VI secretion system Vgr family protein  39.62 
 
 
952 aa  559  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.894358  normal  0.984753 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1505  type VI secretion system Vgr family protein  39.44 
 
 
826 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.483265 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3640  type VI secretion system Vgr family protein  33.49 
 
 
941 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0894  type VI secretion system Vgr family protein  36.92 
 
 
886 aa  451  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5680  type VI secretion system Vgr family protein  37.65 
 
 
975 aa  451  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.555449  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0065  type VI secretion system Vgr family protein  35.36 
 
 
822 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3859  type VI secretion system Vgr family protein  36.44 
 
 
901 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1679  type VI secretion system Vgr family protein  31.79 
 
 
1048 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00352314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2254  type VI secretion system Vgr family protein  32.16 
 
 
862 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1930  type VI secretion system Vgr family protein  32.13 
 
 
862 aa  385  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.931752  normal  0.0420074 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4429  Rhs element Vgr protein  32.58 
 
 
724 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1374  Rhs element Vgr protein  34.38 
 
 
916 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0342  Rhs element Vgr protein  38.27 
 
 
775 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.795549  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0251  Rhs element Vgr protein  38.45 
 
 
775 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.628249  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1934  hypothetical protein  34.38 
 
 
874 aa  370  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.652792  normal  0.85907 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1901  Rhs element Vgr protein  38.45 
 
 
775 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1703  Rhs element Vgr protein  38.45 
 
 
775 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0912  Rhs element Vgr protein  38.45 
 
 
775 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1199  Rhs element Vgr protein  38.45 
 
 
775 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2174  Rhs element Vgr protein  38.45 
 
 
775 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1486  type VI secretion system Vgr family protein  34.38 
 
 
922 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2999  Rhs element Vgr protein  30.69 
 
 
910 aa  359  9.999999999999999e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0207  Rhs element Vgr protein  32.33 
 
 
855 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118716  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3024  Rhs element Vgr protein  36.75 
 
 
725 aa  353  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.130505 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1281  Rhs element Vgr protein  38.49 
 
 
676 aa  352  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6682  type VI secretion system Vgr family protein  32.32 
 
 
1057 aa  345  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2329  Rhs element Vgr protein  31.07 
 
 
968 aa  341  4e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0166  Rhs element Vgr protein  32.89 
 
 
930 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275346  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0143  Rhs element Vgr protein  32.89 
 
 
896 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.420233  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1613  Rhs element Vgr protein  32.89 
 
 
858 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0129  Rhs element Vgr protein  32.74 
 
 
872 aa  337  7e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176404  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6124  type VI secretion system Vgr family protein  34.84 
 
 
714 aa  336  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.029227  normal  0.478766 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1827  Rhs element Vgr protein  36.04 
 
 
540 aa  336  1e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.336809 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0310  Rhs family protein  36.3 
 
 
729 aa  336  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.261642  normal  0.473286 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3019  type VI secretion system Vgr family protein  33.09 
 
 
1048 aa  335  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.103132  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  35.5 
 
 
1981 aa  334  5e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0319  Rhs family protein  35.93 
 
 
729 aa  333  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.946115  normal  0.027027 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0329  Rhs family protein  36.23 
 
 
743 aa  331  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.312709  normal  0.985789 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0322  Rhs-family protein  34.95 
 
 
730 aa  327  8.000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0393811 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0250  type VI secretion system Vgr family protein  32.92 
 
 
794 aa  322  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4492  type VI secretion system Vgr family protein  32.81 
 
 
834 aa  315  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5128  Rhs element Vgr protein  32.81 
 
 
834 aa  314  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5731  Rhs element Vgr protein  32.81 
 
 
834 aa  314  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.611211 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0265  Rhs element Vgr protein  31.55 
 
 
731 aa  313  1e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1581  Rhs element Vgr protein  29.72 
 
 
757 aa  311  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1790  Rhs element Vgr protein  33.01 
 
 
734 aa  310  9e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.129982  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0410  Rhs element Vgr protein  33.01 
 
 
734 aa  310  9e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.447319  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1607  Rhs element Vgr protein  33.01 
 
 
734 aa  310  9e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2828  Rhs element Vgr protein  33.01 
 
 
734 aa  310  9e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0460  Rhs element Vgr protein  33.01 
 
 
734 aa  310  9e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.141236  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1193  Rhs element Vgr protein  33.01 
 
 
731 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.598361  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2953  Rhs element Vgr protein  32.85 
 
 
734 aa  306  8.000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.527761  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2808  Rhs element Vgr protein  33.06 
 
 
734 aa  300  6e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1173  Rhs element Vgr protein  32.9 
 
 
734 aa  299  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0958  putative VGR-related protein  29.74 
 
 
907 aa  288  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.677133  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03020  putative VGR-related protein  30.41 
 
 
885 aa  279  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.318268 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2840  Rhs element Vgr protein  27.6 
 
 
838 aa  279  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.363054  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0497  Rhs element Vgr protein  27.7 
 
 
841 aa  277  7e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1944  putative VGR-related protein  29.65 
 
 
865 aa  276  9e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.463314 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0481  Rhs element Vgr protein  31.29 
 
 
841 aa  273  7e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3347  Rhs element Vgr protein  31.29 
 
 
841 aa  273  8.000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.57735  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3778  type VI secretion system Vgr family protein  32.67 
 
 
796 aa  268  5e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.938556  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0204  Rhs element Vgr protein  27.83 
 
 
869 aa  265  4e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2254  Rhs element Vgr protein  27.85 
 
 
875 aa  261  6e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2274  Rhs element Vgr protein  27.54 
 
 
871 aa  259  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2865  type VI secretion system Vgr family protein  31.91 
 
 
780 aa  258  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4483  type VI secretion system Vgr family protein  34.49 
 
 
778 aa  253  8.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4009  Rhs element Vgr protein  27.13 
 
 
756 aa  253  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0849352  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0201  type VI secretion system Vgr family protein  30.36 
 
 
777 aa  253  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2735  Rhs element Vgr protein  31.17 
 
 
788 aa  249  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0298298  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3486  Rhs element Vgr protein  30.25 
 
 
774 aa  249  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.740933  normal  0.610265 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3752  Rhs element Vgr protein  26.93 
 
 
755 aa  249  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.617325 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44900  hypothetical protein  27.77 
 
 
842 aa  250  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0151345  normal  0.422437 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0300  type VI secretion system Vgr family protein  34.06 
 
 
794 aa  249  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0241  Rhs element Vgr protein  29.98 
 
 
907 aa  248  4e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2047  Rhs element Vgr protein  31.17 
 
 
572 aa  246  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4080  type VI secretion system Vgr family protein  28.35 
 
 
771 aa  246  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000279673 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2439  type VI secretion system Vgr family protein  30.53 
 
 
712 aa  245  3e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0410  type VI secretion system Vgr family protein  27.3 
 
 
853 aa  245  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0698  type VI secretion system Vgr family protein  32.62 
 
 
792 aa  243  7.999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2127  Rhs element Vgr protein  30.4 
 
 
748 aa  244  7.999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03220  hypothetical protein  28.37 
 
 
1019 aa  242  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000195826 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0163  hypothetical protein  30.03 
 
 
646 aa  241  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0459  Rhs element Vgr protein  25.24 
 
 
1063 aa  240  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139035  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26600  Rhs element Vgr protein  31.13 
 
 
687 aa  240  9e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.417964  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>