More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0626 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3479  Rhs element Vgr protein  49.3 
 
 		 897 aa  759    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.477057 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0013  Rhs element Vgr protein  66.76 
 
 		 771 aa  991    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5267  Rhs element Vgr protein  70.73 
 
 		 822 aa  1074    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0626  Rhs element Vgr protein  100 
 
 		 889 aa  1838    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.160391 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4796  Rhs element Vgr protein  65.43 
 
 		 911 aa  997    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0169  hypothetical protein  39.3 
 
 		 782 aa  495  9.999999999999999e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000232253 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3651  Rhs element Vgr protein  38.9 
 
 		 779 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0733  type VI secretion system family protein  39.22 
 
 		 782 aa  491  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0788  Rhs element Vgr protein  37.09 
 
 		 900 aa  490  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0785  Rhs element Vgr protein  38.8 
 
 		 832 aa  487  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6319  Rhs element Vgr protein  39.44 
 
 		 1197 aa  488  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0965231 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2983  Rhs element Vgr protein  39.07 
 
 		 782 aa  480  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.389792  hitchhiker  0.000144528 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0805  type VI secretion system Vgr family protein  39.6 
 
 		 782 aa  481  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.637165  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2504  Rhs element Vgr protein  38.9 
 
 		 782 aa  475  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3254  type VI secretion system Vgr family protein  39.12 
 
 		 787 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3130  type VI secretion system Vgr family protein  38.92 
 
 		 835 aa  465  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1790  Rhs element Vgr protein  33.42 
 
 		 792 aa  399  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0179  Rhs element Vgr protein  32.05 
 
 		 783 aa  338  1.9999999999999998e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.109522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4974  Rhs element Vgr protein  31.33 
 
 		 958 aa  235  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03738  putative VGR-related protein  34.82 
 
 		 957 aa  234  4.0000000000000004e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.198638 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6440  type VI secretion system Vgr family protein  26.64 
 
 		 843 aa  220  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.720009  normal  0.358804 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2329  Rhs element Vgr protein  25.52 
 
 		 968 aa  218  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0023  type VI secretion system Vgr family protein  28.39 
 
 		 885 aa  218  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1281  type VI secretion system Vgr family protein  26.56 
 
 		 843 aa  216  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435024  normal  0.300855 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6106  type VI secretion system Vgr family protein  26.57 
 
 		 952 aa  213  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.894358  normal  0.984753 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5197  type VI secretion system Vgr family protein  29.38 
 
 		 837 aa  212  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0918871 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1932  type VI secretion system Vgr family protein  28.96 
 
 		 918 aa  212  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0065  type VI secretion system Vgr family protein  27.76 
 
 		 822 aa  205  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3859  type VI secretion system Vgr family protein  26.63 
 
 		 901 aa  204  7e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0006  type VI secretion system Vgr family protein  34.43 
 
 		 852 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2225  Rhs element Vgr protein  28.09 
 
 		 835 aa  196  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0204  Rhs element Vgr protein  33.41 
 
 		 869 aa  189  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6610  type VI secretion system Vgr family protein  26.21 
 
 		 924 aa  187  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2274  Rhs element Vgr protein  31.55 
 
 		 871 aa  187  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5366  Rhs element Vgr protein  25.87 
 
 		 1284 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.317319  normal  0.534977 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2999  Rhs element Vgr protein  30.37 
 
 		 910 aa  184  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2821  Rhs element protein VgrE  24.82 
 
 		 690 aa  181  4.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44900  hypothetical protein  24.53 
 
 		 842 aa  181  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0151345  normal  0.422437 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5680  type VI secretion system Vgr family protein  25.66 
 
 		 975 aa  181  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.555449  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2254  Rhs element Vgr protein  31.53 
 
 		 875 aa  179  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2130  Rhs element Vgr protein  29.15 
 
 		 1007 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2032  Rhs element Vgr protein  29.15 
 
 		 1007 aa  175  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4023  Rhs element Vgr protein  24.97 
 
 		 923 aa  172  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.78403 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0737  Rhs element Vgr protein  29.29 
 
 		 1007 aa  172  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0611  Rhs element Vgr protein  29.29 
 
 		 1007 aa  172  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0583244  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0722  Rhs element Vgr protein  29.29 
 
 		 1007 aa  172  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1680  Rhs element Vgr protein  29.29 
 
 		 1007 aa  172  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0541  Rhs element Vgr protein  29.09 
 
 		 1007 aa  171  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1679  type VI secretion system Vgr family protein  25.77 
 
 		 1048 aa  170  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00352314 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0863  Rhs element Vgr protein  27.64 
 
 		 1012 aa  168  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0201208  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0894  type VI secretion system Vgr family protein  25.03 
 
 		 886 aa  168  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0023  Rhs element Vgr protein  25.93 
 
 		 1041 aa  167  8e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5469  type VI secretion system Vgr family protein  25.14 
 
 		 1284 aa  163  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387829  normal  0.0913862 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4080  Rhs element Vgr protein  26.67 
 
 		 853 aa  160  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4174  putative VGR-related protein  46.19 
 
 		 197 aa  158  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.970619 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5744  type VI secretion system Vgr family protein  25.37 
 
 		 920 aa  158  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3549  Rhs element Vgr protein  28.51 
 
 		 1074 aa  154  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.321828 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0383  type VI secretion system Vgr family protein  28.51 
 
 		 1057 aa  154  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0352  type VI secretion system Vgr family protein  28.51 
 
 		 1059 aa  154  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1248  hypothetical protein  27.69 
 
 		 1019 aa  154  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60494  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0028  Rhs element Vgr protein  25 
 
 		 1207 aa  152  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.645983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0434  type VI secretion system Vgr family protein  28.51 
 
 		 1063 aa  153  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000011014 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3777  type VI secretion system Vgr family protein  31.03 
 
 		 850 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.028091 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0367  Rhs element Vgr protein  28.29 
 
 		 1057 aa  152  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03220  hypothetical protein  26.69 
 
 		 1019 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000195826 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3746  Rhs element Vgr protein  31.64 
 
 		 850 aa  152  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0271118 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4617  Rhs element Vgr protein  31.64 
 
 		 850 aa  152  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.761294  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0459  Rhs element Vgr protein  28.51 
 
 		 1063 aa  151  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139035  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0164  Rhs element Vgr protein  43.48 
 
 		 211 aa  152  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000065374 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2648  Rhs element Vgr protein  28.51 
 
 		 1063 aa  152  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2744  type VI secretion system Vgr family protein  24.62 
 
 		 851 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3479  Rhs element Vgr protein  24.29 
 
 		 845 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.380247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1505  type VI secretion system Vgr family protein  23.86 
 
 		 826 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.483265 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1930  type VI secretion system Vgr family protein  24.89 
 
 		 862 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.931752  normal  0.0420074 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2254  type VI secretion system Vgr family protein  25.26 
 
 		 862 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3220  putative VGR-related protein  30.75 
 
 		 509 aa  144  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00376065 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3914  type VI secretion system Vgr family protein  23.91 
 
 		 845 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120628  normal  0.788068 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2595  Rhs element Vgr protein  23.2 
 
 		 912 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.43186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2182  Rhs element Vgr protein  24.71 
 
 		 911 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.368954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5730  type VI secretion system Vgr family protein  28.77 
 
 		 868 aa  139  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0627617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0985  Rhs element Vgr protein  23.95 
 
 		 843 aa  139  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7022  type VI secretion system Vgr family protein  23.42 
 
 		 846 aa  138  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3640  type VI secretion system Vgr family protein  23.68 
 
 		 941 aa  138  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0410  type VI secretion system Vgr family protein  28.01 
 
 		 853 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01970  putative VGR-related protein  24.39 
 
 		 898 aa  137  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.298061 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3327  type VI secretion system Vgr family protein  27.75 
 
 		 850 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.702291 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2559  type VI secretion system Vgr family protein  28.4 
 
 		 895 aa  137  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0475  Rhs element Vgr protein  28.75 
 
 		 853 aa  136  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.494661  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2788  type VI secretion system Vgr family protein  24.61 
 
 		 889 aa  135  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.154315 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3567  Rhs element Vgr protein  28.87 
 
 		 892 aa  134  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2538  Rhs element Vgr protein  26.93 
 
 		 680 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2668  type VI secretion system Vgr family protein  27.44 
 
 		 895 aa  133  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2639  Rhs element Vgr protein  28.86 
 
 		 895 aa  132  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2028  Rhs element Vgr protein  28.86 
 
 		 895 aa  132  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.14177  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2686  Rhs element Vgr protein  28.03 
 
 		 891 aa  132  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.308688  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5574  Rhs element Vgr protein  25.05 
 
 		 741 aa  132  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2169  Rhs element Vgr protein  23.32 
 
 		 933 aa  131  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5415  Rhs element Vgr protein  25.29 
 
 		 678 aa  131  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2922  type VI secretion system Vgr family protein  28.82 
 
 		 853 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.228171  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3177  Rhs family protein  24.46 
 
 		 697 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>