More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1107 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
189 aa  381  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  77.99 
 
 
282 aa  251  4.0000000000000004e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  51.22 
 
 
295 aa  164  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  50.31 
 
 
279 aa  147  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  48.73 
 
 
297 aa  145  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  49.68 
 
 
289 aa  144  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  50.32 
 
 
267 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  50.32 
 
 
267 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  50.32 
 
 
275 aa  142  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  53.24 
 
 
289 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  53.24 
 
 
289 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  50.63 
 
 
290 aa  139  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  46.88 
 
 
271 aa  135  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  45.28 
 
 
273 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  44.24 
 
 
268 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  43.95 
 
 
274 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  45.16 
 
 
291 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  48.05 
 
 
269 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  45.81 
 
 
291 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  48.34 
 
 
279 aa  132  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  44.65 
 
 
277 aa  131  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  46.84 
 
 
270 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  49.64 
 
 
290 aa  129  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  44.94 
 
 
278 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  43.87 
 
 
270 aa  125  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  43.23 
 
 
270 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  44.94 
 
 
276 aa  122  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  53.57 
 
 
283 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  43.31 
 
 
274 aa  119  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  43.31 
 
 
274 aa  119  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  46.2 
 
 
274 aa  115  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  41.77 
 
 
274 aa  115  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  45.86 
 
 
271 aa  114  8.999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  42.5 
 
 
272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  40.13 
 
 
274 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  44.94 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  38.85 
 
 
294 aa  108  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  38.85 
 
 
294 aa  108  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  40.24 
 
 
293 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  39.24 
 
 
277 aa  103  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  39.05 
 
 
286 aa  100  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  42.77 
 
 
275 aa  99.4  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  37.34 
 
 
276 aa  99  4e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  43.75 
 
 
279 aa  98.6  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  43.33 
 
 
289 aa  97.8  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  40 
 
 
282 aa  97.1  1e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  38.12 
 
 
293 aa  97.4  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  41.14 
 
 
276 aa  95.9  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  35.85 
 
 
293 aa  94.4  8e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  34.19 
 
 
276 aa  92.4  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  46.31 
 
 
268 aa  92.4  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  42.77 
 
 
275 aa  92  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  42.24 
 
 
275 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  37.65 
 
 
294 aa  88.6  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  36.42 
 
 
296 aa  87.8  8e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  37.34 
 
 
288 aa  87  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4079  HpcH/HpaI aldolase  36.88 
 
 
283 aa  85.5  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1621  HpcH/HpaI aldolase  35.62 
 
 
362 aa  85.1  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0115166  decreased coverage  0.0000000158082 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  36.65 
 
 
292 aa  85.1  5e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  36.71 
 
 
292 aa  84.7  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2324  Citrate (pro-3S)-lyase  37.97 
 
 
347 aa  84.3  8e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  34.38 
 
 
275 aa  84.7  8e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1039  HpcH/HpaI aldolase  35.67 
 
 
271 aa  83.2  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  33.54 
 
 
283 aa  82  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0204  HpcH/HpaI aldolase  35.14 
 
 
311 aa  81.6  0.000000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.446132  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  33.12 
 
 
278 aa  80.5  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  35.19 
 
 
291 aa  80.1  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2925  HpcH/HpaI aldolase  35.93 
 
 
310 aa  79  0.00000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.253914  normal  0.147089 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1721  Citryl-CoA lyase  34.29 
 
 
304 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256584  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  32.32 
 
 
306 aa  78.6  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  34.59 
 
 
285 aa  78.2  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  32.94 
 
 
304 aa  78.2  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1361  HpcH/HpaI aldolase  30.77 
 
 
295 aa  77.8  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0742022  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  37.34 
 
 
291 aa  77.4  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  32.72 
 
 
306 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  35.44 
 
 
291 aa  76.6  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  32.64 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  33.96 
 
 
290 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  32.91 
 
 
290 aa  75.9  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.81 
 
 
289 aa  76.3  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  32.3 
 
 
306 aa  75.5  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1045  HpcH/HpaI aldolase  38.56 
 
 
281 aa  75.5  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00200106  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  32.28 
 
 
289 aa  74.7  0.0000000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  34.78 
 
 
301 aa  74.7  0.0000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  33.33 
 
 
304 aa  74.7  0.0000000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1313  putative citrate lyase beta subunit  34.78 
 
 
275 aa  74.3  0.0000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  36.91 
 
 
293 aa  73.9  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2226  citrate lyase beta subunit  36.02 
 
 
290 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.709952  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0985  citrate lyase  33.33 
 
 
171 aa  73.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.612919  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  33.75 
 
 
287 aa  74.3  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19950  citrate lyase beta subunit  32.26 
 
 
281 aa  74.3  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.251575  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2705  citrate lyase  33.78 
 
 
296 aa  74.3  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  33.33 
 
 
406 aa  73.9  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5821  HpcH/HpaI aldolase  36.02 
 
 
297 aa  73.2  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.577572  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0924  citrate lyase  33.33 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  33.94 
 
 
282 aa  73.2  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0956  hypothetical protein  33.33 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.614629  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1005  citrate lyase  33.33 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1754  citrate lyase, beta subunit  34.18 
 
 
291 aa  73.6  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.42542  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  34.44 
 
 
301 aa  72.8  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>