More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2139 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
290 aa  551  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  65.72 
 
 
297 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  63.67 
 
 
289 aa  293  3e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  61.96 
 
 
289 aa  291  6e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  64.07 
 
 
290 aa  290  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  61.94 
 
 
295 aa  289  5.0000000000000004e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  61.73 
 
 
289 aa  274  1.0000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  50.88 
 
 
282 aa  271  7e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  55.93 
 
 
283 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  51.25 
 
 
275 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  49.81 
 
 
270 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  45.26 
 
 
269 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  51.76 
 
 
276 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  50 
 
 
279 aa  217  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  50.92 
 
 
267 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  50.92 
 
 
267 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  49.44 
 
 
270 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  47.97 
 
 
270 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  45.76 
 
 
291 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  46.69 
 
 
291 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  46.67 
 
 
274 aa  202  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  46.93 
 
 
278 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  46.98 
 
 
274 aa  201  9e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  46.98 
 
 
274 aa  201  9e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  51.49 
 
 
273 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  41.48 
 
 
274 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  43.88 
 
 
277 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  44.4 
 
 
279 aa  192  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  51.29 
 
 
271 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  46.91 
 
 
271 aa  185  9e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  45.16 
 
 
279 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  49.28 
 
 
275 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  48.73 
 
 
275 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  47.25 
 
 
275 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  43.12 
 
 
268 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  48.16 
 
 
289 aa  169  7e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  49.45 
 
 
266 aa  168  9e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  37.05 
 
 
293 aa  166  4e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  43.73 
 
 
274 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  45.79 
 
 
274 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  37.94 
 
 
294 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  50.63 
 
 
189 aa  159  5e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  36.16 
 
 
276 aa  159  7e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  41.54 
 
 
283 aa  158  1e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  37.59 
 
 
294 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  39.11 
 
 
275 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  45.52 
 
 
272 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  40.36 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  33.56 
 
 
293 aa  146  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  39.38 
 
 
286 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  38.55 
 
 
307 aa  139  7e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  37.79 
 
 
304 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  39.58 
 
 
278 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  40.66 
 
 
278 aa  136  5e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  38.93 
 
 
280 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  38.93 
 
 
280 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  38.93 
 
 
280 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  38.38 
 
 
288 aa  135  7.000000000000001e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4009  HpcH/HpaI aldolase  37.75 
 
 
306 aa  135  8e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.783796  decreased coverage  0.00557053 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  37.91 
 
 
278 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  38.57 
 
 
280 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.29 
 
 
280 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13092  hypothetical protein  38.15 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00883789  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  47.88 
 
 
268 aa  133  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  38.93 
 
 
280 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  38.93 
 
 
280 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2378  HpcH/HpaI aldolase  36.14 
 
 
306 aa  132  5e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.0302108 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  36.5 
 
 
285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  36.5 
 
 
285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  37.35 
 
 
310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  38.43 
 
 
281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  37.23 
 
 
276 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0181  HpcH/HpaI aldolase  36.1 
 
 
281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.530388  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  37.35 
 
 
310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  37.35 
 
 
310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  31.91 
 
 
294 aa  130  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1255  Citrate (pro-3S)-lyase  36.62 
 
 
289 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.0181011 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  37.63 
 
 
331 aa  129  7.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3436  HpcH/HpaI aldolase  41.58 
 
 
278 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01440  conserved hypothetical protein  32.53 
 
 
330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  44 
 
 
276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  36.14 
 
 
282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  38.18 
 
 
274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  36.99 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  38.95 
 
 
285 aa  125  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  38.85 
 
 
279 aa  125  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1039  HpcH/HpaI aldolase  41.76 
 
 
271 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2742  HpcH/HpaI aldolase  35.77 
 
 
287 aa  125  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00490393 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  36.36 
 
 
284 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  37.63 
 
 
283 aa  125  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0803  HpcH/HpaI aldolase  35.89 
 
 
293 aa  124  2e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  36.46 
 
 
301 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  38.75 
 
 
290 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00870  citrate lyase beta subunit  36.68 
 
 
321 aa  123  3e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0531316  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  37.89 
 
 
286 aa  123  4e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3163  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.11 
 
 
280 aa  122  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.517185  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  35.34 
 
 
285 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2654  HpcH/HpaI aldolase  40.16 
 
 
267 aa  122  7e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1932  putative citrate lyase, beta subunit  41.73 
 
 
293 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0608  putative citrate lyase, beta subunit  41.73 
 
 
293 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.46771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>