More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2028 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
295 aa  558  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  67.87 
 
 
297 aa  299  3e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  62.5 
 
 
290 aa  285  7e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  60.53 
 
 
289 aa  269  4e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  60.53 
 
 
289 aa  268  7e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  58.74 
 
 
290 aa  261  8e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  57.72 
 
 
289 aa  249  5e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  47.87 
 
 
282 aa  243  3e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  55.81 
 
 
283 aa  229  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  47.53 
 
 
269 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  46.52 
 
 
291 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  46.91 
 
 
291 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  49.45 
 
 
275 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  47.81 
 
 
270 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  47.08 
 
 
274 aa  208  8e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  45.35 
 
 
270 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  45.2 
 
 
277 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  50.38 
 
 
274 aa  203  3e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  50.38 
 
 
274 aa  203  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  45.85 
 
 
270 aa  201  9e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  44.4 
 
 
274 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  46.98 
 
 
278 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  50 
 
 
273 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  47.73 
 
 
279 aa  195  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  48.31 
 
 
276 aa  192  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  45.62 
 
 
268 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  48.35 
 
 
267 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  48.35 
 
 
267 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  45.36 
 
 
271 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  45.16 
 
 
274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  51.91 
 
 
266 aa  179  5.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  42.46 
 
 
279 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  38.6 
 
 
294 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  37.87 
 
 
294 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  48.31 
 
 
271 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  45.96 
 
 
289 aa  166  5e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  51.22 
 
 
189 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  42.11 
 
 
279 aa  161  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  47.69 
 
 
275 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  35.06 
 
 
293 aa  157  3e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  36.5 
 
 
276 aa  157  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  46.62 
 
 
275 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  47.1 
 
 
275 aa  152  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  45.65 
 
 
272 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  34.36 
 
 
293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  38.41 
 
 
278 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  37.11 
 
 
288 aa  142  5e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  38.71 
 
 
277 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  50 
 
 
276 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  48.89 
 
 
268 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1313  putative citrate lyase beta subunit  42.01 
 
 
275 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  36.75 
 
 
291 aa  135  8e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4079  HpcH/HpaI aldolase  37.5 
 
 
283 aa  132  7.999999999999999e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  37.5 
 
 
276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  36.73 
 
 
278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  36.71 
 
 
291 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  37.73 
 
 
286 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  32.86 
 
 
275 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  39.64 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  36.23 
 
 
283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  42.42 
 
 
274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1255  Citrate (pro-3S)-lyase  35.99 
 
 
289 aa  126  5e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.0181011 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3436  HpcH/HpaI aldolase  38.03 
 
 
278 aa  125  6e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  33.11 
 
 
282 aa  125  1e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  36.73 
 
 
304 aa  124  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  37.04 
 
 
285 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  37.55 
 
 
290 aa  123  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13092  hypothetical protein  37.05 
 
 
307 aa  122  5e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00883789  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  34.03 
 
 
286 aa  122  6e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  30.77 
 
 
269 aa  121  9.999999999999999e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  36.16 
 
 
287 aa  121  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4087  HpcH/HpaI aldolase  38.19 
 
 
271 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.106602  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2925  HpcH/HpaI aldolase  41.43 
 
 
310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.253914  normal  0.147089 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  37.89 
 
 
331 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  32.52 
 
 
306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  36.82 
 
 
274 aa  120  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1391  HpcH/HpaI aldolase  38.1 
 
 
277 aa  119  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.375922  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  35.42 
 
 
283 aa  119  4.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00870  citrate lyase beta subunit  36.9 
 
 
321 aa  119  4.9999999999999996e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0531316  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  37.62 
 
 
293 aa  119  7e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  36.65 
 
 
310 aa  119  7e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  36.65 
 
 
310 aa  119  7e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  36.65 
 
 
310 aa  119  7e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  34.39 
 
 
306 aa  119  9e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  35.86 
 
 
307 aa  118  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  34.39 
 
 
306 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  36.07 
 
 
292 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1361  HpcH/HpaI aldolase  35.44 
 
 
295 aa  117  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0742022  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  34.84 
 
 
282 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  31.32 
 
 
289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  33.57 
 
 
292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2705  citrate lyase  35.14 
 
 
296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00470  citrate lyase beta subunit  41.24 
 
 
296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  36.36 
 
 
279 aa  115  6.9999999999999995e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0803  HpcH/HpaI aldolase  36.43 
 
 
293 aa  115  7.999999999999999e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  35.36 
 
 
292 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1039  HpcH/HpaI aldolase  37.23 
 
 
271 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.52 
 
 
280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  34.52 
 
 
280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2758  putative citrate lyase beta chain (acyl lyase subunit)  39.73 
 
 
290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.416635 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>