More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4946 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
269 aa  547  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  54.92 
 
 
270 aa  271  7e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  52.21 
 
 
278 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  52.69 
 
 
275 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  51.48 
 
 
291 aa  262  4e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  52.11 
 
 
291 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  50.96 
 
 
267 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  50.96 
 
 
267 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  49.02 
 
 
277 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  46.15 
 
 
274 aa  239  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  46.79 
 
 
270 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  47.55 
 
 
270 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  45.77 
 
 
276 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  46.51 
 
 
279 aa  215  7e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  49.24 
 
 
273 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  48.16 
 
 
297 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  45.79 
 
 
274 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  46.3 
 
 
295 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  44.94 
 
 
274 aa  205  7e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  44.81 
 
 
289 aa  205  8e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  44.98 
 
 
282 aa  204  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  45.28 
 
 
274 aa  202  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  45.28 
 
 
274 aa  202  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  46.64 
 
 
279 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  45.25 
 
 
289 aa  199  3e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  44.57 
 
 
289 aa  200  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  43.64 
 
 
290 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  47.25 
 
 
271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  45.25 
 
 
268 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  41.79 
 
 
271 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  44.07 
 
 
290 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  46.82 
 
 
266 aa  183  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  39.16 
 
 
283 aa  182  3e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  43.87 
 
 
272 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  42.38 
 
 
283 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  35.96 
 
 
293 aa  176  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  43.18 
 
 
279 aa  175  5e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  45.35 
 
 
275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  44.61 
 
 
275 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  43.12 
 
 
275 aa  171  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  36.3 
 
 
294 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  35.93 
 
 
294 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  40.98 
 
 
286 aa  166  4e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4340  HpcH/HpaI aldolase  39.23 
 
 
277 aa  160  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  43.18 
 
 
289 aa  159  6e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  45.86 
 
 
276 aa  157  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  36.98 
 
 
276 aa  156  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  40.77 
 
 
278 aa  155  7e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  37.07 
 
 
275 aa  155  8e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0204  HpcH/HpaI aldolase  38.1 
 
 
311 aa  154  1e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.446132  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  41.95 
 
 
268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  35.82 
 
 
287 aa  150  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  33.22 
 
 
293 aa  149  5e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  39.26 
 
 
274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  32.7 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2742  HpcH/HpaI aldolase  32.32 
 
 
287 aa  147  3e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00490393 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  35.48 
 
 
277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13092  hypothetical protein  34.22 
 
 
307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00883789  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0181  HpcH/HpaI aldolase  34.11 
 
 
281 aa  144  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.530388  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  38.38 
 
 
290 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4009  HpcH/HpaI aldolase  34.22 
 
 
306 aa  142  6e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.783796  decreased coverage  0.00557053 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00870  citrate lyase beta subunit  34.66 
 
 
321 aa  142  7e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0531316  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  34.6 
 
 
310 aa  141  9e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  34.6 
 
 
310 aa  141  9e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  34.6 
 
 
310 aa  141  9e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.11 
 
 
294 aa  140  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2378  HpcH/HpaI aldolase  33.46 
 
 
306 aa  139  6e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.0302108 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4282  HpcH/HpaI aldolase  34.22 
 
 
280 aa  137  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.41121  normal  0.174407 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.43 
 
 
280 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.43 
 
 
280 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.43 
 
 
280 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  34.83 
 
 
284 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  34.29 
 
 
282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  36.3 
 
 
292 aa  136  5e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  36.43 
 
 
292 aa  135  5e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2226  citrate lyase beta subunit  36.36 
 
 
290 aa  135  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.709952  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  35.56 
 
 
284 aa  135  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  36.36 
 
 
278 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  36.17 
 
 
285 aa  135  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  36.63 
 
 
274 aa  135  8e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1261  putative citrate lyase  37.09 
 
 
290 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.821409  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3029  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  37.09 
 
 
290 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19950  citrate lyase beta subunit  34.22 
 
 
281 aa  135  9e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.251575  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  34.06 
 
 
276 aa  134  9.999999999999999e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.07 
 
 
280 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3538  HpcH/HpaI aldolase  35.56 
 
 
310 aa  134  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0507749  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  34.63 
 
 
293 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  33.45 
 
 
289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  35.45 
 
 
292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  34.43 
 
 
285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  34.27 
 
 
288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.94 
 
 
280 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  48.05 
 
 
189 aa  133  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  33.94 
 
 
280 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  36.4 
 
 
306 aa  133  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0803  HpcH/HpaI aldolase  35.25 
 
 
293 aa  133  3e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  35.16 
 
 
285 aa  132  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.94 
 
 
280 aa  132  5e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3163  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  34.44 
 
 
280 aa  132  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.517185  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  32.45 
 
 
307 aa  132  5e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>