More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3907 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
293 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  43.06 
 
 
279 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4080  Citrate lyase beta subunit-like protein  65.75 
 
 
190 aa  193  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  41.4 
 
 
270 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  40.77 
 
 
278 aa  189  7e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  39.24 
 
 
274 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  39.24 
 
 
274 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  38.91 
 
 
291 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  35.96 
 
 
269 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  41.2 
 
 
268 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  38.19 
 
 
275 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  36.49 
 
 
277 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  38.57 
 
 
291 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  37.85 
 
 
267 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  37.85 
 
 
267 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  36.49 
 
 
270 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  37.77 
 
 
279 aa  165  9e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  35.09 
 
 
274 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  37.98 
 
 
271 aa  156  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  33.67 
 
 
294 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  35.99 
 
 
271 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  37.93 
 
 
279 aa  153  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  36.27 
 
 
274 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  33 
 
 
294 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  35.96 
 
 
282 aa  152  8e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  36.36 
 
 
270 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  36.65 
 
 
276 aa  149  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  39.86 
 
 
266 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  38.33 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  35.34 
 
 
289 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  36.73 
 
 
272 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  34.02 
 
 
297 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  34.16 
 
 
295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  33.44 
 
 
288 aa  139  7e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  32.32 
 
 
293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  37.46 
 
 
283 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  31.93 
 
 
283 aa  135  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  33.68 
 
 
289 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1708  citrate lyase beta chain  29.69 
 
 
288 aa  130  3e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0803  HpcH/HpaI aldolase  33.45 
 
 
293 aa  130  3e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  31.82 
 
 
275 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  32.12 
 
 
292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  33.33 
 
 
289 aa  129  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  31.49 
 
 
274 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  35.42 
 
 
275 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  31.15 
 
 
282 aa  129  8.000000000000001e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00870  citrate lyase beta subunit  32.39 
 
 
321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0531316  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  32.12 
 
 
292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  32.18 
 
 
276 aa  126  5e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  33.56 
 
 
290 aa  125  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  34.38 
 
 
275 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  32.57 
 
 
289 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  30 
 
 
276 aa  125  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  32.64 
 
 
305 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  32.64 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13092  hypothetical protein  30.77 
 
 
307 aa  120  3e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00883789  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4282  HpcH/HpaI aldolase  28.42 
 
 
280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.41121  normal  0.174407 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  29.12 
 
 
307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  31.14 
 
 
286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4009  HpcH/HpaI aldolase  30.53 
 
 
306 aa  119  6e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.783796  decreased coverage  0.00557053 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  29.7 
 
 
294 aa  119  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2378  HpcH/HpaI aldolase  30.18 
 
 
306 aa  119  7e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.0302108 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0204  HpcH/HpaI aldolase  29.66 
 
 
311 aa  118  9.999999999999999e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.446132  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  32.53 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  32.53 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  32.19 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  39.19 
 
 
268 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19950  citrate lyase beta subunit  28.23 
 
 
281 aa  116  5e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.251575  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  31.16 
 
 
282 aa  116  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  31.6 
 
 
274 aa  115  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  29.93 
 
 
310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  29.93 
 
 
310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  29.93 
 
 
310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  31.71 
 
 
278 aa  115  7.999999999999999e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  29.14 
 
 
289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.45 
 
 
280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.45 
 
 
280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.45 
 
 
280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.45 
 
 
280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  31.96 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  34.72 
 
 
276 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4340  HpcH/HpaI aldolase  28.42 
 
 
277 aa  112  5e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  30.1 
 
 
269 aa  112  7.000000000000001e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1045  HpcH/HpaI aldolase  32.14 
 
 
281 aa  112  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00200106  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  28.81 
 
 
274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  30.23 
 
 
296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03577  citrate lyase beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G13030)  28.94 
 
 
323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0181  HpcH/HpaI aldolase  29.35 
 
 
281 aa  111  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.530388  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3086  Citryl-CoA lyase  27.24 
 
 
295 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000118565  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  31.53 
 
 
275 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  30.51 
 
 
287 aa  109  5e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  29.49 
 
 
277 aa  109  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  29.43 
 
 
278 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  29.19 
 
 
304 aa  108  8.000000000000001e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  30.41 
 
 
278 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1039  HpcH/HpaI aldolase  31.21 
 
 
271 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  27.15 
 
 
289 aa  107  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  40.24 
 
 
189 aa  107  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2742  HpcH/HpaI aldolase  26.46 
 
 
287 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00490393 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  27.57 
 
 
293 aa  102  8e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>