More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3049 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
272 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  61.42 
 
 
271 aa  310  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  59.93 
 
 
275 aa  286  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  63.47 
 
 
275 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  64.18 
 
 
275 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  50 
 
 
274 aa  224  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  48.87 
 
 
275 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  43.87 
 
 
269 aa  202  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  38.66 
 
 
276 aa  192  4e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  44.44 
 
 
274 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  43.49 
 
 
270 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  48.29 
 
 
279 aa  189  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  40.88 
 
 
293 aa  189  5e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  42.26 
 
 
291 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  44.28 
 
 
282 aa  186  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  41.88 
 
 
278 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  42.26 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  47.39 
 
 
267 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  47.39 
 
 
267 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  48.35 
 
 
297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  43.38 
 
 
274 aa  180  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  43.38 
 
 
274 aa  180  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  46.95 
 
 
279 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  44.09 
 
 
279 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  42.75 
 
 
277 aa  175  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  47.45 
 
 
273 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  45.35 
 
 
289 aa  170  3e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  43.12 
 
 
274 aa  169  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  41.51 
 
 
270 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  45.49 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  36.73 
 
 
293 aa  162  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  40.79 
 
 
274 aa  160  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  46.24 
 
 
290 aa  158  7e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  40.75 
 
 
270 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  45.39 
 
 
295 aa  155  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  36.86 
 
 
294 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  36.5 
 
 
294 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  39.49 
 
 
276 aa  151  1e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  44.2 
 
 
266 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  41.73 
 
 
286 aa  149  6e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  43.32 
 
 
289 aa  149  7e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  44.07 
 
 
289 aa  149  7e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  41.88 
 
 
276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  41.97 
 
 
289 aa  145  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  44.32 
 
 
271 aa  143  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  44.49 
 
 
268 aa  142  8e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  39.03 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3163  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.54 
 
 
280 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.517185  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  42.22 
 
 
290 aa  135  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  39.11 
 
 
278 aa  135  6.0000000000000005e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  42.65 
 
 
283 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  38.33 
 
 
290 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  30.34 
 
 
269 aa  132  6e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  38.77 
 
 
275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  35.05 
 
 
291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  36.14 
 
 
288 aa  130  3e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  39.78 
 
 
285 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  36.19 
 
 
282 aa  128  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  38.21 
 
 
277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12520  citrate lyase beta subunit citE  41.18 
 
 
273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0803  HpcH/HpaI aldolase  36.64 
 
 
293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3436  HpcH/HpaI aldolase  38.65 
 
 
278 aa  125  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  34.74 
 
 
293 aa  125  7e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1708  citrate lyase beta chain  31.88 
 
 
288 aa  124  1e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  44.1 
 
 
189 aa  124  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  37.87 
 
 
267 aa  124  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  35.27 
 
 
278 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  33.57 
 
 
282 aa  122  9e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3317  Citrate (pro-3S)-lyase  38.24 
 
 
280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  37.5 
 
 
281 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  34.53 
 
 
302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  37.06 
 
 
287 aa  119  3.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1039  HpcH/HpaI aldolase  38.41 
 
 
271 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  33.92 
 
 
292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  34.53 
 
 
305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3538  HpcH/HpaI aldolase  32.88 
 
 
310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0507749  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  33.92 
 
 
292 aa  119  6e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  34.29 
 
 
274 aa  118  7.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  30.6 
 
 
284 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  34.93 
 
 
284 aa  118  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3511  citrate (pro-3S)-lyase  36.3 
 
 
292 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  35.29 
 
 
283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  34.18 
 
 
278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2925  HpcH/HpaI aldolase  38.29 
 
 
310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.253914  normal  0.147089 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  31.37 
 
 
271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0400  citrate lyase  32.4 
 
 
298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.726359  normal  0.0212977 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.21 
 
 
280 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.21 
 
 
280 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.21 
 
 
280 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  32.86 
 
 
280 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.33 
 
 
280 aa  113  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  32.86 
 
 
280 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  36.1 
 
 
303 aa  112  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1535  Citryl-CoA lyase  36.14 
 
 
283 aa  112  5e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.86 
 
 
280 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  34.86 
 
 
406 aa  112  6e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  32.75 
 
 
304 aa  112  7.000000000000001e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  32.85 
 
 
289 aa  112  9e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  36.27 
 
 
308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3700  HpcH/HpaI aldolase  35.29 
 
 
272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>