More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3436 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3436  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 		 278 aa  534  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  66.67 
 
 		 281 aa  326  2.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  61.79 
 
 		 278 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1535  Citryl-CoA lyase  66.32 
 
 		 283 aa  300  1e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  60 
 
 		 278 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1878  HpcH/HpaI aldolase  61.15 
 
 		 279 aa  284  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.820651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  49.49 
 
 		 293 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2705  citrate lyase  49.15 
 
 		 296 aa  249  5e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  51.96 
 
 		 283 aa  243  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0268  Citryl-CoA lyase  48.42 
 
 		 292 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  50.52 
 
 		 291 aa  237  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0293  HpcH/HpaI aldolase  55.67 
 
 		 291 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0333809  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  47.35 
 
 		 282 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  48.06 
 
 		 282 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2314  citrate (pro-3S)-lyase  54.01 
 
 		 289 aa  209  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0092  HpcH/HpaI aldolase  46.37 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5821  HpcH/HpaI aldolase  39.65 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.577572  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  41.18 
 
 		 282 aa  152  7e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.5 
 
 		 280 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.5 
 
 		 280 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.5 
 
 		 280 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.15 
 
 		 280 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2758  putative citrate lyase beta chain (acyl lyase subunit)  41.72 
 
 		 290 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  41.55 
 
 		 276 aa  145  5e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1255  Citrate (pro-3S)-lyase  39.79 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.0181011 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  36.2 
 
 		 406 aa  144  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  37.46 
 
 		 280 aa  142  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.33 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  40.21 
 
 		 274 aa  142  8e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  37.1 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  37.1 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1285  citryl-CoA lyase  37.67 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1391  HpcH/HpaI aldolase  39.64 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.375922  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  34.27 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  38.69 
 
 		 267 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2104  HpcH/HpaI aldolase  44.72 
 
 		 285 aa  139  7e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.87307  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1313  putative citrate lyase beta subunit  43.54 
 
 		 275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  40.86 
 
 		 275 aa  134  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  38.3 
 
 		 269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  41.28 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4087  HpcH/HpaI aldolase  38.24 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.106602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  38.6 
 
 		 288 aa  132  6e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  36.36 
 
 		 270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1409  HpcH/HpaI aldolase  38.21 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000390566 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  33.22 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3317  Citrate (pro-3S)-lyase  39.19 
 
 		 280 aa  130  3e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  31.32 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  33.22 
 
 		 306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  29.43 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  36.27 
 
 		 277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  33.67 
 
 		 320 aa  129  7.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  34.26 
 
 		 282 aa  129  7.000000000000001e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12520  citrate lyase beta subunit citE  38.03 
 
 		 273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  33.33 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  34.8 
 
 		 274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  37.94 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  32.61 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0803  HpcH/HpaI aldolase  39.93 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  37.72 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  35.64 
 
 		 270 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3627  HpcH/HpaI aldolase  39.42 
 
 		 272 aa  125  6e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0858993  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3632  HpcH/HpaI aldolase  39.42 
 
 		 272 aa  125  6e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0974176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3700  HpcH/HpaI aldolase  39.42 
 
 		 272 aa  125  6e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  35.21 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3040  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  37.28 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1951  putative citrate lyase, beta subunit  37.28 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.778867  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1273  citrate lyase beta subunit  37.28 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0968  putative citrate lyase, beta subunit  37.28 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.283546  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2235  citrate lyase, beta subunit  36.62 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1254  putative citrate lyase, beta subunit  37.28 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2916  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  37.28 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  34.03 
 
 		 293 aa  123  4e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2229  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  37.28 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  37.23 
 
 		 282 aa  123  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  33.22 
 
 		 292 aa  122  5e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2925  HpcH/HpaI aldolase  40.58 
 
 		 310 aa  122  6e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.253914  normal  0.147089 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  40.58 
 
 		 274 aa  122  6e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  37.94 
 
 		 297 aa  122  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  33.57 
 
 		 292 aa  122  9e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00470  citrate lyase beta subunit  41.57 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  38.85 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  33.92 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  33.57 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  31.77 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  31.77 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3048  Citryl-CoA lyase  36.24 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.128546 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  31.77 
 
 		 341 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  42.29 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  31.77 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  34.03 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3538  HpcH/HpaI aldolase  35.93 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0507749  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  36.23 
 
 		 302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  34.52 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  36.23 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  39.78 
 
 		 273 aa  118  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  34.06 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  35.13 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  30.39 
 
 		 289 aa  116  3e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  38.52 
 
 		 274 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  31.93 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>