More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5039 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  100 
 
 		 282 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  91.81 
 
 		 282 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0268  Citryl-CoA lyase  51.41 
 
 		 292 aa  269  5e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0293  HpcH/HpaI aldolase  53.87 
 
 		 291 aa  240  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0333809  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2705  citrate lyase  45.96 
 
 		 296 aa  238  8e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  49.65 
 
 		 281 aa  238  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  47.33 
 
 		 291 aa  236  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  45.61 
 
 		 293 aa  234  9e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2314  citrate (pro-3S)-lyase  53.9 
 
 		 289 aa  232  6e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  50.71 
 
 		 283 aa  225  5.0000000000000005e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5821  HpcH/HpaI aldolase  44.33 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.577572  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  46.26 
 
 		 278 aa  224  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3436  HpcH/HpaI aldolase  47 
 
 		 278 aa  217  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0092  HpcH/HpaI aldolase  45.83 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1535  Citryl-CoA lyase  47.7 
 
 		 283 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2758  putative citrate lyase beta chain (acyl lyase subunit)  45.26 
 
 		 290 aa  198  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  43.42 
 
 		 278 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1878  HpcH/HpaI aldolase  42.91 
 
 		 279 aa  188  8e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.820651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  38.3 
 
 		 294 aa  185  6e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1255  Citrate (pro-3S)-lyase  38.57 
 
 		 289 aa  172  5e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.0181011 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  35.82 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  35.56 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  38.65 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  36.62 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  36.27 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  34.74 
 
 		 292 aa  149  4e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  38.03 
 
 		 276 aa  149  6e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  33.8 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  34.74 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  34.15 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.15 
 
 		 289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.15 
 
 		 289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.15 
 
 		 289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.15 
 
 		 289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  35.82 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  29.27 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  36.24 
 
 		 285 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  33.69 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.34 
 
 		 280 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.34 
 
 		 280 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  33.8 
 
 		 289 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.34 
 
 		 280 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  35.46 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  35.89 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.98 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  34.97 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  34.59 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  34.51 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  34.4 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  36.36 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  35.11 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  36.36 
 
 		 305 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  34.72 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2027  citrate lyase, beta subunit  35.11 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  31.9 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1754  citrate lyase, beta subunit  34.75 
 
 		 291 aa  136  5e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.42542  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  35.64 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  34.38 
 
 		 292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  36.43 
 
 		 282 aa  135  7.000000000000001e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  35.48 
 
 		 291 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  39.01 
 
 		 275 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  35.71 
 
 		 285 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  34.15 
 
 		 269 aa  133  3e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  35.11 
 
 		 274 aa  133  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  33.33 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  34.86 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3511  citrate (pro-3S)-lyase  36.33 
 
 		 292 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  34.51 
 
 		 296 aa  132  9e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  34.51 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.4 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  35.92 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  35.59 
 
 		 270 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  34.86 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  33.68 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.98 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.98 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  34.15 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  34.04 
 
 		 280 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.04 
 
 		 280 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.98 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  34.75 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  34.75 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.75 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  34.75 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.75 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  33.57 
 
 		 287 aa  129  6e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.75 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  34.75 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.75 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.75 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  36.01 
 
 		 285 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  34.4 
 
 		 406 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  35.92 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1313  putative citrate lyase beta subunit  39.43 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  34.15 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.72 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.63 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  34.84 
 
 		 277 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  34.15 
 
 		 267 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1361  HpcH/HpaI aldolase  34.97 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0742022  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>