More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2874 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  100 
 
 		 295 aa  592  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  68.06 
 
 		 285 aa  394  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  69.79 
 
 		 285 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  69.79 
 
 		 285 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  68.17 
 
 		 284 aa  387  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  66.9 
 
 		 287 aa  383  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  67.29 
 
 		 279 aa  356  2.9999999999999997e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  53.19 
 
 		 286 aa  270  2e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  51.36 
 
 		 298 aa  265  7e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  48.42 
 
 		 292 aa  263  3e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  51.39 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  49.82 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0233  HpcH/HpaI aldolase  51.42 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.528941  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  48.1 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  44.76 
 
 		 292 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  43.25 
 
 		 292 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4394  Citryl-CoA lyase  47.9 
 
 		 292 aa  240  2e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  44.95 
 
 		 296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  44.6 
 
 		 296 aa  238  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  48.07 
 
 		 294 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  44.6 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  46.34 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  48.01 
 
 		 294 aa  236  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  42.96 
 
 		 292 aa  232  6e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1974  Citryl-CoA lyase  47.29 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0199  citrate (pro-3S)-lyase  53.71 
 
 		 289 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.31113  normal  0.0340148 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  47.27 
 
 		 277 aa  229  4e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  44.06 
 
 		 292 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0192  Citryl-CoA lyase  53.71 
 
 		 297 aa  226  4e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.512612  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  44.77 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5000  citrate (pro-3S)-lyase  46.24 
 
 		 292 aa  225  7e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2287  citrate (pro-3S)-lyase  47.42 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0347  putative citrate lyase beta chain  43.68 
 
 		 292 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  46.48 
 
 		 331 aa  220  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  44.48 
 
 		 291 aa  220  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0181  Citryl-CoA lyase  52.69 
 
 		 297 aa  218  7e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3268  HpcH/HpaI aldolase  43.36 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4219  Citrate (pro-3S)-lyase  42.66 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114392 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0203  Citrate (pro-3S)-lyase  53.36 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3026  citrate (pro-3S)-lyase  44.78 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  0.300604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3895  Citrate (pro-3S)-lyase  42.96 
 
 		 302 aa  201  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.423668  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2882  Citryl-CoA lyase  41.58 
 
 		 282 aa  189  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4356  citrate lyase beta subunit  42.91 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2975  Citryl-CoA lyase  42.65 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3261 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.97 
 
 		 294 aa  182  6e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  33.56 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  36.3 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  36.3 
 
 		 292 aa  159  8e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.27 
 
 		 302 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.62 
 
 		 302 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.62 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.62 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.27 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  34.27 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  34.27 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  34.27 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.27 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  34.27 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.27 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.27 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.27 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  32.7 
 
 		 324 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.27 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  32.59 
 
 		 323 aa  152  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  29.71 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  37.68 
 
 		 276 aa  150  2e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  35.34 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  32.27 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  37.72 
 
 		 283 aa  150  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  32.58 
 
 		 324 aa  149  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  34.46 
 
 		 304 aa  149  5e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  33.12 
 
 		 325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2214  HpcH/HpaI aldolase  42.42 
 
 		 267 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0660288  normal  0.0595234 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  32.81 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  32.59 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  33.57 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  32.26 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  32.26 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  33.01 
 
 		 325 aa  145  6e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  34.04 
 
 		 291 aa  145  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  32.91 
 
 		 379 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  33.79 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  34.22 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  33.45 
 
 		 306 aa  142  6e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  38.69 
 
 		 285 aa  142  8e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  35.34 
 
 		 282 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  32.12 
 
 		 269 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  34.29 
 
 		 325 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  35.09 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  33.92 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.38 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  32.38 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.38 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.38 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  34.17 
 
 		 327 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  34.17 
 
 		 336 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  34.17 
 
 		 327 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0268  Citryl-CoA lyase  35.09 
 
 		 292 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  33.92 
 
 		 274 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  31.96 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>