More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0722 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  100 
 
 
302 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  99.67 
 
 
302 aa  604  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  99.67 
 
 
302 aa  604  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  99.34 
 
 
302 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  99.01 
 
 
302 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  95.03 
 
 
302 aa  558  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  95.03 
 
 
302 aa  558  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  95.03 
 
 
302 aa  558  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  95.03 
 
 
302 aa  558  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  95.03 
 
 
302 aa  558  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  95.03 
 
 
302 aa  558  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  95.03 
 
 
302 aa  558  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  95.03 
 
 
302 aa  558  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  95.03 
 
 
302 aa  558  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  83.9 
 
 
306 aa  489  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  75.09 
 
 
291 aa  421  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  63.79 
 
 
301 aa  394  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1754  citrate lyase, beta subunit  63.23 
 
 
291 aa  392  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.42542  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2027  citrate lyase, beta subunit  63.57 
 
 
291 aa  391  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  63.45 
 
 
291 aa  390  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  63.45 
 
 
291 aa  382  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  62.07 
 
 
290 aa  376  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  63.1 
 
 
289 aa  364  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  63.1 
 
 
289 aa  364  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  63.1 
 
 
289 aa  364  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  63.1 
 
 
289 aa  364  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  62.76 
 
 
289 aa  361  7.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  60.14 
 
 
296 aa  357  1.9999999999999998e-97  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  51.75 
 
 
304 aa  282  6.000000000000001e-75  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  45.1 
 
 
294 aa  258  1e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  43.25 
 
 
306 aa  240  2e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  44.1 
 
 
306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  44.1 
 
 
306 aa  232  7.000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  41.75 
 
 
293 aa  228  9e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  41.4 
 
 
292 aa  206  6e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  41.4 
 
 
292 aa  204  1e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  37.93 
 
 
289 aa  194  2e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  38.11 
 
 
282 aa  191  1e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  40.85 
 
 
286 aa  190  2.9999999999999997e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  37.5 
 
 
406 aa  182  7e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  39.86 
 
 
313 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  39.73 
 
 
331 aa  166  4e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  35.23 
 
 
287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  39.93 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  35.02 
 
 
292 aa  163  3e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3086  Citryl-CoA lyase  36.27 
 
 
295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000118565  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  36.97 
 
 
303 aa  160  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  36.26 
 
 
298 aa  158  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  34.04 
 
 
295 aa  155  7e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  35.59 
 
 
285 aa  155  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  34.07 
 
 
292 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0268  Citryl-CoA lyase  35.92 
 
 
292 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283754  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3511  citrate (pro-3S)-lyase  37.18 
 
 
292 aa  150  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  33.78 
 
 
303 aa  149  4e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  31.43 
 
 
324 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  31.75 
 
 
323 aa  149  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  34.32 
 
 
338 aa  148  8e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  32.52 
 
 
284 aa  148  9e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  31.53 
 
 
323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4394  Citryl-CoA lyase  36.43 
 
 
292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  35.23 
 
 
285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  34.43 
 
 
292 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03577  citrate lyase beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G13030)  35.97 
 
 
323 aa  145  6e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  30.5 
 
 
324 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  30.5 
 
 
324 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  32.31 
 
 
296 aa  145  9e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  34.03 
 
 
292 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  34.88 
 
 
285 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0400  citrate lyase  36.92 
 
 
298 aa  145  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.726359  normal  0.0212977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  35.17 
 
 
290 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  30.5 
 
 
324 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  30.79 
 
 
327 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  30.25 
 
 
284 aa  143  3e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  32.31 
 
 
296 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  31.29 
 
 
296 aa  142  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  33.67 
 
 
316 aa  142  8e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  36.4 
 
 
276 aa  142  9e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  34.07 
 
 
292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  32.03 
 
 
292 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  32.74 
 
 
308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  33.55 
 
 
315 aa  139  4.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  33.56 
 
 
331 aa  139  6e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  32.45 
 
 
313 aa  139  6e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  32.78 
 
 
316 aa  138  8.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  29.87 
 
 
325 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  33.58 
 
 
271 aa  138  1e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  31.39 
 
 
320 aa  137  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  32.23 
 
 
297 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  29.15 
 
 
325 aa  137  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1974  Citryl-CoA lyase  32.73 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  32.98 
 
 
313 aa  136  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  32.64 
 
 
294 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  35.23 
 
 
286 aa  136  5e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  32.26 
 
 
319 aa  135  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0347  putative citrate lyase beta chain  32.6 
 
 
292 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0181  Citryl-CoA lyase  37.89 
 
 
297 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  32.74 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  35.54 
 
 
287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4207  Citryl-CoA lyase  33.76 
 
 
234 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000486411  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  34.18 
 
 
279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>