More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3511 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3511  citrate (pro-3S)-lyase  100 
 
 
292 aa  581  1.0000000000000001e-165  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  68.75 
 
 
290 aa  387  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3048  Citryl-CoA lyase  65.38 
 
 
288 aa  320  9.999999999999999e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.128546 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  54.48 
 
 
285 aa  263  4e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  35.49 
 
 
296 aa  169  7e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  36.18 
 
 
304 aa  161  1e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.63 
 
 
289 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.63 
 
 
289 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.63 
 
 
289 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.63 
 
 
289 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.63 
 
 
289 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  34.48 
 
 
290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.33 
 
 
294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  36.99 
 
 
306 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  33.22 
 
 
282 aa  153  4e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  35.31 
 
 
293 aa  152  8e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  32.32 
 
 
289 aa  147  1.0000000000000001e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.9 
 
 
302 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.9 
 
 
302 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  36.9 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.55 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  36.55 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  36.55 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.55 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.55 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.55 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  36.55 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  36.55 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.55 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  36.55 
 
 
302 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  36.55 
 
 
302 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  33.57 
 
 
291 aa  143  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  35.59 
 
 
292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  31.83 
 
 
291 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  36.58 
 
 
293 aa  139  6e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  36.93 
 
 
271 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  34.86 
 
 
286 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  36.61 
 
 
291 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  31.83 
 
 
301 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  33.56 
 
 
406 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  35.23 
 
 
292 aa  136  5e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  32.65 
 
 
306 aa  135  7.000000000000001e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  36.59 
 
 
285 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  36.49 
 
 
282 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  29.18 
 
 
284 aa  135  8e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  36.59 
 
 
285 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2027  citrate lyase, beta subunit  30.8 
 
 
291 aa  135  9e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1754  citrate lyase, beta subunit  31.14 
 
 
291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.42542  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  34.83 
 
 
284 aa  132  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  34.74 
 
 
285 aa  132  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  36.11 
 
 
282 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  30.95 
 
 
306 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  35.17 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  37.41 
 
 
277 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  30.95 
 
 
306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  34.62 
 
 
287 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  31.15 
 
 
320 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  36.36 
 
 
304 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  33.56 
 
 
283 aa  130  4.0000000000000003e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  36.46 
 
 
291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  30.87 
 
 
318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  35.59 
 
 
295 aa  129  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  33.56 
 
 
291 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  31.29 
 
 
325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  34.4 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  36.86 
 
 
331 aa  125  6e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  31.19 
 
 
341 aa  125  8.000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3317  Citrate (pro-3S)-lyase  37.72 
 
 
280 aa  125  9e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  35.19 
 
 
282 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  31.71 
 
 
274 aa  124  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2882  Citryl-CoA lyase  35.09 
 
 
282 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  30.92 
 
 
379 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  30.92 
 
 
318 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  30.92 
 
 
318 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  37.28 
 
 
291 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  32.42 
 
 
292 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  29.93 
 
 
318 aa  122  7e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  36.2 
 
 
291 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2705  citrate lyase  33.33 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  36.13 
 
 
279 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  31.88 
 
 
303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  36.17 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  37.68 
 
 
270 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  34.83 
 
 
281 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  33.81 
 
 
274 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  29.97 
 
 
324 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  29.47 
 
 
324 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  33.33 
 
 
313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  32.75 
 
 
292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  29.47 
 
 
324 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  33.92 
 
 
282 aa  119  6e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  32.75 
 
 
316 aa  119  7.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  36 
 
 
277 aa  118  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  34.36 
 
 
298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4356  citrate lyase beta subunit  36.75 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  33.92 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  31.74 
 
 
292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  33.68 
 
 
310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  36.73 
 
 
275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  30.57 
 
 
324 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>