More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0082 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  100 
 
 
285 aa  577  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  89.82 
 
 
285 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  89.82 
 
 
285 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  73.38 
 
 
279 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  68.09 
 
 
284 aa  387  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  67.87 
 
 
295 aa  382  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  62.32 
 
 
287 aa  351  5.9999999999999994e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  51.37 
 
 
292 aa  281  7.000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  55 
 
 
286 aa  266  2.9999999999999995e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  51.4 
 
 
298 aa  260  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  50.35 
 
 
292 aa  257  1e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  50.34 
 
 
303 aa  255  7e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  52.46 
 
 
313 aa  252  5.000000000000001e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  44.64 
 
 
292 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  44.1 
 
 
292 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0233  HpcH/HpaI aldolase  47.7 
 
 
300 aa  236  3e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.528941  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  45.49 
 
 
296 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  45.14 
 
 
296 aa  231  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  44.91 
 
 
292 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  45.14 
 
 
296 aa  229  4e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  43.32 
 
 
292 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4394  Citryl-CoA lyase  46.85 
 
 
292 aa  227  1e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0347  putative citrate lyase beta chain  44.24 
 
 
292 aa  226  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  47.55 
 
 
294 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  45.1 
 
 
297 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5000  citrate (pro-3S)-lyase  46.98 
 
 
292 aa  223  4e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  46.15 
 
 
291 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  47.81 
 
 
294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  47.21 
 
 
277 aa  217  2e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0192  Citryl-CoA lyase  52.84 
 
 
297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.512612  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  46.26 
 
 
331 aa  215  7e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  41.37 
 
 
308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1974  Citryl-CoA lyase  46.24 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0199  citrate (pro-3S)-lyase  50.88 
 
 
289 aa  211  9e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.31113  normal  0.0340148 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2882  Citryl-CoA lyase  44.73 
 
 
282 aa  210  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0181  Citryl-CoA lyase  51.25 
 
 
297 aa  206  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2287  citrate (pro-3S)-lyase  44.56 
 
 
293 aa  206  5e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0203  Citrate (pro-3S)-lyase  52.3 
 
 
297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3268  HpcH/HpaI aldolase  43.25 
 
 
297 aa  196  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3026  citrate (pro-3S)-lyase  44.79 
 
 
301 aa  195  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  0.300604 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4219  Citrate (pro-3S)-lyase  41.55 
 
 
311 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.114392 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  37.46 
 
 
294 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3895  Citrate (pro-3S)-lyase  41.2 
 
 
302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.423668  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4356  citrate lyase beta subunit  43.38 
 
 
299 aa  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2975  Citryl-CoA lyase  43.68 
 
 
325 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.3261 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  34.62 
 
 
296 aa  169  6e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  38.62 
 
 
316 aa  168  8e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  35.78 
 
 
324 aa  168  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  36.22 
 
 
323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  35.96 
 
 
323 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  37.77 
 
 
282 aa  165  1.0000000000000001e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  35.46 
 
 
304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  34.7 
 
 
324 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2214  HpcH/HpaI aldolase  43.73 
 
 
267 aa  161  9e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0660288  normal  0.0595234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  38.19 
 
 
290 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  35.13 
 
 
327 aa  161  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  37 
 
 
276 aa  160  3e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  34.18 
 
 
320 aa  159  5e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  35.06 
 
 
269 aa  158  1e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  35.02 
 
 
324 aa  157  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  35.02 
 
 
324 aa  157  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  36.16 
 
 
341 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  35.22 
 
 
325 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  35.24 
 
 
325 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  35.06 
 
 
379 aa  155  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  35.37 
 
 
318 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  35.84 
 
 
292 aa  154  1e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  38.87 
 
 
286 aa  155  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  35.37 
 
 
318 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  35.84 
 
 
292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.94 
 
 
302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.94 
 
 
302 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.94 
 
 
302 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  33.99 
 
 
318 aa  153  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.94 
 
 
302 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  29.71 
 
 
284 aa  152  5e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  35.57 
 
 
331 aa  151  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  36.17 
 
 
291 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.59 
 
 
302 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  38.51 
 
 
304 aa  149  7e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  34.2 
 
 
320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  35 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  33.68 
 
 
293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  35.59 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  35.59 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.59 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.59 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.59 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  35.59 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.59 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  35.59 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.59 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  37.37 
 
 
283 aa  146  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  33.83 
 
 
271 aa  145  7.0000000000000006e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  34.25 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  35.77 
 
 
321 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  34.04 
 
 
290 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  35.84 
 
 
313 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  34.84 
 
 
325 aa  142  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  32.69 
 
 
318 aa  142  9e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>