More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3520 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  100 
 
 		 284 aa  569  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  68.79 
 
 		 285 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  68.79 
 
 		 285 aa  391  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  68.09 
 
 		 285 aa  387  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  72.24 
 
 		 279 aa  378  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  68.1 
 
 		 295 aa  376  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  59.79 
 
 		 287 aa  327  1.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  53.95 
 
 		 303 aa  278  7e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  48.9 
 
 		 292 aa  263  2e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  50.88 
 
 		 313 aa  257  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  52.1 
 
 		 298 aa  257  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  50.89 
 
 		 286 aa  256  3e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  48.42 
 
 		 292 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  50.52 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  50 
 
 		 277 aa  249  5e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  47.74 
 
 		 296 aa  249  5e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  47.74 
 
 		 296 aa  248  9e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  47.39 
 
 		 296 aa  246  4e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  45.61 
 
 		 292 aa  245  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  48.44 
 
 		 292 aa  242  6e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  46.32 
 
 		 292 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  47.04 
 
 		 297 aa  239  5e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  50.36 
 
 		 294 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0233  HpcH/HpaI aldolase  49.3 
 
 		 300 aa  238  5.999999999999999e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.528941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5000  citrate (pro-3S)-lyase  48.38 
 
 		 292 aa  233  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0192  Citryl-CoA lyase  54.33 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.512612  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  44.77 
 
 		 292 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0347  putative citrate lyase beta chain  46.01 
 
 		 292 aa  225  8e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4394  Citryl-CoA lyase  46.85 
 
 		 292 aa  225  8e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0181  Citryl-CoA lyase  53.9 
 
 		 297 aa  223  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0199  citrate (pro-3S)-lyase  53 
 
 		 289 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.31113  normal  0.0340148 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1974  Citryl-CoA lyase  47.46 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  46.1 
 
 		 331 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0203  Citrate (pro-3S)-lyase  54.2 
 
 		 297 aa  211  9e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3268  HpcH/HpaI aldolase  44.48 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2882  Citryl-CoA lyase  45.13 
 
 		 282 aa  208  8e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  45.2 
 
 		 291 aa  205  8e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  42.14 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4219  Citrate (pro-3S)-lyase  42.51 
 
 		 311 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114392 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2287  citrate (pro-3S)-lyase  46.92 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2975  Citryl-CoA lyase  46.07 
 
 		 325 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3261 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3895  Citrate (pro-3S)-lyase  41.9 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.423668  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3026  citrate (pro-3S)-lyase  45.26 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  0.300604 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4356  citrate lyase beta subunit  42.59 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.69 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  39.93 
 
 		 282 aa  170  2e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2214  HpcH/HpaI aldolase  46.12 
 
 		 267 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0660288  normal  0.0595234 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  35.64 
 
 		 304 aa  162  4.0000000000000004e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  33.56 
 
 		 296 aa  162  8.000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  36.88 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  34.94 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  37.92 
 
 		 274 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  36.4 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  34.94 
 
 		 292 aa  155  7e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  33.33 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  36.79 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  35.71 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  32.6 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2027  citrate lyase, beta subunit  36.75 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  33.33 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1754  citrate lyase, beta subunit  36.17 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.42542  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  36.88 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  33.12 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  34.97 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  34.97 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  32.59 
 
 		 323 aa  149  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.97 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.97 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.97 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.97 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  34.97 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  34.97 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.97 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  36.4 
 
 		 286 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.57 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  32.87 
 
 		 302 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  31.96 
 
 		 323 aa  146  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  40.29 
 
 		 285 aa  146  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  29.35 
 
 		 284 aa  147  3e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.87 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.87 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  35.21 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  34.13 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0400  citrate lyase  32.26 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.726359  normal  0.0212977 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.23 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.23 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3163  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.03 
 
 		 280 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.517185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.59 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.23 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.23 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  33.69 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  32.52 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  31.85 
 
 		 269 aa  142  5e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3086  Citryl-CoA lyase  31.82 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000118565  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  34.59 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  32.17 
 
 		 325 aa  142  7e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  32.67 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  32.97 
 
 		 271 aa  139  4.999999999999999e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  33.78 
 
 		 316 aa  138  7.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  34.08 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>