More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2408 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  100 
 
 
290 aa  585  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  79.24 
 
 
291 aa  477  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2027  citrate lyase, beta subunit  78.55 
 
 
291 aa  477  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1754  citrate lyase, beta subunit  78.2 
 
 
291 aa  474  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.42542  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  77.51 
 
 
301 aa  475  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  75.09 
 
 
291 aa  469  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  73.01 
 
 
289 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  73.01 
 
 
289 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  73.01 
 
 
289 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  73.01 
 
 
289 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  72.66 
 
 
289 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  62.07 
 
 
306 aa  379  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  62.41 
 
 
302 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  62.41 
 
 
302 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  62.41 
 
 
302 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  62.07 
 
 
302 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  61.84 
 
 
291 aa  365  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  62.07 
 
 
302 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  61.38 
 
 
302 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  61.38 
 
 
302 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  61.38 
 
 
302 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  61.38 
 
 
302 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  61.38 
 
 
302 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  61.38 
 
 
302 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  61.38 
 
 
302 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  61.38 
 
 
302 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  61.38 
 
 
302 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  54.17 
 
 
296 aa  323  2e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  54.9 
 
 
304 aa  297  1e-79  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  43.25 
 
 
306 aa  250  2e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  45.1 
 
 
293 aa  244  9e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  40.71 
 
 
294 aa  244  9.999999999999999e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  45.49 
 
 
306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  45.49 
 
 
306 aa  243  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  43.62 
 
 
292 aa  219  6e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  43.62 
 
 
292 aa  219  6e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  40 
 
 
282 aa  207  1e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  40.55 
 
 
289 aa  207  2e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  37.59 
 
 
406 aa  185  6e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0400  citrate lyase  37.23 
 
 
298 aa  161  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.726359  normal  0.0212977 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3086  Citryl-CoA lyase  35.19 
 
 
295 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000118565  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  35.94 
 
 
286 aa  155  7e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  35.42 
 
 
290 aa  155  9e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  36.62 
 
 
303 aa  152  5e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  36.79 
 
 
284 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03577  citrate lyase beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G13030)  34.77 
 
 
323 aa  148  8e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  34.42 
 
 
287 aa  148  8e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3511  citrate (pro-3S)-lyase  34.91 
 
 
292 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  31.73 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  35 
 
 
313 aa  146  5e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  33.22 
 
 
298 aa  146  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  35.29 
 
 
287 aa  145  6e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  34.28 
 
 
292 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  34.04 
 
 
285 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  33.69 
 
 
282 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  31.1 
 
 
303 aa  142  6e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  33.09 
 
 
275 aa  142  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  31.85 
 
 
331 aa  142  7e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  34.13 
 
 
296 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  34.42 
 
 
292 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  36.11 
 
 
274 aa  141  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0901  Citrate (pro-3S)-lyase  33.09 
 
 
298 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  33.21 
 
 
292 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3048  Citryl-CoA lyase  36.14 
 
 
288 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.128546 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  34.11 
 
 
294 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  35.07 
 
 
294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  32.52 
 
 
292 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  33.11 
 
 
296 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  32.98 
 
 
285 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  33.11 
 
 
296 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  35.64 
 
 
286 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  32.98 
 
 
285 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  33.45 
 
 
282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  30.98 
 
 
320 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  35.96 
 
 
288 aa  135  7.000000000000001e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01440  conserved hypothetical protein  32.53 
 
 
330 aa  135  9.999999999999999e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4207  Citryl-CoA lyase  34.62 
 
 
234 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000486411  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  33.66 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  33.45 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  33.83 
 
 
279 aa  133  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  33.33 
 
 
316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  33.33 
 
 
292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  28.57 
 
 
269 aa  132  9e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  32.27 
 
 
308 aa  132  9e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  33.55 
 
 
313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  32.41 
 
 
293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0268  Citryl-CoA lyase  32.63 
 
 
292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283754  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3538  HpcH/HpaI aldolase  32.65 
 
 
310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0507749  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  30.69 
 
 
341 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  31.33 
 
 
318 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  31.33 
 
 
318 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4394  Citryl-CoA lyase  34.98 
 
 
292 aa  130  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  32.07 
 
 
297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  33.45 
 
 
274 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  34.75 
 
 
276 aa  129  7.000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  30.88 
 
 
301 aa  129  8.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  32.38 
 
 
318 aa  128  9.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  31.33 
 
 
324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  31.33 
 
 
324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  31.33 
 
 
324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>