More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1802 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  100 
 
 
324 aa  666    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  100 
 
 
324 aa  666    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  99.07 
 
 
324 aa  661    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  94.43 
 
 
323 aa  633  1e-180  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  91.64 
 
 
323 aa  614  1e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  91.93 
 
 
324 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  82.92 
 
 
325 aa  558  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  83.18 
 
 
327 aa  554  1e-157  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  79.5 
 
 
325 aa  536  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  65.52 
 
 
325 aa  435  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  67.86 
 
 
320 aa  411  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  57.5 
 
 
318 aa  362  3e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  57.5 
 
 
318 aa  362  3e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  56.35 
 
 
341 aa  362  5.0000000000000005e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  61.89 
 
 
310 aa  358  5e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  56.25 
 
 
379 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  57.14 
 
 
320 aa  355  5e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  54.94 
 
 
318 aa  351  8.999999999999999e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  56.43 
 
 
318 aa  351  8.999999999999999e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1078  citrate lyase  60.86 
 
 
316 aa  347  2e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  42.14 
 
 
303 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  44.27 
 
 
316 aa  255  6e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  46.18 
 
 
313 aa  253  3e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  45.83 
 
 
313 aa  246  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  43.35 
 
 
338 aa  236  3e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  42.41 
 
 
317 aa  235  6e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  43.35 
 
 
321 aa  233  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  43.46 
 
 
331 aa  234  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  42.95 
 
 
318 aa  233  3e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  43.04 
 
 
316 aa  232  6e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  43.31 
 
 
315 aa  229  3e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  44.59 
 
 
312 aa  228  8e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  42.9 
 
 
321 aa  228  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  43.87 
 
 
304 aa  228  1e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  42.32 
 
 
318 aa  225  7e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  41.58 
 
 
312 aa  224  2e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  41.82 
 
 
319 aa  220  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0341  citryl-CoA lyase  42.09 
 
 
318 aa  219  7e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.5619  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  37.82 
 
 
303 aa  215  9.999999999999999e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  42.09 
 
 
282 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  40.72 
 
 
301 aa  212  7e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3870  HpcH/HpaI aldolase  38.01 
 
 
346 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4213  HpcH/HpaI aldolase  38.91 
 
 
351 aa  205  8e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4636  Citrate (pro-3S)-lyase  39.87 
 
 
319 aa  200  3e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6315  HpcH/HpaI aldolase  39.18 
 
 
349 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185554  hitchhiker  0.008113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7178  HpcH/HpaI aldolase  38.56 
 
 
350 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  39.5 
 
 
327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  39.5 
 
 
336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4393  HpcH/HpaI aldolase  37.1 
 
 
363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  39.5 
 
 
327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3917  HpcH/HpaI aldolase  39.45 
 
 
349 aa  197  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.243397 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4390  HpcH/HpaI aldolase  39.45 
 
 
349 aa  197  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.345408  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4285  HpcH/HpaI aldolase  39.45 
 
 
349 aa  197  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0181473  normal  0.111861 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3098  HpcH/HpaI aldolase  36.71 
 
 
371 aa  195  7e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136599  normal  0.227792 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1650  HpcH/HpaI aldolase  37.74 
 
 
349 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.806088  normal  0.193855 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  37.34 
 
 
318 aa  192  6e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  37.15 
 
 
355 aa  189  7e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  37.97 
 
 
318 aa  188  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0912  HpcH/HpaI aldolase  36.39 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.322098  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4173  HpcH/HpaI aldolase  36.39 
 
 
347 aa  182  6e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1328  HpcH/HpaI aldolase  36.05 
 
 
350 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.604771  hitchhiker  0.00231317 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0731  HpcH/HpaI aldolase  33.95 
 
 
349 aa  176  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  34.38 
 
 
296 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  36.54 
 
 
293 aa  171  2e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  35.12 
 
 
292 aa  168  1e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  35.12 
 
 
292 aa  167  2e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  34.39 
 
 
406 aa  163  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  32.24 
 
 
269 aa  162  8.000000000000001e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.48 
 
 
294 aa  160  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  31.49 
 
 
289 aa  159  4e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  35.62 
 
 
301 aa  159  7e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  34.08 
 
 
292 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  35.02 
 
 
285 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  35.26 
 
 
286 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  32.8 
 
 
286 aa  155  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  34.75 
 
 
292 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  34.38 
 
 
294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  33.44 
 
 
292 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  33.44 
 
 
285 aa  153  5e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  33.44 
 
 
285 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  32.45 
 
 
271 aa  151  1e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  32.9 
 
 
287 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  33.33 
 
 
284 aa  151  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  35.53 
 
 
283 aa  150  4e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  32.69 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  32.29 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  30.84 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  32.17 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  32.27 
 
 
306 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  32.37 
 
 
306 aa  146  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  34.81 
 
 
279 aa  146  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  34.1 
 
 
296 aa  145  9e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  30.59 
 
 
284 aa  145  1e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.53 
 
 
280 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  35.48 
 
 
292 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.53 
 
 
280 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.53 
 
 
280 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.53 
 
 
280 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  32.92 
 
 
298 aa  143  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  32.61 
 
 
292 aa  142  7e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>