More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3917 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1650  HpcH/HpaI aldolase  91.95 
 
 		 349 aa  662    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.806088  normal  0.193855 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4285  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 		 349 aa  713    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0181473  normal  0.111861 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6315  HpcH/HpaI aldolase  88.25 
 
 		 349 aa  634    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185554  hitchhiker  0.008113 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4390  HpcH/HpaI aldolase  97.71 
 
 		 349 aa  700    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.345408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3917  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 		 349 aa  713    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.243397 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7178  HpcH/HpaI aldolase  89.4 
 
 		 350 aa  644    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3870  HpcH/HpaI aldolase  76.72 
 
 		 346 aa  576  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3098  HpcH/HpaI aldolase  72.49 
 
 		 371 aa  535  1e-151  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136599  normal  0.227792 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1328  HpcH/HpaI aldolase  69.54 
 
 		 350 aa  523  1e-147  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.604771  hitchhiker  0.00231317 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4173  HpcH/HpaI aldolase  69.63 
 
 		 347 aa  519  1e-146  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0912  HpcH/HpaI aldolase  69.63 
 
 		 347 aa  518  1e-146  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.322098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0731  HpcH/HpaI aldolase  70.2 
 
 		 349 aa  511  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4213  HpcH/HpaI aldolase  65.52 
 
 		 351 aa  483  1e-135  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4393  HpcH/HpaI aldolase  62.68 
 
 		 363 aa  445  1.0000000000000001e-124  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  60.51 
 
 		 355 aa  424  1e-118  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  40.44 
 
 		 325 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  41.61 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  37.5 
 
 		 320 aa  202  6e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  36.23 
 
 		 341 aa  202  8e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  39.79 
 
 		 324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  38.62 
 
 		 324 aa  200  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  38.95 
 
 		 323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  40.43 
 
 		 325 aa  199  7e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  39.65 
 
 		 323 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  38.83 
 
 		 325 aa  198  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  38.91 
 
 		 318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  38.91 
 
 		 318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  39.59 
 
 		 379 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  39.45 
 
 		 324 aa  197  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  39.45 
 
 		 324 aa  197  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  37.04 
 
 		 318 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  39.38 
 
 		 318 aa  192  5e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  37.22 
 
 		 327 aa  188  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  36.45 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1078  citrate lyase  35.74 
 
 		 316 aa  176  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  34.29 
 
 		 303 aa  172  1e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  38.38 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  32.8 
 
 		 303 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  35.69 
 
 		 313 aa  157  4e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  33.75 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  36.42 
 
 		 318 aa  152  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  34.3 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  34.29 
 
 		 331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  32.72 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  32.91 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  33.33 
 
 		 317 aa  145  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  34.72 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  32.91 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  32.81 
 
 		 338 aa  143  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  34.39 
 
 		 318 aa  143  5e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  35.26 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  35.26 
 
 		 327 aa  140  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  35.26 
 
 		 327 aa  140  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  34.48 
 
 		 318 aa  139  7e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0341  citryl-CoA lyase  33.87 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.5619  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  33.1 
 
 		 318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  34.25 
 
 		 304 aa  132  6.999999999999999e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  30.29 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  31.87 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  30.38 
 
 		 294 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  30.85 
 
 		 301 aa  125  9e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4636  Citrate (pro-3S)-lyase  28.9 
 
 		 319 aa  122  6e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  30.14 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  31.68 
 
 		 319 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  30.14 
 
 		 292 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  28.66 
 
 		 284 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3086  Citryl-CoA lyase  30.52 
 
 		 295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000118565  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  34.11 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  31.12 
 
 		 293 aa  107  4e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  28.48 
 
 		 306 aa  106  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0400  citrate lyase  30.84 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.726359  normal  0.0212977 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  30.25 
 
 		 274 aa  102  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  31.82 
 
 		 406 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  28.53 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  28.53 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  29.18 
 
 		 287 aa  99.8  7e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  27.81 
 
 		 282 aa  98.2  2e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  29.45 
 
 		 290 aa  97.4  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  26.45 
 
 		 280 aa  96.3  8e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1285  citryl-CoA lyase  29.32 
 
 		 302 aa  95.9  9e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  25.48 
 
 		 289 aa  95.5  1e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  28.57 
 
 		 306 aa  95.9  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0268  Citryl-CoA lyase  27.24 
 
 		 292 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  28.12 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  28.8 
 
 		 306 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  27.21 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  28.57 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  29.25 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  27.21 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  28.8 
 
 		 291 aa  94.4  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  27.7 
 
 		 285 aa  94  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  27.7 
 
 		 285 aa  93.6  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  29.19 
 
 		 292 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  27.7 
 
 		 285 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  28.12 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  26.91 
 
 		 280 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  27.71 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  26.65 
 
 		 304 aa  89.7  6e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3338  HpcH/HpaI aldolase  25.14 
 
 		 347 aa  89.7  7e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.189168  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  30.54 
 
 		 279 aa  89.7  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.293195 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>