More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7178 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_3917  HpcH/HpaI aldolase  89.4 
 
 
349 aa  644    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.243397 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1650  HpcH/HpaI aldolase  91.43 
 
 
349 aa  651    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.806088  normal  0.193855 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4285  HpcH/HpaI aldolase  89.4 
 
 
349 aa  644    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0181473  normal  0.111861 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6315  HpcH/HpaI aldolase  91.98 
 
 
349 aa  663    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185554  hitchhiker  0.008113 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4390  HpcH/HpaI aldolase  87.97 
 
 
349 aa  637    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.345408  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7178  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
350 aa  714    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3870  HpcH/HpaI aldolase  75.93 
 
 
346 aa  569  1e-161  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3098  HpcH/HpaI aldolase  71.92 
 
 
371 aa  534  1e-151  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136599  normal  0.227792 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4173  HpcH/HpaI aldolase  69.91 
 
 
347 aa  521  1e-147  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1328  HpcH/HpaI aldolase  69.54 
 
 
350 aa  523  1e-147  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.604771  hitchhiker  0.00231317 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0731  HpcH/HpaI aldolase  71.06 
 
 
349 aa  514  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0912  HpcH/HpaI aldolase  69.34 
 
 
347 aa  517  1.0000000000000001e-145  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.322098  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4213  HpcH/HpaI aldolase  65.62 
 
 
351 aa  480  1e-134  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4393  HpcH/HpaI aldolase  62 
 
 
363 aa  444  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  61.54 
 
 
355 aa  429  1e-119  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  40.94 
 
 
320 aa  224  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  39.69 
 
 
325 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  37.24 
 
 
341 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  38.63 
 
 
320 aa  209  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  40 
 
 
379 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  38.84 
 
 
318 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  37.61 
 
 
318 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  37.61 
 
 
318 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  38.87 
 
 
324 aa  204  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  39.62 
 
 
318 aa  202  5e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  38.56 
 
 
324 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  38.56 
 
 
324 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  39.68 
 
 
325 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  38.17 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  38.54 
 
 
323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  37.93 
 
 
325 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  38.34 
 
 
323 aa  196  6e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  38.05 
 
 
327 aa  191  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  37.62 
 
 
310 aa  188  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1078  citrate lyase  35.83 
 
 
316 aa  182  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  38.6 
 
 
282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  33.65 
 
 
303 aa  172  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  34.18 
 
 
303 aa  169  9e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  34.15 
 
 
316 aa  159  8e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  34.86 
 
 
313 aa  157  3e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  33.54 
 
 
316 aa  150  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  33.65 
 
 
312 aa  150  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  32.6 
 
 
331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  33.77 
 
 
321 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  33.97 
 
 
317 aa  145  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  33.01 
 
 
313 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  33.86 
 
 
338 aa  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  37.76 
 
 
318 aa  144  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  35.31 
 
 
318 aa  144  3e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  32.9 
 
 
312 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  32.37 
 
 
315 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  35 
 
 
327 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  35 
 
 
336 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  35.03 
 
 
318 aa  138  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  35 
 
 
327 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  33.92 
 
 
318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  33.45 
 
 
304 aa  135  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  30.1 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0341  citryl-CoA lyase  33.12 
 
 
318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.5619  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4636  Citrate (pro-3S)-lyase  29.62 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  32.28 
 
 
321 aa  128  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.97 
 
 
294 aa  123  6e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  29.21 
 
 
284 aa  120  3e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  30.56 
 
 
319 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  35 
 
 
301 aa  116  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  30.95 
 
 
293 aa  113  5e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  28.82 
 
 
292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  28.82 
 
 
292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3086  Citryl-CoA lyase  29.36 
 
 
295 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000118565  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  28.04 
 
 
282 aa  103  5e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  28.08 
 
 
306 aa  103  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  30.58 
 
 
274 aa  102  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  29.78 
 
 
306 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0268  Citryl-CoA lyase  27.01 
 
 
292 aa  99.4  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283754  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  30.3 
 
 
287 aa  98.6  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  28.62 
 
 
285 aa  97.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1285  citryl-CoA lyase  28.22 
 
 
302 aa  97.8  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  28.06 
 
 
305 aa  97.1  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  28.06 
 
 
302 aa  97.1  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  31.36 
 
 
406 aa  96.7  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0400  citrate lyase  29.77 
 
 
298 aa  96.3  6e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.726359  normal  0.0212977 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  28.62 
 
 
285 aa  96.3  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  31.15 
 
 
291 aa  95.9  9e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  28.19 
 
 
285 aa  95.9  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  30.34 
 
 
306 aa  95.5  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  26.5 
 
 
286 aa  95.5  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  29.41 
 
 
306 aa  95.1  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  26.54 
 
 
280 aa  95.1  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  27.34 
 
 
280 aa  94.4  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  28.15 
 
 
292 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  29.69 
 
 
296 aa  94.4  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  27.34 
 
 
280 aa  94.4  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  28.23 
 
 
313 aa  93.6  4e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  28.23 
 
 
303 aa  93.6  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  30 
 
 
290 aa  93.2  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  30.79 
 
 
331 aa  90.9  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  26.67 
 
 
292 aa  91.3  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  28.28 
 
 
279 aa  90.1  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3538  HpcH/HpaI aldolase  29.62 
 
 
310 aa  89.7  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0507749  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  25.64 
 
 
289 aa  89.7  7e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>