More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3898 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  100 
 
 		 290 aa  573  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3511  citrate (pro-3S)-lyase  68.75 
 
 		 292 aa  374  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3048  Citryl-CoA lyase  65.74 
 
 		 288 aa  341  1e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.128546 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  55 
 
 		 285 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  40.85 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  36.15 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  37.01 
 
 		 282 aa  162  5.0000000000000005e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.1 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  38.19 
 
 		 285 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  36.43 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  35.69 
 
 		 325 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  35.42 
 
 		 290 aa  155  9e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  35.31 
 
 		 379 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  34.64 
 
 		 341 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  35.29 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  37.02 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  38.49 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  35.31 
 
 		 320 aa  152  8.999999999999999e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  31.6 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  33.01 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  33.44 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.74 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  33.44 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.74 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.74 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.74 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.74 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  38.43 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  40.35 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  35.54 
 
 		 287 aa  145  5e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  37.59 
 
 		 286 aa  146  5e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  37.5 
 
 		 283 aa  145  6e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  36.68 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  38.08 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  37.63 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  35.69 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  35.89 
 
 		 285 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  38.38 
 
 		 269 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  34.59 
 
 		 284 aa  142  6e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3163  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.23 
 
 		 280 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.517185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  37.41 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  35.54 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  30.36 
 
 		 284 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  37.41 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  34.56 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  33.44 
 
 		 327 aa  139  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  36.05 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  36.27 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  32.27 
 
 		 324 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2705  citrate lyase  36.49 
 
 		 296 aa  137  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  33 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  35.07 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  35.07 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  35.07 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.07 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.07 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.07 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  32.64 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.07 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.52 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  35.07 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.17 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  38.19 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.07 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.52 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.52 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7154  HpcH/HpaI aldolase  35.27 
 
 		 291 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3538  HpcH/HpaI aldolase  34.01 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0507749  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  32.29 
 
 		 291 aa  136  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  31.94 
 
 		 291 aa  136  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  36.18 
 
 		 313 aa  135  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  34.97 
 
 		 291 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  35.16 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0233  HpcH/HpaI aldolase  36.11 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.528941  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  31.33 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  33.23 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.17 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  31.11 
 
 		 323 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  34.47 
 
 		 406 aa  132  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  34.64 
 
 		 295 aa  132  6e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  31.31 
 
 		 323 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3040  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.51 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1254  putative citrate lyase, beta subunit  34.51 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1951  putative citrate lyase, beta subunit  34.51 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.778867  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2229  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.51 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0968  putative citrate lyase, beta subunit  34.51 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.283546  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1273  citrate lyase beta subunit  34.51 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  31.01 
 
 		 324 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  31.01 
 
 		 324 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  34.98 
 
 		 318 aa  132  7.999999999999999e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2916  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.51 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  32.09 
 
 		 306 aa  132  9e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  38.54 
 
 		 277 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.27 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  32.78 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1285  citryl-CoA lyase  35.27 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  31.76 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.27 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2027  citrate lyase, beta subunit  31.49 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  38.6 
 
 		 270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>