More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6255 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
291 aa  585  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  96.39 
 
 
291 aa  544  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  64.48 
 
 
277 aa  360  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  57.92 
 
 
274 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  51.48 
 
 
269 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  51.87 
 
 
278 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  54.23 
 
 
270 aa  247  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  50.76 
 
 
275 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  47.15 
 
 
270 aa  235  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  48.26 
 
 
274 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  50.36 
 
 
273 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  50.38 
 
 
267 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  50.38 
 
 
267 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  47.08 
 
 
279 aa  215  5e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  46.04 
 
 
270 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  49.61 
 
 
276 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  46.67 
 
 
295 aa  205  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  43.8 
 
 
282 aa  203  4e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  46.09 
 
 
274 aa  202  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  46.09 
 
 
274 aa  202  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  47.19 
 
 
289 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  47.39 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  47.19 
 
 
289 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  41.13 
 
 
274 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  45.8 
 
 
268 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  44.57 
 
 
279 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  44.65 
 
 
290 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  45.08 
 
 
289 aa  186  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  41.29 
 
 
271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  46.64 
 
 
290 aa  183  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  46.18 
 
 
289 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  43.51 
 
 
279 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  47.17 
 
 
276 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  46.39 
 
 
271 aa  176  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  38.57 
 
 
293 aa  172  5e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  48.43 
 
 
266 aa  172  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  43.96 
 
 
275 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  42.38 
 
 
275 aa  169  7e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  43.66 
 
 
283 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  43.01 
 
 
275 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  37.63 
 
 
286 aa  158  8e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  41.13 
 
 
272 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  34.78 
 
 
276 aa  157  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  47.27 
 
 
268 aa  156  4e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  39.77 
 
 
274 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  36.88 
 
 
294 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  37.87 
 
 
275 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  35.09 
 
 
293 aa  149  5e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  38.35 
 
 
283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  36.12 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  40.23 
 
 
278 aa  145  5e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19950  citrate lyase beta subunit  37.17 
 
 
281 aa  145  8.000000000000001e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.251575  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4340  HpcH/HpaI aldolase  35.56 
 
 
277 aa  144  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  35.69 
 
 
289 aa  143  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  36.36 
 
 
287 aa  142  5e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  36.82 
 
 
292 aa  142  6e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.57 
 
 
294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  35.06 
 
 
310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  37.41 
 
 
290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  35.06 
 
 
310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  35.06 
 
 
310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13092  hypothetical protein  35.32 
 
 
307 aa  140  3e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00883789  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  36.46 
 
 
292 aa  139  6e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  31.99 
 
 
293 aa  138  8.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  35.34 
 
 
288 aa  138  1e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  37.27 
 
 
278 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2742  HpcH/HpaI aldolase  34.2 
 
 
287 aa  137  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00490393 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  33.45 
 
 
296 aa  136  5e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  34.01 
 
 
306 aa  135  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  36.82 
 
 
277 aa  135  8e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4009  HpcH/HpaI aldolase  32.71 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.783796  decreased coverage  0.00557053 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  32.45 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2378  HpcH/HpaI aldolase  32.59 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.0302108 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  45.16 
 
 
189 aa  133  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1708  citrate lyase beta chain  33.83 
 
 
288 aa  134  3e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  33.94 
 
 
277 aa  132  9e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.54 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.54 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.54 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.54 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  32.23 
 
 
307 aa  130  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1361  HpcH/HpaI aldolase  34.33 
 
 
295 aa  130  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0742022  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  34.69 
 
 
284 aa  129  8.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.19 
 
 
289 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  34.69 
 
 
278 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00870  citrate lyase beta subunit  34.75 
 
 
321 aa  128  9.000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0531316  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  33.33 
 
 
304 aa  128  9.000000000000001e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  37.82 
 
 
281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4079  HpcH/HpaI aldolase  32.97 
 
 
283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0204  HpcH/HpaI aldolase  32.22 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.446132  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  35.13 
 
 
291 aa  126  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  31.27 
 
 
282 aa  127  3e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  35.02 
 
 
282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  34.93 
 
 
303 aa  126  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1045  HpcH/HpaI aldolase  35.77 
 
 
281 aa  125  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00200106  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  34.72 
 
 
291 aa  125  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4282  HpcH/HpaI aldolase  35.06 
 
 
280 aa  125  8.000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.41121  normal  0.174407 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  31.73 
 
 
276 aa  124  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  33.93 
 
 
308 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  34.67 
 
 
286 aa  124  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>