More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3810 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
279 aa  540  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  72.99 
 
 
274 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  61.51 
 
 
279 aa  278  5e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  46.95 
 
 
270 aa  243  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  47.13 
 
 
291 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  46.84 
 
 
291 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  47.96 
 
 
282 aa  230  2e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  46.95 
 
 
270 aa  228  9e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  46.1 
 
 
269 aa  225  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  49.26 
 
 
270 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  48.93 
 
 
278 aa  222  4e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  49.62 
 
 
275 aa  222  7e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  56.3 
 
 
271 aa  221  8e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  50 
 
 
276 aa  218  7.999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  46.24 
 
 
277 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  50.92 
 
 
279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  50.74 
 
 
290 aa  211  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  49.24 
 
 
267 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  49.24 
 
 
267 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  49.1 
 
 
297 aa  209  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  43.18 
 
 
274 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  50.19 
 
 
273 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  47.43 
 
 
295 aa  199  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  46.15 
 
 
274 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  46.15 
 
 
274 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  42.96 
 
 
271 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  46.79 
 
 
275 aa  188  8e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  41.2 
 
 
294 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  47.51 
 
 
289 aa  182  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  45.52 
 
 
283 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  44.15 
 
 
268 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  47.5 
 
 
275 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  39.48 
 
 
294 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  47.06 
 
 
275 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  48.16 
 
 
272 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  45.82 
 
 
274 aa  176  4e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  43.77 
 
 
289 aa  175  7e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  37.32 
 
 
293 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  42.7 
 
 
289 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  43.98 
 
 
290 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  48.09 
 
 
266 aa  170  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  41.39 
 
 
274 aa  169  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  39.27 
 
 
283 aa  169  7e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  51.79 
 
 
268 aa  168  8e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  46.35 
 
 
276 aa  162  7e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  45.77 
 
 
289 aa  159  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  36.4 
 
 
293 aa  150  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  36.84 
 
 
275 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4340  HpcH/HpaI aldolase  36.78 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  40.15 
 
 
278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  34.94 
 
 
276 aa  143  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4009  HpcH/HpaI aldolase  34.96 
 
 
306 aa  143  4e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.783796  decreased coverage  0.00557053 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2378  HpcH/HpaI aldolase  34.21 
 
 
306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.0302108 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13092  hypothetical protein  35.34 
 
 
307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00883789  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2742  HpcH/HpaI aldolase  33.88 
 
 
287 aa  139  4.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00490393 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  38.46 
 
 
274 aa  138  7.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  34.21 
 
 
310 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  34.21 
 
 
310 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  38.57 
 
 
277 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  48.73 
 
 
189 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  34.21 
 
 
310 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  37.68 
 
 
286 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  34.3 
 
 
289 aa  135  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  34.71 
 
 
307 aa  135  9e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  36.33 
 
 
278 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  35.19 
 
 
288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4282  HpcH/HpaI aldolase  34.87 
 
 
280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.41121  normal  0.174407 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  37.91 
 
 
276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1045  HpcH/HpaI aldolase  39.03 
 
 
281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00200106  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  34.53 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  29.79 
 
 
294 aa  130  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  36.13 
 
 
282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12520  citrate lyase beta subunit citE  41.09 
 
 
273 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  35.38 
 
 
292 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1039  HpcH/HpaI aldolase  41.11 
 
 
271 aa  129  7.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  31.21 
 
 
289 aa  129  8.000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  31.07 
 
 
282 aa  128  9.000000000000001e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0181  HpcH/HpaI aldolase  32.68 
 
 
281 aa  126  4.0000000000000003e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.530388  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0803  HpcH/HpaI aldolase  34.27 
 
 
293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00870  citrate lyase beta subunit  33.46 
 
 
321 aa  126  5e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0531316  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1391  HpcH/HpaI aldolase  37.45 
 
 
277 aa  125  6e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.375922  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  36.82 
 
 
287 aa  125  8.000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  33.79 
 
 
278 aa  125  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4087  HpcH/HpaI aldolase  36 
 
 
271 aa  124  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.106602  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.56 
 
 
280 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1313  putative citrate lyase beta subunit  38.04 
 
 
275 aa  124  1e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.56 
 
 
280 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.56 
 
 
280 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  35.17 
 
 
290 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.19 
 
 
280 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  32.37 
 
 
304 aa  124  2e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  33.09 
 
 
292 aa  123  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  33.45 
 
 
292 aa  123  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3163  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  34.43 
 
 
280 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.517185  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  36.67 
 
 
267 aa  122  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00470  citrate lyase beta subunit  40.7 
 
 
296 aa  122  7e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1361  HpcH/HpaI aldolase  36.33 
 
 
295 aa  122  8e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0742022  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  35.06 
 
 
292 aa  122  9e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  34.83 
 
 
292 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  39.34 
 
 
281 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>