More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6415 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
294 aa  597  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  95.92 
 
 
294 aa  551  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  43.4 
 
 
270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  37.91 
 
 
279 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  41.89 
 
 
270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  41.31 
 
 
279 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  40.23 
 
 
274 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  36.3 
 
 
269 aa  169  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  37.64 
 
 
282 aa  166  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  38.2 
 
 
270 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  38.83 
 
 
297 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  38.02 
 
 
295 aa  158  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  33.67 
 
 
293 aa  154  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  36.94 
 
 
271 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  38.72 
 
 
277 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  38.26 
 
 
274 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  38.35 
 
 
283 aa  154  2e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  35.93 
 
 
278 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  37.64 
 
 
291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  39.1 
 
 
268 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  37.74 
 
 
274 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  37.74 
 
 
274 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  38.49 
 
 
275 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  36.88 
 
 
291 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  38.72 
 
 
279 aa  149  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  39.55 
 
 
271 aa  148  8e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  35.4 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  35.79 
 
 
289 aa  146  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  40.23 
 
 
289 aa  143  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  35.02 
 
 
289 aa  142  6e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  37.4 
 
 
276 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  38.49 
 
 
267 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  38.49 
 
 
267 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  33.94 
 
 
286 aa  139  4.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  36.86 
 
 
272 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  37.59 
 
 
290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  38.58 
 
 
275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  33.45 
 
 
290 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13092  hypothetical protein  34.96 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00883789  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4340  HpcH/HpaI aldolase  33.84 
 
 
277 aa  132  5e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  32.13 
 
 
293 aa  132  6e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  35.34 
 
 
307 aa  132  9e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  36.53 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  37.45 
 
 
275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4009  HpcH/HpaI aldolase  34.96 
 
 
306 aa  130  3e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.783796  decreased coverage  0.00557053 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  38.01 
 
 
275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  34.33 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  34.33 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  38.7 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  34.33 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2378  HpcH/HpaI aldolase  34.21 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.0302108 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  32.95 
 
 
278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  37.08 
 
 
273 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  34.93 
 
 
274 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4282  HpcH/HpaI aldolase  32.95 
 
 
280 aa  123  4e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.41121  normal  0.174407 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00870  citrate lyase beta subunit  33.57 
 
 
321 aa  122  6e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0531316  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  32.1 
 
 
282 aa  122  8e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0181  HpcH/HpaI aldolase  33.98 
 
 
281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.530388  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  32.61 
 
 
274 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  31.09 
 
 
289 aa  118  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2742  HpcH/HpaI aldolase  30.71 
 
 
287 aa  116  5e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00490393 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  31.65 
 
 
277 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0204  HpcH/HpaI aldolase  31.97 
 
 
311 aa  115  6e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.446132  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2654  HpcH/HpaI aldolase  34.33 
 
 
267 aa  114  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  27.37 
 
 
294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1708  citrate lyase beta chain  29.56 
 
 
288 aa  113  5e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19950  citrate lyase beta subunit  31.56 
 
 
281 aa  112  6e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.251575  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  28.68 
 
 
276 aa  112  7.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  33.57 
 
 
281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  35.45 
 
 
276 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  32.75 
 
 
291 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  31.9 
 
 
278 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.1 
 
 
280 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.1 
 
 
280 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  37.4 
 
 
268 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  38.85 
 
 
189 aa  108  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.1 
 
 
280 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3048  Citryl-CoA lyase  31.82 
 
 
288 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.128546 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  33.45 
 
 
290 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  30.8 
 
 
287 aa  106  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  32.74 
 
 
280 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  30.91 
 
 
302 aa  106  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  30.91 
 
 
305 aa  106  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  30.88 
 
 
280 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3511  citrate (pro-3S)-lyase  31.02 
 
 
292 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  30.88 
 
 
280 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4079  HpcH/HpaI aldolase  30.28 
 
 
283 aa  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  31.02 
 
 
267 aa  104  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  30.88 
 
 
280 aa  104  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1719  HpcH/HpaI aldolase  31.6 
 
 
281 aa  102  5e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.422564 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4087  HpcH/HpaI aldolase  32 
 
 
271 aa  102  5e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.106602  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  30.6 
 
 
274 aa  102  9e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2921  HpcH/HpaI aldolase  30.86 
 
 
280 aa  102  9e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.214353  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  32.51 
 
 
286 aa  101  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  30.82 
 
 
282 aa  101  1e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  29.15 
 
 
275 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  29.89 
 
 
282 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  25 
 
 
269 aa  99.8  4e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7154  HpcH/HpaI aldolase  30.61 
 
 
291 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3436  HpcH/HpaI aldolase  33.81 
 
 
278 aa  99  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>