More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4110 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 		 266 aa  509  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  74.52 
 
 		 274 aa  371  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  74.52 
 
 		 274 aa  371  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  59.3 
 
 		 276 aa  252  4.0000000000000004e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  61.07 
 
 		 268 aa  224  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  46.82 
 
 		 269 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  49.43 
 
 		 270 aa  206  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  46.54 
 
 		 274 aa  204  9e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  48.03 
 
 		 291 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  48.52 
 
 		 279 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  48.43 
 
 		 291 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  49.04 
 
 		 270 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  43.61 
 
 		 282 aa  193  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  49.62 
 
 		 268 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  47.92 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  49.43 
 
 		 275 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  47.06 
 
 		 278 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  43.75 
 
 		 274 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  43.24 
 
 		 277 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  47.97 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  51.87 
 
 		 297 aa  182  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  46.18 
 
 		 274 aa  182  6e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  51.75 
 
 		 295 aa  181  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  47.64 
 
 		 279 aa  181  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  39.86 
 
 		 293 aa  178  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  50.38 
 
 		 273 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  50.18 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  49.03 
 
 		 267 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  49.03 
 
 		 267 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  48.3 
 
 		 289 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  48.3 
 
 		 289 aa  172  5e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  41.64 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  39.41 
 
 		 276 aa  167  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  47.43 
 
 		 283 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  43.98 
 
 		 274 aa  162  7e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  45.06 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  43.06 
 
 		 271 aa  157  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  45.42 
 
 		 279 aa  155  6e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  44.49 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  45.09 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  45.56 
 
 		 275 aa  152  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  44.69 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  43.84 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  38.06 
 
 		 275 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00870  citrate lyase beta subunit  39.63 
 
 		 321 aa  143  2e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0531316  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  38.79 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  38.79 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  38.7 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  33.82 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  37.93 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.73 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  45.15 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0204  HpcH/HpaI aldolase  38.43 
 
 		 311 aa  134  9.999999999999999e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.446132  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  40.38 
 
 		 283 aa  134  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  40.43 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4009  HpcH/HpaI aldolase  39.53 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.783796  decreased coverage  0.00557053 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2378  HpcH/HpaI aldolase  38.43 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.0302108 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  40.61 
 
 		 267 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19950  citrate lyase beta subunit  39.69 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.251575  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  39.78 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  32.38 
 
 		 306 aa  128  8.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13092  hypothetical protein  39.22 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00883789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  38.08 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  33.45 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1313  putative citrate lyase beta subunit  44.36 
 
 		 275 aa  126  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  38.37 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  38.37 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4087  HpcH/HpaI aldolase  38.87 
 
 		 271 aa  126  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.106602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  38.37 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  36.86 
 
 		 280 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.86 
 
 		 280 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.86 
 
 		 280 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12520  citrate lyase beta subunit citE  42.8 
 
 		 273 aa  125  5e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  43.98 
 
 		 276 aa  125  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  30.5 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  36.23 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  37.45 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2882  Citryl-CoA lyase  35.14 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  39.15 
 
 		 281 aa  122  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4340  HpcH/HpaI aldolase  39.31 
 
 		 277 aa  122  7e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  35.42 
 
 		 284 aa  122  7e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  38.17 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  35.42 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  36.33 
 
 		 278 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  35.77 
 
 		 274 aa  119  4.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  37.36 
 
 		 286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  31.41 
 
 		 304 aa  118  7.999999999999999e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  38.06 
 
 		 290 aa  118  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1361  HpcH/HpaI aldolase  37.45 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0742022  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  35.25 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  34.18 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  33.58 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  33.09 
 
 		 285 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  36.88 
 
 		 303 aa  116  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  45.57 
 
 		 189 aa  116  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  32.84 
 
 		 292 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  37.21 
 
 		 289 aa  117  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01440  conserved hypothetical protein  34.63 
 
 		 330 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  35.94 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  33.22 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>