More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2717 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  100 
 
 
275 aa  560  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  39.55 
 
 
274 aa  188  7e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  40.44 
 
 
305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  40.44 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1045  HpcH/HpaI aldolase  40.68 
 
 
281 aa  175  7e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00200106  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.7 
 
 
280 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  36.7 
 
 
280 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.7 
 
 
280 aa  171  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.94 
 
 
280 aa  168  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.94 
 
 
280 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.94 
 
 
280 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.94 
 
 
280 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  36.52 
 
 
292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  36.17 
 
 
292 aa  166  4e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.64 
 
 
294 aa  160  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  34.03 
 
 
296 aa  159  5e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  40.22 
 
 
277 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  37.07 
 
 
269 aa  155  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  36.5 
 
 
275 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2184  HpcH/HpaI aldolase  37.97 
 
 
286 aa  154  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00433365  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  36.3 
 
 
282 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  41.15 
 
 
276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  38.64 
 
 
291 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  37.87 
 
 
291 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  37.64 
 
 
268 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1708  citrate lyase beta chain  31.58 
 
 
288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  35.71 
 
 
286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  35.29 
 
 
278 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1719  HpcH/HpaI aldolase  36.33 
 
 
281 aa  144  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.422564 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  34.98 
 
 
291 aa  144  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  34.8 
 
 
276 aa  144  1e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  37.26 
 
 
274 aa  143  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  34.13 
 
 
291 aa  143  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  36.53 
 
 
270 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  37.26 
 
 
274 aa  143  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  33.09 
 
 
290 aa  142  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1653  putative citrate lyase, beta subunit  34.75 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1725  putative citrate lyase, beta subunit  34.75 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1932  putative citrate lyase, beta subunit  34.75 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  32.75 
 
 
304 aa  141  9.999999999999999e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0608  putative citrate lyase, beta subunit  34.75 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.46771  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  34.51 
 
 
282 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  37.13 
 
 
273 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.64 
 
 
289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2921  HpcH/HpaI aldolase  34.83 
 
 
280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.214353  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  34.28 
 
 
282 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  35.74 
 
 
306 aa  139  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  35.61 
 
 
301 aa  139  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  33.1 
 
 
293 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  35.21 
 
 
291 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  36.43 
 
 
278 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  39.11 
 
 
290 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  32.62 
 
 
306 aa  137  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  36.06 
 
 
267 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  36.29 
 
 
279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  35.88 
 
 
274 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  34.28 
 
 
291 aa  136  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.29 
 
 
289 aa  135  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.29 
 
 
289 aa  135  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.29 
 
 
289 aa  135  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.29 
 
 
289 aa  135  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  34.43 
 
 
278 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  36.05 
 
 
270 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  34.16 
 
 
279 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  36.5 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  36.5 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  34.88 
 
 
277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  33.33 
 
 
282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  35.42 
 
 
289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  35.42 
 
 
289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1754  citrate lyase, beta subunit  33.92 
 
 
291 aa  133  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.42542  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2027  citrate lyase, beta subunit  33.33 
 
 
291 aa  133  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  35.97 
 
 
278 aa  131  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  35.42 
 
 
290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  34.07 
 
 
281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0803  HpcH/HpaI aldolase  37.72 
 
 
293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2222  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.75 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0703  citrate lyase, beta subunit, putative  34.75 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.82 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2925  HpcH/HpaI aldolase  38.24 
 
 
310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.253914  normal  0.147089 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  32.26 
 
 
306 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  35.06 
 
 
279 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  31.82 
 
 
293 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  29.72 
 
 
284 aa  130  3e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  31.9 
 
 
306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  31.45 
 
 
282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  31.93 
 
 
289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1361  HpcH/HpaI aldolase  32.74 
 
 
295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0742022  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0459  HpcH/HpaI aldolase  30.86 
 
 
286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.255492 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2305  hypothetical protein  33.93 
 
 
293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.500849  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  34.6 
 
 
274 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.46 
 
 
302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  33.46 
 
 
302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.46 
 
 
302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  34.96 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  34.19 
 
 
302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.19 
 
 
302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.19 
 
 
302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  34.42 
 
 
316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.19 
 
 
302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>