More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3238 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
281 aa  553  1e-156  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3436  HpcH/HpaI aldolase  66.67 
 
 
278 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1535  Citryl-CoA lyase  67.14 
 
 
283 aa  323  2e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  61.07 
 
 
278 aa  311  4.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  58.99 
 
 
278 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1878  HpcH/HpaI aldolase  61.37 
 
 
279 aa  286  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.820651  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  52.69 
 
 
283 aa  252  4.0000000000000004e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  49.65 
 
 
282 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2705  citrate lyase  49.15 
 
 
296 aa  251  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  47.6 
 
 
293 aa  245  6e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  49.47 
 
 
282 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0268  Citryl-CoA lyase  46.08 
 
 
292 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283754  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  46.67 
 
 
291 aa  237  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0092  HpcH/HpaI aldolase  47.26 
 
 
293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0293  HpcH/HpaI aldolase  52.78 
 
 
291 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0333809  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2314  citrate (pro-3S)-lyase  51.92 
 
 
289 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5821  HpcH/HpaI aldolase  39.93 
 
 
297 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.577572  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1255  Citrate (pro-3S)-lyase  39.16 
 
 
289 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.0181011 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  40.07 
 
 
276 aa  156  3e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  37.87 
 
 
282 aa  154  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  38.6 
 
 
280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  38.6 
 
 
280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  38.6 
 
 
280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1361  HpcH/HpaI aldolase  40.78 
 
 
295 aa  152  4e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0742022  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1409  HpcH/HpaI aldolase  40.5 
 
 
279 aa  152  7e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000390566 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.1 
 
 
294 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  37.89 
 
 
280 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  37.89 
 
 
280 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  37.89 
 
 
280 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4087  HpcH/HpaI aldolase  38.15 
 
 
271 aa  150  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.106602  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  37.54 
 
 
280 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1285  citryl-CoA lyase  36.55 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1391  HpcH/HpaI aldolase  37.41 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.375922  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  37.45 
 
 
267 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  32.74 
 
 
284 aa  144  2e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12520  citrate lyase beta subunit citE  38.38 
 
 
273 aa  144  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  34.74 
 
 
289 aa  143  3e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  37.91 
 
 
295 aa  141  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  37.59 
 
 
274 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2758  putative citrate lyase beta chain (acyl lyase subunit)  37.85 
 
 
290 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  32.58 
 
 
327 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  35.16 
 
 
275 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  36.82 
 
 
270 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  38.18 
 
 
291 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3317  Citrate (pro-3S)-lyase  36.53 
 
 
280 aa  137  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1313  putative citrate lyase beta subunit  41.54 
 
 
275 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  38.7 
 
 
288 aa  137  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  37.82 
 
 
291 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  34.6 
 
 
306 aa  137  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  34.8 
 
 
292 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  37.81 
 
 
292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  37.36 
 
 
277 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  35.84 
 
 
293 aa  135  8e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2104  HpcH/HpaI aldolase  41.4 
 
 
285 aa  134  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.87307  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  32.34 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  32.34 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  31.19 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  31.19 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  32.4 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00470  citrate lyase beta subunit  40 
 
 
296 aa  133  3e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0233  HpcH/HpaI aldolase  37.28 
 
 
300 aa  132  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.528941  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  37.85 
 
 
290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  32.99 
 
 
306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  37.72 
 
 
278 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  32.99 
 
 
306 aa  132  5e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  36.04 
 
 
285 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  33.33 
 
 
292 aa  132  6e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  37.14 
 
 
274 aa  132  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  31.19 
 
 
324 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  32.97 
 
 
293 aa  132  6.999999999999999e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3632  HpcH/HpaI aldolase  37.45 
 
 
272 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0974176  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3627  HpcH/HpaI aldolase  37.45 
 
 
272 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0858993  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3700  HpcH/HpaI aldolase  37.45 
 
 
272 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  33.33 
 
 
292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  37.59 
 
 
275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  35.79 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  30.97 
 
 
324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  35.79 
 
 
285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  36.92 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  35.69 
 
 
285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  37.63 
 
 
331 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  38.35 
 
 
275 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3048  Citryl-CoA lyase  36.24 
 
 
288 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.128546 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  36.82 
 
 
270 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  34.93 
 
 
406 aa  130  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  35.02 
 
 
291 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.54 
 
 
302 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  35.99 
 
 
306 aa  129  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.19 
 
 
302 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.54 
 
 
302 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  31.07 
 
 
325 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.54 
 
 
302 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  31.72 
 
 
325 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  30.23 
 
 
324 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  30.23 
 
 
324 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  33.22 
 
 
287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  37.1 
 
 
284 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4219  Citrate (pro-3S)-lyase  34.95 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.114392 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  36.62 
 
 
269 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  31.68 
 
 
379 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>