More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4179 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  100 
 
 
302 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  97.67 
 
 
305 aa  580  1.0000000000000001e-165  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  38.99 
 
 
280 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  38.99 
 
 
280 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  38.99 
 
 
280 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  38.63 
 
 
280 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  40.44 
 
 
275 aa  186  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  39.11 
 
 
280 aa  172  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.11 
 
 
280 aa  172  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.11 
 
 
280 aa  172  9e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  38.91 
 
 
274 aa  171  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2921  HpcH/HpaI aldolase  37.36 
 
 
280 aa  157  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.214353  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1719  HpcH/HpaI aldolase  36.26 
 
 
281 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.422564 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1045  HpcH/HpaI aldolase  38.49 
 
 
281 aa  150  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00200106  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  34.52 
 
 
301 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  38.97 
 
 
292 aa  147  3e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  38.97 
 
 
292 aa  147  3e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2184  HpcH/HpaI aldolase  38.29 
 
 
286 aa  145  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00433365  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  39.58 
 
 
286 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  34.16 
 
 
291 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0803  HpcH/HpaI aldolase  39.45 
 
 
293 aa  143  3e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  36.01 
 
 
282 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  36.62 
 
 
282 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  32.98 
 
 
296 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  34.72 
 
 
293 aa  137  2e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1754  citrate lyase, beta subunit  32.74 
 
 
291 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.42542  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  38.21 
 
 
288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2027  citrate lyase, beta subunit  32.74 
 
 
291 aa  136  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  35.04 
 
 
276 aa  135  9.999999999999999e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  33.81 
 
 
291 aa  133  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.51 
 
 
294 aa  132  5e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1725  putative citrate lyase, beta subunit  34.66 
 
 
293 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1653  putative citrate lyase, beta subunit  34.66 
 
 
293 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1932  putative citrate lyase, beta subunit  34.66 
 
 
293 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0608  putative citrate lyase, beta subunit  34.66 
 
 
293 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.46771  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.68 
 
 
289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.68 
 
 
289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.68 
 
 
289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  32.38 
 
 
290 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  33.68 
 
 
289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  34.17 
 
 
278 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2305  hypothetical protein  34.66 
 
 
293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.500849  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  33.68 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4087  HpcH/HpaI aldolase  36.36 
 
 
271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.106602  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  35.29 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  34.89 
 
 
278 aa  127  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2222  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.66 
 
 
293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  35.48 
 
 
277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  33.92 
 
 
306 aa  126  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  32.25 
 
 
323 aa  126  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  32.25 
 
 
323 aa  126  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0703  citrate lyase, beta subunit, putative  34.66 
 
 
293 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1708  citrate lyase beta chain  29.78 
 
 
288 aa  125  7e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  35.71 
 
 
267 aa  125  9e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  36.49 
 
 
290 aa  125  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  34.41 
 
 
270 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  32.25 
 
 
324 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  32.64 
 
 
293 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  31.92 
 
 
324 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  31.89 
 
 
327 aa  123  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  33.09 
 
 
291 aa  123  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  31.92 
 
 
324 aa  123  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  35 
 
 
279 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1078  citrate lyase  34.58 
 
 
316 aa  122  6e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  32.53 
 
 
302 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  31.02 
 
 
269 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  34.6 
 
 
293 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.1 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2705  citrate lyase  35.96 
 
 
296 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  33.1 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.1 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  31.6 
 
 
324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  31.56 
 
 
325 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  31.9 
 
 
306 aa  120  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  31.9 
 
 
306 aa  120  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  31.56 
 
 
325 aa  120  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  33.81 
 
 
286 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  33.81 
 
 
281 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  33.58 
 
 
282 aa  119  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  33.56 
 
 
406 aa  119  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  33.7 
 
 
291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  29.62 
 
 
289 aa  119  6e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  33.79 
 
 
310 aa  119  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  33.1 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  33.1 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  32.15 
 
 
320 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  33.1 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  33.1 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.1 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.1 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.1 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.1 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  32.75 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  33.21 
 
 
291 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.1 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3632  HpcH/HpaI aldolase  34.91 
 
 
272 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0974176  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3627  HpcH/HpaI aldolase  34.91 
 
 
272 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0858993  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  32.76 
 
 
291 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3700  HpcH/HpaI aldolase  34.91 
 
 
272 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  35.74 
 
 
278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>