More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1045 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1045  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
281 aa  536  1e-151  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00200106  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  40.66 
 
 
275 aa  185  9e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  41.54 
 
 
280 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  41.54 
 
 
280 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  41.54 
 
 
280 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  41.54 
 
 
280 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  42.28 
 
 
280 aa  177  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  42.28 
 
 
280 aa  177  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  42.28 
 
 
280 aa  177  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  43.43 
 
 
274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  43.17 
 
 
286 aa  169  4e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1719  HpcH/HpaI aldolase  40.22 
 
 
281 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.422564 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2921  HpcH/HpaI aldolase  38.49 
 
 
280 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.214353  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  37.59 
 
 
305 aa  151  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  37.59 
 
 
302 aa  151  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  39.49 
 
 
292 aa  149  7e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.9 
 
 
294 aa  143  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1708  citrate lyase beta chain  32.49 
 
 
288 aa  142  5e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  39.03 
 
 
278 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  35.59 
 
 
301 aa  139  6e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  37.13 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  40.37 
 
 
270 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  36.9 
 
 
279 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0608  putative citrate lyase, beta subunit  40.07 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.46771  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1653  putative citrate lyase, beta subunit  40.07 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  34.5 
 
 
324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1932  putative citrate lyase, beta subunit  40.07 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  38.31 
 
 
270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  35.79 
 
 
277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  34.5 
 
 
324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1725  putative citrate lyase, beta subunit  40.07 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  38.22 
 
 
270 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  38.26 
 
 
269 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  36.43 
 
 
282 aa  133  3.9999999999999996e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  34.5 
 
 
324 aa  132  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  34.84 
 
 
323 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  38.11 
 
 
275 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  35.35 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  34.53 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  37.55 
 
 
274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  35.92 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  35.35 
 
 
379 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  35.35 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  36.66 
 
 
325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  35.77 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  36.74 
 
 
291 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  33.87 
 
 
324 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  34.35 
 
 
341 aa  128  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  38.52 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  39.78 
 
 
279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  35.62 
 
 
291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  35.92 
 
 
327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  34.82 
 
 
325 aa  127  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  38.97 
 
 
278 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  37.1 
 
 
284 aa  126  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  34.63 
 
 
323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  37.32 
 
 
281 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  34.97 
 
 
286 aa  125  7e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  33.33 
 
 
289 aa  125  9e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  36.9 
 
 
290 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3029  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  40.33 
 
 
290 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0703  citrate lyase, beta subunit, putative  40.07 
 
 
293 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1261  putative citrate lyase  40.33 
 
 
290 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.821409  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  30.14 
 
 
284 aa  124  1e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2222  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.71 
 
 
293 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4340  HpcH/HpaI aldolase  37.86 
 
 
277 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2305  hypothetical protein  39.71 
 
 
293 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.500849  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  37.55 
 
 
276 aa  124  2e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5821  HpcH/HpaI aldolase  35.25 
 
 
297 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.577572  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  37.41 
 
 
271 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  35.84 
 
 
285 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  34.17 
 
 
292 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  35.48 
 
 
285 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  33.68 
 
 
292 aa  122  6e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  34.77 
 
 
282 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  37.18 
 
 
307 aa  122  8e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  35.54 
 
 
293 aa  122  8e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  33.68 
 
 
292 aa  122  8e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  36.73 
 
 
282 aa  122  9e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  34.05 
 
 
293 aa  122  9e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  34.05 
 
 
285 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3086  Citryl-CoA lyase  33.7 
 
 
295 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000118565  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  33.99 
 
 
318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  40.6 
 
 
289 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  36.1 
 
 
289 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  35.21 
 
 
303 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5000  citrate (pro-3S)-lyase  39.11 
 
 
292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2184  HpcH/HpaI aldolase  39.18 
 
 
286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00433365  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  36.86 
 
 
277 aa  119  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1878  HpcH/HpaI aldolase  39.19 
 
 
279 aa  119  6e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.820651  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  35.64 
 
 
289 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.64 
 
 
289 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.64 
 
 
289 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35.64 
 
 
289 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0092  HpcH/HpaI aldolase  37.1 
 
 
293 aa  118  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  38.35 
 
 
267 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  33.1 
 
 
296 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  38.35 
 
 
267 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0459  HpcH/HpaI aldolase  34.59 
 
 
286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.255492 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  40.89 
 
 
274 aa  116  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>