More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_00480 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  100 
 
 
286 aa  573  1.0000000000000001e-163  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  68.31 
 
 
313 aa  388  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4394  Citryl-CoA lyase  60.84 
 
 
292 aa  325  4.0000000000000003e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  56.64 
 
 
296 aa  310  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  55.52 
 
 
292 aa  310  2e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  55.36 
 
 
298 aa  308  5e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  55.94 
 
 
296 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  55.94 
 
 
294 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  55.59 
 
 
296 aa  304  9.000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  57.19 
 
 
294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  56.49 
 
 
303 aa  298  6e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  54.55 
 
 
297 aa  297  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1974  Citryl-CoA lyase  55.91 
 
 
300 aa  291  8e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  52.01 
 
 
292 aa  289  4e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  48.43 
 
 
292 aa  288  7e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  55 
 
 
285 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  53.09 
 
 
295 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  46.02 
 
 
292 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  54.64 
 
 
285 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  55 
 
 
285 aa  276  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  47.67 
 
 
292 aa  275  7e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  50.18 
 
 
287 aa  275  8e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  55.76 
 
 
279 aa  274  1.0000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  50.89 
 
 
284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  48.96 
 
 
292 aa  272  6e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0347  putative citrate lyase beta chain  48.39 
 
 
292 aa  270  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0233  HpcH/HpaI aldolase  51.06 
 
 
300 aa  270  2e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.528941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5000  citrate (pro-3S)-lyase  51.61 
 
 
292 aa  265  5e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0192  Citryl-CoA lyase  59.09 
 
 
297 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.512612  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0181  Citryl-CoA lyase  60 
 
 
297 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0199  citrate (pro-3S)-lyase  59.57 
 
 
289 aa  259  3e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.31113  normal  0.0340148 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2287  citrate (pro-3S)-lyase  52.41 
 
 
293 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0203  Citrate (pro-3S)-lyase  59.57 
 
 
297 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  48.06 
 
 
331 aa  235  7e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  46.79 
 
 
291 aa  235  7e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  48.93 
 
 
277 aa  231  9e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  43.37 
 
 
308 aa  222  7e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3026  citrate (pro-3S)-lyase  44.44 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  0.300604 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2975  Citryl-CoA lyase  47.14 
 
 
325 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.3261 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3268  HpcH/HpaI aldolase  43.01 
 
 
297 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4219  Citrate (pro-3S)-lyase  42.66 
 
 
311 aa  211  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.114392 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2882  Citryl-CoA lyase  43.12 
 
 
282 aa  195  7e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3895  Citrate (pro-3S)-lyase  42.86 
 
 
302 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.423668  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  41.2 
 
 
302 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  41.2 
 
 
302 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  41.2 
 
 
302 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  41.2 
 
 
302 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  38.11 
 
 
294 aa  189  5e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  40.14 
 
 
293 aa  189  7e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  41.9 
 
 
302 aa  188  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  41.9 
 
 
302 aa  188  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  41.9 
 
 
302 aa  188  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  41.9 
 
 
302 aa  188  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  41.9 
 
 
302 aa  188  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  41.9 
 
 
302 aa  188  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  41.9 
 
 
302 aa  188  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  41.9 
 
 
302 aa  188  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  41.9 
 
 
302 aa  188  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  36.84 
 
 
296 aa  188  1e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  40.85 
 
 
302 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  41.87 
 
 
292 aa  186  3e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  41.87 
 
 
292 aa  185  8e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4356  citrate lyase beta subunit  42.5 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  40.36 
 
 
306 aa  178  9e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  37.89 
 
 
304 aa  176  5e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  36.05 
 
 
303 aa  171  1e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  31.18 
 
 
284 aa  169  4e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  38.52 
 
 
313 aa  169  6e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  37.28 
 
 
282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  36.05 
 
 
317 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  38.87 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  35.04 
 
 
271 aa  163  3e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  39.93 
 
 
312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  39.39 
 
 
319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  35.15 
 
 
321 aa  162  5.0000000000000005e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  32.91 
 
 
323 aa  162  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  35.53 
 
 
331 aa  161  9e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  32.59 
 
 
324 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  32.8 
 
 
324 aa  161  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  32.8 
 
 
324 aa  161  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  32.8 
 
 
324 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  33.87 
 
 
325 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  37.1 
 
 
291 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  32.8 
 
 
323 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  32.9 
 
 
327 aa  160  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  35.94 
 
 
290 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  38.28 
 
 
316 aa  159  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2214  HpcH/HpaI aldolase  43.77 
 
 
267 aa  159  5e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0660288  normal  0.0595234 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  37.68 
 
 
318 aa  159  7e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  36.33 
 
 
336 aa  159  7e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  36.33 
 
 
327 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  36.33 
 
 
327 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  36.69 
 
 
291 aa  157  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  36.43 
 
 
312 aa  158  1e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1951  putative citrate lyase, beta subunit  40.49 
 
 
301 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.778867  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1273  citrate lyase beta subunit  40.49 
 
 
301 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  38.46 
 
 
315 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2916  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  40.49 
 
 
301 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2229  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  40.49 
 
 
301 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  36.75 
 
 
313 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.927075 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>